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万見
- EMDB-9842: eIF2 - eIF2B (2 molecule) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9842
タイトルeIF2 - eIF2B (2 molecule)
マップデータ
試料
  • 複合体: eIF2 - eIF2B (2 molecule)
    • 複合体: eIF2B
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Ba
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bb
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bg
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bd
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Be
    • 複合体: eIF2
      • タンパク質・ペプチド: eIF2a
      • タンパク質・ペプチド: eIF2b
      • タンパク質・ペプチド: eIF2g
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ cell proliferation / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process ...male germ cell proliferation / regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / response to kainic acid / HRI-mediated signaling / Cellular response to mitochondrial stress / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / methionyl-initiator methionine tRNA binding / negative regulation of translational initiation in response to stress / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / Recycling of eIF2:GDP / PERK-mediated unfolded protein response / PERK regulates gene expression / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / regulation of translational initiation in response to stress / protein-synthesizing GTPase / cytoplasmic translational initiation / translation factor activity, RNA binding / formation of translation preinitiation complex / oligodendrocyte development / guanyl-nucleotide exchange factor complex / astrocyte development / eukaryotic 48S preinitiation complex / astrocyte differentiation / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / mitophagy / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of translational initiation / response to glucose / stress granule assembly / ovarian follicle development / translation initiation factor binding / myelination / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / guanyl-nucleotide exchange factor activity / central nervous system development / translational initiation / hippocampus development / PKR-mediated signaling / ABC-family proteins mediated transport / response to peptide hormone / cytoplasmic stress granule / male gonad development / cellular response to UV / ribosome binding / regulation of translation / T cell receptor signaling pathway / cellular response to oxidative stress / cellular response to heat / response to heat / in utero embryonic development / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / GTPase activity / mRNA binding / synapse / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal ...Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / : / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Trimeric LpxA-like superfamily / S1 domain profile. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / Elongation factor Tu domain 2 / S1 RNA binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Translation initiation factor eIF2B subunit beta / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Kashiwagi K / Yokoyama T / Ito T
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural basis for eIF2B inhibition in integrated stress response.
著者: Kazuhiro Kashiwagi / Takeshi Yokoyama / Madoka Nishimoto / Mari Takahashi / Ayako Sakamoto / Mayumi Yonemochi / Mikako Shirouzu / Takuhiro Ito /
要旨: A core event in the integrated stress response, an adaptive pathway common to all eukaryotic cells in response to various stress stimuli, is the phosphorylation of eukaryotic translation initiation ...A core event in the integrated stress response, an adaptive pathway common to all eukaryotic cells in response to various stress stimuli, is the phosphorylation of eukaryotic translation initiation factor 2 (eIF2). Normally, unphosphorylated eIF2 transfers the methionylated initiator tRNA to the ribosome in a guanosine 5'-triphosphate-dependent manner. By contrast, phosphorylated eIF2 inhibits its specific guanine nucleotide exchange factor, eIF2B. To elucidate how the eIF2 phosphorylation status regulates the eIF2B activity, we determined cryo-electron microscopic and crystallographic structures of eIF2B in complex with unphosphorylated or phosphorylated eIF2. The unphosphorylated and phosphorylated forms of eIF2 bind to eIF2B in completely different manners: the nucleotide exchange-active and -inactive modes, respectively. These structures explain how phosphorylated eIF2 dominantly inhibits the nucleotide exchange activity of eIF2B.
履歴
登録2019年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月1日-
マップ公開2019年5月1日-
更新2019年6月12日-
現状2019年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0179
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0179
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0179 / ムービー #1: 0.0179
最小 - 最大-0.025003737 - 0.07427283
平均 (標準偏差)0.00019365162 (±0.0034214372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 367.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.471.471.47
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.500367.500367.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0250.0740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : eIF2 - eIF2B (2 molecule)

全体名称: eIF2 - eIF2B (2 molecule)
要素
  • 複合体: eIF2 - eIF2B (2 molecule)
    • 複合体: eIF2B
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Ba
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bb
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bg
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Bd
      • タンパク質・ペプチド: eIF2Be
    • 複合体: eIF2
      • タンパク質・ペプチド: eIF2a
      • タンパク質・ペプチド: eIF2b
      • タンパク質・ペプチド: eIF2g

+
超分子 #1: eIF2 - eIF2B (2 molecule)

超分子名称: eIF2 - eIF2B (2 molecule) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: eIF2B

