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万見
- EMDB-9905: RSC substrate-recruitment module -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9905
タイトルRSC substrate-recruitment module
マップデータRSC SRM region
試料
  • 複合体: RSC
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 1種
キーワードchromatin remodeler / SWI/SNF family / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RSC-type complex / UV-damage excision repair ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromatin remodeling at centromere / histone H4 reader activity / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / DNA translocase activity / nucleosome array spacer activity / ATP-dependent chromatin remodeler activity / RSC-type complex / UV-damage excision repair / nucleosome disassembly / SWI/SNF complex / sister chromatid cohesion / sporulation resulting in formation of a cellular spore / nuclear chromosome / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / nucleosome binding / cytoskeleton organization / meiotic cell cycle / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / helicase activity / chromosome segregation / transcription coregulator activity / transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / DNA helicase / sequence-specific DNA binding / histone binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Rsc1/Rsc2, bromodomain / : / Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / : / RSC4 Ig-like domain / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. ...: / Rsc1/Rsc2, bromodomain / : / Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / : / RSC4 Ig-like domain / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / RFX-type winged-helix DNA-binding domain profile. / : / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / SANT domain profile. / SANT domain / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Myb-like DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Helicase conserved C-terminal domain / Homeobox-like domain superfamily / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 ...Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / High temperature lethal protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Ye YP / Wu H
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structure of the RSC complex bound to the nucleosome.
著者: Youpi Ye / Hao Wu / Kangjing Chen / Cedric R Clapier / Naveen Verma / Wenhao Zhang / Haiteng Deng / Bradley R Cairns / Ning Gao / Zhucheng Chen /
要旨: The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into ...The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into the adenosine triphosphatase motor, the actin-related protein module, and the substrate recruitment module (SRM). RSC binds the nucleosome mainly through the motor, with the auxiliary subunit Sfh1 engaging the H2A-H2B acidic patch to enable nucleosome ejection. SRM is organized into three substrate-binding lobes poised to bind their respective nucleosomal epitopes. The relative orientations of the SRM and the motor on the nucleosome explain the directionality of DNA translocation and promoter nucleosome repositioning by RSC. Our findings shed light on RSC assembly and functionality, and they provide a framework to understand the mammalian homologs BAF/PBAF and the Sfh1 ortholog INI1/BAF47, which are frequently mutated in cancers.
履歴
登録2019年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k15
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9905.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9905.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RSC SRM region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 385.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.055208553 - 0.09196134
平均 (標準偏差)0.0001682169 (±0.0018277868)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.200385.200385.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0550.0920.000

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添付データ

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追加マップ: RSC HB lobe

ファイルemd_9905_additional_1.map
注釈RSC HB lobe
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RSC DB lobe

ファイルemd_9905_additional_2.map
注釈RSC DB lobe
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : RSC

全体名称: RSC
要素
  • 複合体: RSC
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear protein STH1/NPS1
    • タンパク質・ペプチド: High temperature lethal protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: RSC

超分子名称: RSC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
分子 #1: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 49.71652 KDa
配列文字列: MSDSEGGLAS EVEHEKRSRS TSNRPNYAID TEDLDIDEND ENEDDDYREE EANEGVNEEE ISDEEEQINK SGRNKRRHVD EEEDLSEDK GVTRSRNRSK FKKPVFPGID DAEENLNPLK VVNEEYVLPD DPEGETKITA DGDLLGGREF LVRTFTLTEK G NRKFMLAT ...文字列:
MSDSEGGLAS EVEHEKRSRS TSNRPNYAID TEDLDIDEND ENEDDDYREE EANEGVNEEE ISDEEEQINK SGRNKRRHVD EEEDLSEDK GVTRSRNRSK FKKPVFPGID DAEENLNPLK VVNEEYVLPD DPEGETKITA DGDLLGGREF LVRTFTLTEK G NRKFMLAT EPARIVGFRD SYLFFQTHPN LYKFILNQTQ KNDLIDRGVL PYSYRNRQIA LVTARGVFKE FGAKIIRGGK HI TDDYYAS ELRTKGNVIE GKLAGDPIDK SARALETMMY PASENGINPA KNQVEFFEHR PHGHMSNSNI IASGSKLSST NWL YQHSAA CSRFNSDLFY DRVKVLLVDQ QGLRDAYTNI LHIPESTQST TVLGWRRSKN DSPSDTSIVY ETVIHDNDLN KPKT GLSEI PKEIYEDVVD EDVLRAITEQ QNFEKCNEYI

