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- EMDB-9918: Cryo-EM structure of the tetrameric photosystem I from a heterocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9918
タイトルCryo-EM structure of the tetrameric photosystem I from a heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. PCC7120
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 8種
キーワードPhotosystem I / PSI / PCC7120 / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI ...Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Zheng L / Li Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (China)
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insights into the tetrameric photosystem I from heterocyst-forming cyanobacteria.
著者: Lvqin Zheng / Yanbing Li / Xiying Li / Qinglu Zhong / Ningning Li / Kun Zhang / Yuebin Zhang / Huiying Chu / Chengying Ma / Guohui Li / Jindong Zhao / Ning Gao /
要旨: Two large protein-cofactor complexes, photosystem I and photosystem II, are the central components of photosynthesis in the thylakoid membranes. Here, we report the 2.37-Å structure of a tetrameric ...Two large protein-cofactor complexes, photosystem I and photosystem II, are the central components of photosynthesis in the thylakoid membranes. Here, we report the 2.37-Å structure of a tetrameric photosystem I complex from a heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120. Four photosystem I monomers, organized in a dimer of dimer, form two distinct interfaces that are largely mediated by specifically orientated polar lipids, such as sulfoquinovosyl diacylglycerol. The structure depicts a more closely connected network of chlorophylls across monomer interfaces than those seen in trimeric PSI from thermophilic cyanobacteria, possibly allowing a more efficient energy transfer between monomers. Our physiological data also revealed a functional link of photosystem I oligomerization to cyclic electron flow and thylakoid membrane organization.
履歴
登録2019年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月9日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9918.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9918.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420.8 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420.8 Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.07334861 - 0.17260951
平均 (標準偏差)-0.00004018816 (±0.007173404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 420.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0521.0521.052
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.800420.800420.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ929262
NX/NY/NZ290290360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0730.173-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120

全体名称: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I 4.8 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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超分子 #1: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120

超分子名称: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 83.28968 KDa
配列文字列: MTISPPEREE KKARVIVDKD PVPTSFEKWA QPGHFDRTLA RGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGH LAVVTIWLS GMIFHGAKFS NYEAWLSDPL NVRPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR GWGITNSFQL Y CTAIGGLV ...文字列:
MTISPPEREE KKARVIVDKD PVPTSFEKWA QPGHFDRTLA RGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGH LAVVTIWLS GMIFHGAKFS NYEAWLSDPL NVRPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR GWGITNSFQL Y CTAIGGLV LAGLFLFAGW FHYHKRAPKL EWFQNVESML NHHLQVLLGC GSLGWAGHLI HVSAPINKLM DAGVAVKDIP LP HEFILNK SLLIDLFPGF AAGLTPFFTL NWGQYADFLT FKGGLNPVTG GLWMTDIAHH HLAIAVVFII AGHQYRTNWG IGH SIKEIL ENHKGPFTGE GHKGLYENLT TSWHAQLATN LAFLGSLTII IAHHMYAMPP YPYLATDYAT QLCIFTHHIW IGGF LIVGG AAHAAIFMVR DYDPVVNQNN VLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWVQNLHTLA PGGTAPNALE PVSYAFGGGV LAVGGKVAMM PIALGTADFL IHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSGWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVD AAGNVSHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVINSY GSALSAYGLM FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALS I TQGRAVGVAH YLLGGIATTW AFFHAHILSV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I 4.8 kDa protein

分子名称: Photosystem I 4.8 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 4.872792 KDa
配列文字列:
MAKAKISPVA NTGAKPPYTF RTGWALLLLA VNFLVAAYYF HIIQ

UniProtKB: Photosystem I 4.8 kDa protein

+
分子 #3: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 83.457016 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMAMGND FESHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLAIIFLW ASSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLHVRPIAH AIWDPHFGKP AIEAFTQAGA NGPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNTELYTGS VFLLLFASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMAMGND FESHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLAIIFLW ASSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLHVRPIAH AIWDPHFGKP AIEAFTQAGA NGPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNTELYTGS VFLLLFASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KSAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLIHVA IPESRGQHVG WDNFLSTAPH PAGLQPFFTG NWGVYAQNPD TA GHIFSTS QGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTNFGI GHSIKEMMNA KTFFGKPVEG PFN MPHQGI YDTYNNSLHF QLGWHLACLG VVTSWVAQHM YSLPSYAFIA KDYTTQAALY THHQYIAIFL MVGAFAHGAI FLVR DYDPE QNKGNVLERV LQHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FIQAAHGKVL YGLDT LLSN PDSVAYTAYP NYANVWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDSF YLSLFWALNT VGWVTFYWHW KHLGIWQGNV AQFNENSTYL MGWFRDYLWA NSAQLIN GY NPYGVNNLSV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETLVWAHERT PIANLVRWKD KPVALSIVQA RVVGLAHF T VGYVLTYAAF LIASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

+
分子 #4: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 8.825206 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAAQVA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 15.17624 KDa
配列文字列:
MAETLSGKTP LFAGSTGGLL TKAVEEEKYA ITWTSPKAQV FELPTGGAAT MHEGENLLYI ARKEYGIALG GQLRKFKITN YKIYRILPS GETTFIHPAD GVFPEKVNAG REKVRFNARS IGENPNPSQV KFSGKATYDA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 7.897051 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFQD VGTVASVDQS GIKYPVIVRF DKVNYAGINT NNFAVDELIE VEAPKAKAKK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 17.850568 KDa
配列文字列:
MRRLFALILV ICLSFSFAPP AKALGADLTP CAENPAFQAL AKNARNTTAD PQSGQKRFER YSQALCGPEG YPHLIVDGRL DRAGDFLIP SILFLYIAGW IGWVGRAYLQ AIKKDSDTEQ KEIQLDLGIA LPIIATGFAW PAAAVKELLS GELTAKDSEI T VSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 5.499422 KDa
配列文字列:
MADKADQSSY LIKFISTAPV AATIWLTITA GILIEFNRFF PDLLFHPLP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 8.852457 KDa
配列文字列:
MLTSTLLAAA TTPLEWSPTV GIIMVIANVI AITFGRQTIK YPSAEPALPS AKFFGGFGAP ALLATTAFGH ILGVGLVLGL HNLGRI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 5.066925 KDa
配列文字列:
MATAFLPSIL ADASFLSSIF VPVIGWVVPI ATFSFLFLYI EREDVA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 18.130725 KDa
配列文字列:
MAQAVDASKN LPSDPRNREV VFPAGRDPQW GNLETPVNAS PLVKWFINNL PAYRPGLTPF RRGLEVGMAH GYFLFGPFAK LGPLRDAAN ANLAGLLGAI GLVVLFTLAL SLYANSNPPT ALASVTVPNP PDAFQSKEGW NNFASAFLIG GIGGAVVAYF L TSNLALIQ GLVG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120
分子量理論値: 3.538204 KDa
配列文字列:
MSSISDTQVY IALVVALIPG LLAWRLATEL YK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #13: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 188 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #15: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 46 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 6 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #19: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #20: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1jb0

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71600
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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