超分子名称: eIF2B / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: eIF2

超分子名称: eIF2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: eIF2Ba

分子名称: eIF2Ba / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGG ELFLRFISLA SLEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI K DGATILTH AYSRVVLRVL EAAVAAKKRF SVYVTESQPD LSGKKMAKAL ...文字列:
MDDKELIEYF KSQMKEDPDM ASAVAAIRTL LEFLKRDKGE TIQGLRANLT SAIETLCGVD SSVAVSSGG ELFLRFISLA SLEYSDYSKC KKIMIERGEL FLRRISLSRN KIADLCHTFI K DGATILTH AYSRVVLRVL EAAVAAKKRF SVYVTESQPD LSGKKMAKAL CHLNVPVTVV LD AAVGYIM EKADLVIVGA EGVVENGGII NKIGTNQMAV CAKAQNKPFY VVAESFKFVR LFP LNQQDV PDKFKYKADT LKVAQTGQDL KEEHPWVDYT APSLITLLFT DLGVLTPSAV SDEL IKLYL

+
分子 #2: eIF2Bb

分子名称: eIF2Bb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMT AAQPSETTVG NMVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN E DFSFHYAQ LQSNIIEAIN ELLVELEGTM ENIAAQALEH IHSNEVIMTI ...文字列:
MPGSAAKGSE LSERIESFVE TLKRGGGPRS SEEMARETLG LLRQIITDHR WSNAGELMEL IRREGRRMT AAQPSETTVG NMVRRVLKII REEYGRLHGR SDESDQQESL HKLLTSGGLN E DFSFHYAQ LQSNIIEAIN ELLVELEGTM ENIAAQALEH IHSNEVIMTI GFSRTVEAFL KE AARKRKF HVIVAECAPF CQGHEMAVNL SKAGIETTVM TDAAIFAVMS RVNKVIIGTK TIL ANGALR AVTGTHTLAL AAKHHSTPLI VCAPMFKLSP QFPNEEDSFH KFVAPEEVLP FTEG DILEK VSVHCPVFDY VPPELITLFI SNIGGNAPSY IYRLMSELYH PDDHVL

+
分子 #3: eIF2Bg

分子名称: eIF2Bg / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKM KMKPDIVCIP DDADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD L FRAYDASL AMLMRKGQDS IEPVPGQKGK KKAVEQRDFI GVDSTGKRLL ...文字列:
MEFQAVVMAV GGGSRMTDLT SSIPKPLLPV GNKPLIWYPL NLLERVGFEE VIVVTTRDVQ KALCAEFKM KMKPDIVCIP DDADMGTADS LRYIYPKLKT DVLVLSCDLI TDVALHEVVD L FRAYDASL AMLMRKGQDS IEPVPGQKGK KKAVEQRDFI GVDSTGKRLL FMANEADLDE EL VIKGSIL QKHPRIRFHT GLVDAHLYCL KKYIVDFLME NGSITSIRSE LIPYLVRKQF SSA SSQQGQ EEKEEDLKKK ELKSLDIYSF IKEANTLNLA PYDACWNACR GDRWEDLSRS QVRC YVHIM KEGLCSRVST LGLYMEANRQ VPKLLSALCP EEPPVHSSAQ IVSKHLVGVD SLIGP ETQI GEKSSIKRSV IGSSCLIKDR VTITNCLLMN SVTVEEGSNI QGSVICNNAV IEKGAD IKD CLIGSGQRIE AKAKRVNEVI VGNDQLMEI

+
分子 #4: eIF2Bd

分子名称: eIF2Bd / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQC QVGPTRELPE SGIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK G EQGGPPPK ASPSTAGETP SGVKRLPEYP QVDDLLLRRL VKKPERQQVP ...文字列:
MAAVAVAVRE DSGSGMKAEL PPGPGAVGRE MTKEEKLQLR KEKKQQKKKR KEEKGAEPET GSAVSAAQC QVGPTRELPE SGIQLGTPRE KVPAGRSKAE LRAERRAKQE AERALKQARK G EQGGPPPK ASPSTAGETP SGVKRLPEYP QVDDLLLRRL VKKPERQQVP TRKDYGSKVS LF SHLPQYS RQNSLTQFMS IPSSVIHPAM VRLGLQYSQG LVSGSNARCI ALLRALQQVI QDY TTPPNE ELSRDLVNKL KPYMSFLTQC RPLSASMHNA IKFLNKEITS VGSSKREEEA KSEL RAAID RYVQEKIVLA AQAISRFAYQ KISNGDVILV YGCSSLVSRI LQEAWTEGRR FRVVV VDSR PWLEGRHTLR SLVHAGVPAS YLLIPAASYV LPEVSKVLLG AHALLANGSV MSRVGT AQL ALVARAHNVP VLVCCETYKF CERVQTDAFV SNELDDPDDL QCKRGEHVAL ANWQNHA SL RLLNLVYDVT PPELVDLVIT ELGMIPCSSV PVVLRVKSSD Q