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7

+
分子 #2: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 63.253965 KDa
配列文字列: MSDTEKDKDV PMVDSHEATE EPPTTSTNTP SFPHLAQEQA KEESATLGAE VAHKKINYEQ EAQKLEEKAL RFLAKQTHPV IIPSFASWF DISKIHEIEK RSNPDFFNDS SRFKTPKAYK DTRNFIINTY RLSPYEYLTI TAVRRNVAMD VASIVKIHAF L EKWGLINY ...文字列:
MSDTEKDKDV PMVDSHEATE EPPTTSTNTP SFPHLAQEQA KEESATLGAE VAHKKINYEQ EAQKLEEKAL RFLAKQTHPV IIPSFASWF DISKIHEIEK RSNPDFFNDS SRFKTPKAYK DTRNFIINTY RLSPYEYLTI TAVRRNVAMD VASIVKIHAF L EKWGLINY QIDPRTKPSL IGPSFTGHFQ VVLDTPQGLK PFLPENVIKQ EVEGGDGAEP QVKKEFPVNL TIKKNVYDSA QD FNALQDE SRNSRQIHKV YICHTCGNES INVRYHNLRA RDTNLCSRCF QEGHFGANFQ SSDFIRLENN GNSVKKNWSD QEM LLLLEG IEMYEDQWEK IADHVGGHKR VEDCIEKFLS LPIEDNYIRE VVGSTLNGKG GDSRDGSVSG SKLMECVNDA VQTL LQGDD KLGKVSDKSR EISEKYIEES QAIIQELVKL TMEKLESKFT KLCDLETQLE MEKLKYVKES EKMLNDRLSL SKQIL DLNK SLEELNVSKK LVLISEQVDS GIQLVEKDQE GDDEDGNTAT GHGVKRVGKE GEEVGEGDSI AKLQPQVYKP WSL

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8

+
分子 #3: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 65.289309 KDa
配列文字列: MNSLASNTPL NGTPVSEAPA TSSEPVNMFE TMVANPIKVS RLQSNGVLTG PAANTKSIHY SLANFNVFQS LPKETARGVD DLTRMEMAL LSGIPEEIKW SLKKYLTYSN KAPYMISLRT LPDLLPLFKT FILPLERIVE GLNKSSICDS KAMDSLQMGL N ALLILRNL ...文字列:
MNSLASNTPL NGTPVSEAPA TSSEPVNMFE TMVANPIKVS RLQSNGVLTG PAANTKSIHY SLANFNVFQS LPKETARGVD DLTRMEMAL LSGIPEEIKW SLKKYLTYSN KAPYMISLRT LPDLLPLFKT FILPLERIVE GLNKSSICDS KAMDSLQMGL N ALLILRNL AQDTDSVQIL VKDREIKSFI LFILKKFQCV ATGDNKWQLY EGNATFFNEL THYTLDLMEA ISSYIAPAMK DD HYFQTLV SILNYTKDRY MVISILRSLS RLLVRSKANE ESAADNLDHK TLSLIVSFLL LECDSELIIA SLDFLYQYIL PGS QRITEL FKSKECSLIL EATLPNLLSY NIATPDYHLL QKHKIRLIKR LKPPAPKEPP NLSEDLFQQL FKLNEPLRST AWLR CCFEP VQEAEFTQIS LWRSYESKFG QPVRESGRKL LPAVEFIKNV SNAFNNAAAI VITDPVTGKK RFVIKGIQPR FKALG IADG ERESQVPISA LKSKFLNDSK EITPARQNSI PEVKFPQELS DVSKVACTFL CLLSNDTDDG AGSAFCQRIR PLVLHK LAD IPPLTLALSE YMENTSGL

