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万見
- PDB-6k61: Cryo-EM structure of the tetrameric photosystem I from a heterocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k61
タイトルCryo-EM structure of the tetrameric photosystem I from a heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. PCC7120
要素(Photosystem I ...) x 12
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / PSI / PCC7120
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Single helix bin / 4Fe-4S dicluster domain ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Single helix bin / 4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Zheng, L. / Li, Y. / Li, X. / Zhong, Q. / Li, N. / Zhang, K. / Zhang, Y. / Chu, H. / Ma, C. / Li, G. ...Zheng, L. / Li, Y. / Li, X. / Zhong, Q. / Li, N. / Zhang, K. / Zhang, Y. / Chu, H. / Ma, C. / Li, G. / Zhao, J. / Gao, N.
資金援助1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural and functional insights into the tetrameric photosystem I from heterocyst-forming cyanobacteria.
著者: Lvqin Zheng / Yanbing Li / Xiying Li / Qinglu Zhong / Ningning Li / Kun Zhang / Yuebin Zhang / Huiying Chu / Chengying Ma / Guohui Li / Jindong Zhao / Ning Gao /
要旨: Two large protein-cofactor complexes, photosystem I and photosystem II, are the central components of photosynthesis in the thylakoid membranes. Here, we report the 2.37-Å structure of a tetrameric ...Two large protein-cofactor complexes, photosystem I and photosystem II, are the central components of photosynthesis in the thylakoid membranes. Here, we report the 2.37-Å structure of a tetrameric photosystem I complex from a heterocyst-forming cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120. Four photosystem I monomers, organized in a dimer of dimer, form two distinct interfaces that are largely mediated by specifically orientated polar lipids, such as sulfoquinovosyl diacylglycerol. The structure depicts a more closely connected network of chlorophylls across monomer interfaces than those seen in trimeric PSI from thermophilic cyanobacteria, possibly allowing a more efficient energy transfer between monomers. Our physiological data also revealed a functional link of photosystem I oligomerization to cyclic electron flow and thylakoid membrane organization.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02024年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-9918
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9918
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
X: Photosystem I 4.8 kDa protein
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
x: Photosystem I 4.8 kDa protein
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I reaction center subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Photosystem I reaction center subunit III
j: Photosystem I reaction center subunit IX
k: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
i: Photosystem I reaction center subunit VIII
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,164283
ポリマ－524,91324
非ポリマー208,251259
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, negative staining
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area418190 Å2
ΔGint-3250 kcal/mol
Surface area124020 Å2

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要素

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Photosystem I ... , 12種, 24分子 AaXxBbCcDdEeFfJjKkIiLlMm

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83289.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58576, photosystem I
#2: タンパク質・ペプチド Photosystem I 4.8 kDa protein


分子量: 4872.792 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58566
#3: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / PsaB 1


分子量: 83457.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58565, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8825.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P0A410, photosystem I
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15176.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58573
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7897.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58575
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17850.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58564
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5499.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58568
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I subunit X 1


分子量: 8852.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58583
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 5066.925 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58560
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 18130.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: P58577
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3538.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 参照: UniProt: Q8YNB0

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非ポリマー , 8種, 259分子

#13: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#16: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL


分子量: 795.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#20: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I complex of cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.3 MDa
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 58 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71600 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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