+
分子 #5: eIF2Be

分子名称: eIF2Be / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLP LANVALIDYT LEFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV V RIITSELY RSLGDVLRDV DAKALVRSDF LLVYGDVISN INITRALEEH ...文字列:
MAAPVVAPPG VVVSRANKRS GAGPGGSGGG GARGAEEEPP PPLQAVLVAD SFDRRFFPIS KDQPRVLLP LANVALIDYT LEFLTATGVQ ETFVFCCWKA AQIKEHLLKS KWCRPTSLNV V RIITSELY RSLGDVLRDV DAKALVRSDF LLVYGDVISN INITRALEEH RLRRKLEKNV SV MTMIFKE SSPSHPTRCH EDNVVVAVDS TTNRVLHFQK TQGLRRFAFP LSLFQGSSDG VEV RYDLLD CHISICSPQV AQLFTDNFDY QTRDDFVRGL LVNEEILGNQ IHMHVTAKEY GARV SNLHM YSAVCADVIR RWVYPLTPEA NFTDSTTQSC THSRHNIYRG PEVSLGHGSI LEENV LLGS GTVIGSNCFI TNSVIGPGCH IGDNVVLDQT YLWQGVRVAA GAQIHQSLLC DNAEVK ERV TLKPRSVLTS QVVVGPNITL PEGSVISLHP PDAEEDEDDG EFSDDSGADQ EKDKVKM KG YNPAEVGAAG KGYLWKAAGM NMEEEEELQQ NLWGLKINME EESESESEQS MDSEEPDS R GGSPQMDDIK VFQNEVLGTL QRGKEENISC DNLVLEINSL KYAYNISLKE VMQVLSHVV LEFPLQQMDS PLDSSRYCAL LLPLLKAWSP VFRNYIKRAA DHLEALAAIE DFFLEHEALG ISMAKVLMA FYQLEILAEE TILSWFSQRD TTDKGQQLRK NQQLQRFIQW LKEAEEESSE D D

+
分子 #6: eIF2a

分子名称: eIF2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNE CVVVIRVDKE KGYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL E YTKDEQLE SLFQRTAWVF DDKYKRPGYG AYDAFKHAVS DPSILDSLDL ...文字列:
MPGLSCRFYQ HKFPEVEDVV MVNVRSIAEM GAYVSLLEYN NIEGMILLSE LSRRRIRSIN KLIRIGRNE CVVVIRVDKE KGYIDLSKRR VSPEEAIKCE DKFTKSKTVY SILRHVAEVL E YTKDEQLE SLFQRTAWVF DDKYKRPGYG AYDAFKHAVS DPSILDSLDL NEDEREVLIN NI NRRLTPQ AVKIRADIEV ACYGYEGIDA VKEALRAGLN CSTENMPIKI NLIAPPRYVM TTT TLERTE GLSVLSQAMA VIKEKIEEKR GVFNVQMEPK VVTDTDETEL ARQMERLERE NAEV DGDDD AEEMEAKAED

+
分子 #7: eIF2b

分子名称: eIF2b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDD LDDLNFFNQK KKKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI M LGNKKKKK KNVKFPDEDE ILEKDEALED EDNKKDDGIS FSNQTGPAWA ...文字列:
MSGDEMIFDP TMSKKKKKKK KPFMLDEEGD TQTEETQPSE TKEVEPEPTE DKDLEADEED TRKKDASDD LDDLNFFNQK KKKKKTKKIF DIDEAEEGVK DLKIESDVQE PTEPEDDLDI M LGNKKKKK KNVKFPDEDE ILEKDEALED EDNKKDDGIS FSNQTGPAWA GSERDYTYEE LL NRVFNIM REKNPDMVAG EKRKFVMKPP QVVRVGTKKT SFVNFTDICK LLHRQPKHLL AFL LAELGT SGSIDGNNQL VIKGRFQQKQ IENVLRRYIK EYVTCHTCRS PDTILQKDTR LYFL QCETC HSRCSVASIK TGFQAVTGKR AQLRAKAN

+
分子 #8: eIF2g

分子名称: eIF2g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRF KNELERNITI KLGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG T KGNFKLVR HVSFVDCPGH DILMATMLNG AAVMDAALLL IAGNESCPQP ...文字列:
MAGGEAGVTL GQPHLSRQDL TTLDVTKLTP LSHEVISRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVKA ISGVHTVRF KNELERNITI KLGYANAKIY KLDDPSCPRP ECYRSCGSST PDEFPTDIPG T KGNFKLVR HVSFVDCPGH DILMATMLNG AAVMDAALLL IAGNESCPQP QTSEHLAAIE IM KLKHILI LQNKIDLVKE SQAKEQYEQI LAFVQGTVAE GAPIIPISAQ LKYNIEVVCE YIV KKIPVP PRDFTSEPRL IVIRSFDVNK PGCEVDDLKG GVAGGSILKG VLKVGQEIEV RPGI VSKDS EGKLMCKPIF SKIVSLFAEH NDLQYAAPGG LIGVGTKIDP TLCRADRMVG QVLGA VGAL PEIFTELEIS YFLLRRLLGV RTEGDKKAAK VQKLSKNEVL MVNIGSLSTG GRVSAV KAD LGKIVLTNPV CTEVGEKIAL SRRVEKHWRL IGWGQIRRGV TIKPTVDDD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35184
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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