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9

+
分子 #4: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 54.222691 KDa
配列文字列: MVTQTNPVPV TYPTDAYIPT YLPDDKVSNL ADLKKLIEMD SRLDLYLTRR RLDTSINLPT NTKTKDHPPN KEMLRIYVYN TTESSPRSD SGTPADSGKT TWTLRIEGKL LHESANGKHP FSEFLEGVAV DFKRLKPLGM GKKRKRDSSL SLPLNLQQPE Y NDQDSTMG ...文字列:
MVTQTNPVPV TYPTDAYIPT YLPDDKVSNL ADLKKLIEMD SRLDLYLTRR RLDTSINLPT NTKTKDHPPN KEMLRIYVYN TTESSPRSD SGTPADSGKT TWTLRIEGKL LHESANGKHP FSEFLEGVAV DFKRLKPLGM GKKRKRDSSL SLPLNLQQPE Y NDQDSTMG DNDNGEDEDS AEAESREEIV DALEWNYDEN NVVEFDGIDI KRQGKDNLRC SITIQLRGVD GGKVQYSPNL AT LIGMQTG SVNDAVYSIY KYILINNLFV TEQTEAQDGS NDAEDSSNEN NNKNGAGDDD GVEGSTPKDK PELGEVKLDS LLQ KVLDTN AAHLPLMNVV QTVNKLVSPL PPIILDYTID LSKDTTYGAT TLDVDVSHIL HQPQPQPNLQ KEEETDAEDT AKLR EITKL ALQLNSSAQK YQFFHELSLH PRETLTHYLW SSKQNELVLQ GDQYFNEDAA RTSDIYSNNN NDRSLMGNIS LLYSQ GRL

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6

+
分子 #5: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 48.83318 KDa
配列文字列: MSHQNQLIPQ AYISNFHNRL TNEDDGIPIF TMAQQTRQHK RAKVVNYAEY DNDLFDEFNM NGSNFNNADT HYKDNAVSHE NTPALTNGV TMDGSEYNVL ENMNGADSII SNNKYDAGSN MVVESLSGLN SNNNASNGPS NKAQAQDIGN AVLPDLQDQH H NPFNILRY ...文字列:
MSHQNQLIPQ AYISNFHNRL TNEDDGIPIF TMAQQTRQHK RAKVVNYAEY DNDLFDEFNM NGSNFNNADT HYKDNAVSHE NTPALTNGV TMDGSEYNVL ENMNGADSII SNNKYDAGSN MVVESLSGLN SNNNASNGPS NKAQAQDIGN AVLPDLQDQH H NPFNILRY PKIRDTFING KVVSPYRLNT DQETKANANS GEAIMIPITL DIEHMGHTIK DQFLWNYNDD SISPEEFASI YC KDLDMTS ATLQTQIANI IKEQLKDLEN IAATEIMSDL HVIINLTCNL QDRFFEDNFQ WNLNDKSLTP ERFATSIVQD LGL TREFIP LISQSLHETI LKIKKDWVDG HLIQDHVPND AAFGYLSGIR LDIDELGSNW CPRVEILTKE EIQKREIEKE RNLR RLKRE TDRLSRRGRR RLDDLETTMR M

