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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9857 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Chikungunya VLP in complex with its receptor MXRA8 | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of Chikungunya VLP in complex with its receptor MXRA8 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Song H / Liu S / Gao GF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Molecular Basis of Arthritogenic Alphavirus Receptor MXRA8 Binding to Chikungunya Virus Envelope Protein. 著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M ...著者: Hao Song / Zhennan Zhao / Yan Chai / Xiyue Jin / Changyao Li / Fei Yuan / Sheng Liu / Zhengrong Gao / Haiyuan Wang / Jian Song / Leonardo Vazquez / Yanfang Zhang / Shuguang Tan / Carlos M Morel / Jinghua Yan / Yi Shi / Jianxun Qi / Feng Gao / George F Gao / 要旨: Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was ...Arthritogenic alphaviruses, such as Chikungunya virus (CHIKV), cause severe and debilitating rheumatic diseases worldwide, resulting in severe morbidity and economic costs. Recently, MXRA8 was reported as an entry receptor. Here, we present the crystal structures of the mouse MXRA8, human MXRA8 in complex with the CHIKV E protein, and the cryo-electron microscopy structure of human MXRA8 and CHIKV virus-like particle. MXRA8 has two Ig-like domains with unique structural topologies. This receptor binds in the "canyon" between two protomers of the E spike on the surface of the virion. The atomic details at the interface between the two binding entities reveal that both the two domains and the hinge region of MXRA8 are involved in interaction with CHIKV E1-E2 residues from two protomers. Notably, the stalk region of MXRA8 is critical for CHIKV virus entry. This finding provides important information regarding the development of therapeutic countermeasures against those arthritogenic alphaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9857.map.gz | 141.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9857-v30.xml emd-9857.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9857_fsc.xml | 23.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9857.png | 242 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9857 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9857 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9857_validation.pdf.gz | 78.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9857_full_validation.pdf.gz | 77.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9857_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9857 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9857 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of Chikungunya VLP in complex with its receptor MXRA8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chikungunya VLP complexed with its receptor MXRA8
全体 | 名称: Chikungunya VLP complexed with its receptor MXRA8 |
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要素 |
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-超分子 #1: Chikungunya VLP complexed with its receptor MXRA8
超分子 | 名称: Chikungunya VLP complexed with its receptor MXRA8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) 株: 119067 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293T |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |