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万見
- EMDB-9850: CD98hc extracellular domain bound to HBJ127 Fab and MEM-108 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9850
タイトルCD98hc extracellular domain bound to HBJ127 Fab and MEM-108 Fab
マップデータMasked, sharpend map calculated with the mask covering CD98hc-ED and two Fabs.
試料
  • 複合体: CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTransporter / Glycoprotein / Complex / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane ...Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / isoleucine transport / phenylalanine transport / methionine transport / valine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / calcium:sodium antiporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / proline transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Lee Y / Nishizawa T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16J07405 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101082 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101115 日本
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the human L-type amino acid transporter 1 in complex with glycoprotein CD98hc.
著者: Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Chunhuan Jin / Lili Quan / Ryuichi Ohgaki / Suguru Okuda / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Kazumasa Oda / Ryuichiro Ishitani / Takeshi ...著者: Yongchan Lee / Pattama Wiriyasermkul / Chunhuan Jin / Lili Quan / Ryuichi Ohgaki / Suguru Okuda / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Kazumasa Oda / Ryuichiro Ishitani / Takeshi Yokoyama / Takanori Nakane / Mikako Shirouzu / Hitoshi Endou / Shushi Nagamori / Yoshikatsu Kanai / Osamu Nureki /
要旨: The L-type amino acid transporter 1 (LAT1 or SLC7A5) transports large neutral amino acids across the membrane and is crucial for brain drug delivery and tumor growth. LAT1 forms a disulfide-linked ...The L-type amino acid transporter 1 (LAT1 or SLC7A5) transports large neutral amino acids across the membrane and is crucial for brain drug delivery and tumor growth. LAT1 forms a disulfide-linked heterodimer with CD98 heavy chain (CD98hc, 4F2hc or SLC3A2), but the mechanism of assembly and amino acid transport are poorly understood. Here we report the cryo-EM structure of the human LAT1-CD98hc heterodimer at 3.3-Å resolution. LAT1 features a canonical Leu T-fold and exhibits an unusual loop structure on transmembrane helix 6, creating an extended cavity that might accommodate bulky amino acids and drugs. CD98hc engages with LAT1 through the extracellular, transmembrane and putative cholesterol-mediated interactions. We also show that two anti-CD98 antibodies recognize distinct, multiple epitopes on CD98hc but not its glycans, explaining their robust reactivities. These results reveal the principles of glycoprotein-solute carrier assembly and provide templates for improving preclinical drugs and antibodies targeting LAT1 or CD98hc.
履歴
登録2019年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jmr
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9850.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9850.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked, sharpend map calculated with the mask covering CD98hc-ED and two Fabs.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 190 pix.
= 283.1 Å		1.49 Å/pix.
x 190 pix.
= 283.1 Å		1.49 Å/pix.
x 190 pix.
= 283.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.49 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.086455256 - 0.14439514
平均 (標準偏差)0.00019591463 (±0.0033973865)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ190190190
Spacing190190190
セルA=B=C: 283.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.491.491.49
M x/y/z190190190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.100283.100283.100
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ858858858
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS190190190
D min/max/mean-0.0860.1440.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9850_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 used for FSC calculation.

ファイルemd_9850_half_map_1.map
注釈Half map 1 used for FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 used for FSC calculation.

ファイルemd_9850_half_map_2.map
注釈Half map 2 used for FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab

全体名称: CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab
要素
  • 複合体: CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
    • タンパク質・ペプチド: Antibody
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab

超分子名称: CD98hc extracellular domain bound to MEM-108 Fab and HBJ127 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225 kDa/nm

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分子 #1: Antibody

分子名称: Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.831834 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVKLLESGPG LVQPSQSLSI TCTVSGFSLT TYGIHWVRQP PGKGLEWLGV IWSNGRIDYN AAFISRLSIT KDNSKSQVFF KMNSLQDDD TAIYYCARNV YDSLTWFTYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
QVKLLESGPG LVQPSQSLSI TCTVSGFSLT TYGIHWVRQP PGKGLEWLGV IWSNGRIDYN AAFISRLSIT KDNSKSQVFF KMNSLQDDD TAIYYCARNV YDSLTWFTYW GQGTLVTVSA AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP RD

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分子 #2: Antibody

分子名称: Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.11467 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIQMTQSPSS LAVSVGEKVT MTCKSSQSLL YSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIFWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFPLT ISSVKAEDL AVYFCQQYTS YPTFGGGTKL EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列:
DIQMTQSPSS LAVSVGEKVT MTCKSSQSLL YSSNQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIFWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFPLT ISSVKAEDL AVYFCQQYTS YPTFGGGTKL EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE

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分子 #3: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.069625 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSELQPPEAS IAVVSIPRQL PGSHSEAGVQ GLSAGDDSEL GSHCVAQTGL ELLASGDPLP SASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDP PALASKNAEV TGTMSQDTEV DMKEVELNEL EPEKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA A KFTGLSKE ...文字列:
GSELQPPEAS IAVVSIPRQL PGSHSEAGVQ GLSAGDDSEL GSHCVAQTGL ELLASGDPLP SASQNAEMIE TGSDCVTQAG LQLLASSDP PALASKNAEV TGTMSQDTEV DMKEVELNEL EPEKQPMNAA SGAAMSLAGA EKNGLVKIKV AEDEAEAAAA A KFTGLSKE ELLKVAGSPG WVRTRWALLL LFWLGWLGML AGAVVIIVRA PRCRELPAQK WWHTGALYRI GDLQAFQGHG AG NLAGLKG RLDYLSSLKV KGLVLGPIHK NQKDDVAQTD LLQIDPNFGS KEDFDSLLQS AKKKSIRVIL DLTPNYRGEN SWF STQVDT VATKVKDALE FWLQAGVDGF QVRDIENLKD ASSFLAEWQN ITKGFSEDRL LIAGTNSSDL QQILSLLESN KDLL LTSSY LSDSGSTGEH TKSLVTQYLN ATGNRWCSWS LSQARLLTSF LPAQLLRLYQ LMLFTLPGTP VFSYGDEIGL DAAAL PGQP MEAPVMLWDE SSFPDIPGAV SANMTVKGQS EDPGSLLSLF RRLSDQRSKE RSLLHGDFHA FSAGPGLFSY IRHWDQ NER FLVVLNFGDV GLSAGLQASD LPASASLPAK ADLLLSTQPG REEGSPLELE RLKLEPHEGL LLRFPYAA

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2

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分子 #4: Antibody

分子名称: Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 22.577857 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFPLT (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)WVRQP PGKGLEWLG(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RLSI SKDNSK SQV FLKMNSLQTD ...文字列:
QVQLKESGPG LVAPSQSLSI TCTVSGFPLT (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)WVRQP PGKGLEWLG(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RLSI SKDNSK SQV FLKMNSLQTD DTARYYCAR(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)W GQGTSVT VS SAKTTPPSVY PLAPGS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)SMVTLGCLV KGYFPEPVTV TWNSGSLSSG VHTFPAVL Q SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV PRD

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分子 #5: Antibody

分子名称: Antibody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.227152 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DIVMSQSPSS LVVSVGEKVT MSC(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)WYQQKPGQS PKLLIY(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) GVPDRF TGSGSGTDFT ...文字列:
DIVMSQSPSS LVVSVGEKVT MSC(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)WYQQKPGQS PKLLIY(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) GVPDRF TGSGSGTDFT LTISSVKAED LAVYYC(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)FGG G TKLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN SWTDQDSKDS TYSMSSTLT LTKDEYERHN SYTCEATHKT STSPIVKSFN RNE

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160553
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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