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1

+
分子 #6: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.871309 KDa
配列文字列: MTESVGGNKL VDFLVNVQSI LNAASVKCHV VDESFPAKFF EKNPDKIYES YCKFIKNRSN SEGLIRNEDK LVLTTINKRF ENGEYEPIQ GGFYKLYHDI KLVCTILIHF YPQGTRNYQL VDKFYKFSSE LLLRECCRIG IALTQTNNIK SRSGKLLSGN E MDEYDDDD ...文字列:
MTESVGGNKL VDFLVNVQSI LNAASVKCHV VDESFPAKFF EKNPDKIYES YCKFIKNRSN SEGLIRNEDK LVLTTINKRF ENGEYEPIQ GGFYKLYHDI KLVCTILIHF YPQGTRNYQL VDKFYKFSSE LLLRECCRIG IALTQTNNIK SRSGKLLSGN E MDEYDDDD ATELDKIISY DFIKISMNYT VPISQTYQIR TKDMDLFSSI ISKSNLDKRP HELPNTNFKI NNVLPQTDIE NE APRLGFV GANTSNIPDP TLPPTEMMTR FLHPNWYALP TTVWLKYGNY NSWAPSFNEN GTVVDSTTRG LIWLERIGYM DLY EKNEKK VKQEELLNTN EEGINRKQND ENNKNVDGKS NGVQDDGGDN DNDATIASAN SESTENKEQF IIKLQNLYNW TPSN YIGDD EIENFRNGTP DKLVSDSLLK LKRLRKERIL NKVLKPTTEE RELYFKVKRI LKEVILAKKV SKVPINNVRA FPVLQ TNYN GSIPVVRAQP GRKRKHKK

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58

+
分子 #7: Nuclear protein STH1/NPS1

分子名称: Nuclear protein STH1/NPS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 156.982406 KDa
配列文字列: MLQEQSELMS TVMNNTPTTV AALAAVAAAS ETNGKLGSEE QPEITIPKPR SSAQLEQLLY RYRAIQNHPK ENKLEIKAIE DTFRNISRD QDIYETKLDT LRKSIDKGFQ YDEDLLNKHL VALQLLEKDT DVPDYFLDLP DTKNDNTTAI EVDYSEKKPI K ISADFNAK ...文字列:
MLQEQSELMS TVMNNTPTTV AALAAVAAAS ETNGKLGSEE QPEITIPKPR SSAQLEQLLY RYRAIQNHPK ENKLEIKAIE DTFRNISRD QDIYETKLDT LRKSIDKGFQ YDEDLLNKHL VALQLLEKDT DVPDYFLDLP DTKNDNTTAI EVDYSEKKPI K ISADFNAK AKSLGLESKF SNATKTALGD PDTEIRISAR ISNRINELER LPANLGTYSL DDCLEFITKD DLSSRMDTFK IK ALVELKS LKLLTKQKSI RQKLINNVAS QAHHNIPYLR DSPFTAAAQR SVQIRSKVIV PQTVRLAEEL ERQQLLEKRK KER NLHLQK INSIIDFIKE RQSEQWSRQE RCFQFGRLGA SLHNQMEKDE QKRIERTAKQ RLAALKSNDE EAYLKLLDQT KDTR ITQLL RQTNSFLDSL SEAVRAQQNE AKILHGEEVQ PITDEEREKT DYYEVAHRIK EKIDKQPSIL VGGTLKEYQL RGLEW MVSL YNNHLNGILA DEMGLGKTIQ SISLITYLYE VKKDIGPFLV IVPLSTITNW TLEFEKWAPS LNTIIYKGTP NQRHSL QHQ IRVGNFDVLL TTYEYIIKDK SLLSKHDWAH MIIDEGHRMK NAQSKLSFTI SHYYRTRNRL ILTGTPLQNN LPELWAL LN FVLPKIFNSA KTFEDWFNTP FANTGTQEKL ELTEEETLLI IRRLHKVLRP FLLRRLKKEV EKDLPDKVEK VIKCKLSG L QQQLYQQMLK HNALFVGAGT EGATKGGIKG LNNKIMQLRK ICNHPFVFDE VEGVVNPSRG NSDLLFRVAG KFELLDRVL PKFKASGHRV LMFFQMTQVM DIMEDFLRMK DLKYMRLDGS TKTEERTEML NAFNAPDSDY FCFLLSTRAG GLGLNLQTAD TVIIFDTDW NPHQDLQAQD RAHRIGQKNE VRILRLITTD SVEEVILERA MQKLDIDGKV IQAGKFDNKS TAEEQEAFLR R LIESETNR DDDDKAELDD DELNDTLARS ADEKILFDKI DKERMNQERA DAKAQGLRVP PPRLIQLDEL PKVFREDIEE HF KKEDSEP LGRIRQKKRV YYDDGLTEEQ FLEAVEDDNM SLEDAIKKRR EARERRRLRQ NGTKENEIET LENTPEASET SLI ENNSFT AAVDEETNAD KETTASRSKR RSSRKKRTIS IVTAEDKENT QEESTSQENG GAKVEEEVKS SSVEIINGSE SKKK KPKLT VKIKLNKTTV LENNDGKRAE EKPESKSPAK KTAAKKTKTK SKSLGIFPTV EKLVEEMREQ LDEVDSHPRT SIFEK LPSK RDYPDYFKVI EKPMAIDIIL KNCKNGTYKT LEEVRQALQT MFENARFYNE EGSWVYVDAD KLNEFTDEWF KEHSS

UniProtKB: Nuclear protein STH1/NPS1

+
分子 #8: High temperature lethal protein 1

分子名称: High temperature lethal protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 9.192524 KDa
配列文字列:
MSQNNTISSM NPERAYNNVT LKNLTAFQLL SQRENICELL NLVESTERHN SIINPERQRM SLEEMKKMLD ALKNERKK

UniProtKB: High temperature lethal protein 1

+
分子 #9: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 101.448211 KDa
配列文字列: MMDMQVRKVR KPPACTQCRK RKIGCDRAKP ICGNCVKYNK PDCFYPDGPG KMVAVPSASG MSTHGNGQGS NHFSQGNGVN QKNVMIQTQ YPIMQTSIEA FNFSFNPSVD TAMQWTKAAS YQNNNTNNNT APRQNSSTVS SNVHGNTIVR SDSPDVPSMD Q IREYNTRL ...文字列:
MMDMQVRKVR KPPACTQCRK RKIGCDRAKP ICGNCVKYNK PDCFYPDGPG KMVAVPSASG MSTHGNGQGS NHFSQGNGVN QKNVMIQTQ YPIMQTSIEA FNFSFNPSVD TAMQWTKAAS YQNNNTNNNT APRQNSSTVS SNVHGNTIVR SDSPDVPSMD Q IREYNTRL QLVNAQSFDY TDNPYSFNVG INQDSAVFDL MTSPFTQEEV LIKEIDFLKN KLLDLQSLQL KSLKEKSNLN AD NTTANKI NKTGENSKKG KVDGKRAGFD HQTSRTSQSS QKYFTALTIT DVQSLVQVKP LKDTPNYLFT KNFIIFRDHY LFK FYNILH DICHINQFKV SPPNNKNHQQ YMEVCKVNFP PKAIIIETLN SESLNNLNIE EFLPIFDKTL LLEFVHNSFP NGDT CPSFS TVDLPLSQLT KLGELTVLLL LLNDSMTLFN KQAINNHVSA LMNNLRLIRS QITLINLEYY DQETIKFIAI TKFYE SLYM HDDHKSSLDE DLSCLLSFQI KDFKLFHFLK KMYYSRHSLL GQSSFMVPAA ENLSPIPASI DTNDIPLIAN DLKLLE TQA KLINILQGVP FYLPVNLTKI ESLLETLTMG VSNTVDLYFH DNEVRKEWKD TLNFINTIVY TNFFLFVQNE SSLSMAV QH SSNNNKTSNS ERCAKDLMKI ISNMHIFYSI TFNFIFPIKS IKSFSSGNNR FHSNGKEFLF ANHFIEILQN FIAITFAI F QRCEVILYDE FYKNLSNEEI NVQLLLIHDK ILEILKKIEI IVSFLRDEMN SNGSFKSIKG FNKVLNLIKY MLRFSKKKQ NFARNSDNNN VTDYSQSAKN KNVLLKFPVS ELNRIYLKFK EISDFLMERE VVQRSIIIDK DLESDNLGIT TANFNDFYDA FYN

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30

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分子 #10: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 101.833961 KDa
配列文字列: MDIRGRKMKK PPACVQCRKR KIGCDRVKPI CGNCMKHNKM DCFYPDVPGQ YVPSSSSSSN TRQVANGPYL NSYYASRRVS KETAALLQK NPELASLEQI REYNTRLQLL NAQNQLNNRS SAANATLNQQ HTQYIPKSVP SLESKPVTSA NESSTPLNWV Q GPAIFHML ...文字列:
MDIRGRKMKK PPACVQCRKR KIGCDRVKPI CGNCMKHNKM DCFYPDVPGQ YVPSSSSSSN TRQVANGPYL NSYYASRRVS KETAALLQK NPELASLEQI REYNTRLQLL NAQNQLNNRS SAANATLNQQ HTQYIPKSVP SLESKPVTSA NESSTPLNWV Q GPAIFHML TSPYTQDEII NHEMNFLKGR LLELQEITGK KITGVNLDLK QDSSAQMQSS HSNRNQEEFL TIKKRKLSED GV TDGDGKP IPESERRPHL NEFKDLDPQF LDTNKVFNVF NSAISEEGRN RLWLLPKNIN KSSIFQIQYL IERDPFLFKF FND LNILIE TQFNGPLHDL VASRNSIERN SGISQILKFP SQSITQTLIN KYLSTITETN SILPILKPKR LLPIVEQLFP SNTI NKPNS KDFETIFQVF SVTNDQLLNL GFITLCLLIL FESLNSTVLI PLRDDEHLQL FNVLFNYLPL LKSNLTTLRF EIEKR SMCN IETLRFISLW KYYQFVMDTS SSSSFVIDYD EDMHMACLLS LNHETQNQSH ILTWNFIFKN YCWRHLFLGQ LPLLMS EPF TNSTPIIDPL LNNDFELIDF EVNLMKYLQS KDQQLSIDKI IQLIKLLKNK NIEVSQGCLT TPSIINNIMD SLIYRNS ML YLNFYLLLQF ETLKNYAKFN EILEDFLELS RETLFFVFSN LANIKFAGHE FTFINKSIVV LQTLVLMLLA LYQRSFDS S KRTNDANEIS EQTDIHSNND NSKRIKNKNV IHLIINKIAM LLSDYTKNCK KQNKLIENLI IKIKTISKYI KNLEENKVT TSADSNYSIN NGFSGISAEQ LIKLNHELSK ISESLIKTDF YEQRKNSTVS NGVLGAAAPV DSDANSDTFG LTKENFNEVF EAIRS

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3

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分子 #11: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 72.372375 KDa
配列文字列: MVVKKRKLAT EAGGSDERPK YLPGKHPKNQ EKTPHVDYNA PLNPKSELFL DDWHIPKFNR FISFTLDVLI DKYKDIFKDF IKLPSRKFH PQYYYKIQQP MSINEIKSRD YEYEDGPSNF LLDVELLTKN CQAYNEYDSL IVKNSMQVVM LIEFEVLKAK N LKRNYLIN ...文字列:
MVVKKRKLAT EAGGSDERPK YLPGKHPKNQ EKTPHVDYNA PLNPKSELFL DDWHIPKFNR FISFTLDVLI DKYKDIFKDF IKLPSRKFH PQYYYKIQQP MSINEIKSRD YEYEDGPSNF LLDVELLTKN CQAYNEYDSL IVKNSMQVVM LIEFEVLKAK N LKRNYLIN SEVKAKLLHY LNKLVDATEK KINQALLGAS SPKNLDDKVK LSEPFMELVD KDELPEYYEI VHSPMALSIV KQ NLEIGQY SKIYDFIIDM LLVFQNAHIF NDPSALIYKD ATTLTNYFNY LIQKEFFPEL QDLNERGEIN LEFDKFEFEN YLA IGGGGP AAAGALAISA LDNDIEPESN REDLIDQADY DFNHFEGLGN GYNRSLLTED YLLNPNNFKK LIAKPETVQS EVKN ERSTT SDIEKTNSLE SEHLKIPKYN VIKSMQKEMQ SLSEQHTMEY KPYKLIQQIY IFSSKNLYSQ ATKPLLGSRP SCNQN WVEY IFNGNELSQN ENAFSFMLQP MQTFLTLQSH LTSSLKDTET LLTINKEPVK SRTSNVNSNL SQPQQQENDV IGNDTK QDI ENLTIGGGNN NDIVGNDNDK RNNITEIFDI RLSEGLNHLM FRCEDKISHE TEFMNFWINV LP

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4

+
分子 #12: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2

分子名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 102.443664 KDa
配列文字列: MMPDDNSNSS TQNSSALYKD LRKEYESLFT LKEDSGLEIS PIFNVLPPKK DYPDYYAVIK NPVSFNTLKK RIPHYTDAQQ FMNDVVQIP WNAKTYNTRD SGIYKYALVL EKYLKDTIYP NLKEKYPQLV YPDLGPLPDE PGYEEFQQKL REKAEEVARA N AARAESSS ...文字列:
MMPDDNSNSS TQNSSALYKD LRKEYESLFT LKEDSGLEIS PIFNVLPPKK DYPDYYAVIK NPVSFNTLKK RIPHYTDAQQ FMNDVVQIP WNAKTYNTRD SGIYKYALVL EKYLKDTIYP NLKEKYPQLV YPDLGPLPDE PGYEEFQQKL REKAEEVARA N AARAESSS SMNSTEAARR LRKTRTSVKR ESEPGTDTNN DEDYEATDMD IDNPKDADFP DLIRKPLINI NPYTRKPLRD NR STTPSHS GTPQPLGPRH RQVSRTQVKR GRPPIIDLPY IQRMKNVMKV LKKEVLDSGI GLTDLFERLP DRHRDANYYI MIA NPISLQ DINKKVKTRR YKTFQEFQND FNLMLTNFRI SHRGDPESIK ISNILEKTFT SLARFELSKP DRSFIPEGEL RYPL DEVIV NNISYHVGDW ALLRNQNDPQ KPIVGQIFRL WKTPDGKQWL NACWYYRPEQ TVHRVDRLFY KNEVMKTGQY RDHLV SNLV GKCYVIHFTR YQRGNPDMKL EGPLFVCEFR YNESDKIFNK IRTWKACLPE EIRDLDEATI PVNGRKFFKY PSPIRH LLP ANATPHDRVP EPTMGSPDAP PLVGAVYMRP KMQRDDLGEY ATSDDCPRYI IRPNDSPEEG QVDIETGTIT TNTPTAN AL PKTGYSSSKL SSLRYNRSSM SLENQNAIGQ QQIPLSRVGS PGAGGPLTVQ GLKQHQLQRL QQQQHQYQQQ KRSQASRY N IPTIIDDLTS QASRGNLGNI MIDAASSFVL PISITKNVDV LQRTDLHSQT KRSGREEMFP WKKTKGEILW FRGPSVIVN ERIINSGDPH LSLPLNRWFT TNKKRKLEYE EVEETMEDVT GKDKDDDGLE PDVENEKESL PGPFVLGLRP SAKFTAHRLS MLRPPSSSS

UniProtKB: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2

+
分子 #13: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 280000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る