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- EMDB-9832: Tetrameric PepTSo2 incorporated in salipro nano particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9832
タイトルTetrameric PepTSo2 incorporated in salipro nano particle
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric PepTSo2 with saposin A
    • タンパク質・ペプチド: Proton:oligopeptide symporter POT family
キーワードPeptide transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport / tripeptide transmembrane transporter activity / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Dipeptide/tripeptide permease / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton:oligopeptide symporter POT family
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア) / Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Kawamoto A / Matoba K
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science24227004 日本
Japan Society for the Promotion of Science25291011 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for oligomerization of the prokaryotic peptide transporter PepT.
著者: Reina Nagamura / Masahiro Fukuda / Akihiro Kawamoto / Kyoko Matoba / Naoshi Dohmae / Ryuichiro Ishitani / Junichi Takagi / Osamu Nureki /
要旨: Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. ...Proton-dependent oligopeptide transporters (POTs) belong to the major facilitator superfamily (MFS) and transport dipeptides and tripeptides from the extracellular environment into the target cell. The human POTs PepT1 and PepT2 are also involved in the absorption of various orally ingested drugs. Previously reported structures revealed that the bacterial POTs possess 14 helices, of which H1-H6 and H7-H12 constitute the typical MFS fold and the residual two helices are involved in the cytoplasmic linker. PepT from Shewanella oneidensis is a unique POT which reportedly assembles as a 200 kDa tetramer. Although the previously reported structures suggested the importance of H12 for tetramer formation, the structural basis for the PepT-specific oligomerization remains unclear owing to the lack of a high-resolution tetrameric structure. In this study, the expression and purification conditions for tetrameric PepT were optimized. A single-particle cryo-EM analysis revealed the tetrameric structure of PepT incorporated into Salipro nanoparticles at 4.1 Å resolution. Furthermore, a combination of lipidic cubic phase (LCP) crystallization and an automated data-processing system for multiple microcrystals enabled crystal structures of PepT to be determined at resolutions of 3.5 and 3.9 Å. The present structures in a lipid bilayer revealed the detailed mechanism for the tetrameric assembly of PepT, in which a characteristic extracellular loop (ECL) interacts with two asparagine residues on H12 which were reported to be important for tetramerization and plays an essential role in oligomeric assembly. This study provides valuable insights into the oligomerization mechanism of this MFS-type transporter, which will further pave the way for understanding other oligomeric membrane proteins.
履歴
登録2019年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月15日-
マップ公開2019年5月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ji1
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9832.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9832.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 264.48 Å		0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 264.48 Å		0.87 Å/pix.
x 304 pix.
= 264.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.09303759 - 0.1250117
平均 (標準偏差)0.00031285142 (±0.0036033548)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 264.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.870.870.87
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.480264.480264.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-0.0930.1250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric PepTSo2 with saposin A

全体名称: Tetrameric PepTSo2 with saposin A
要素
  • 複合体: Tetrameric PepTSo2 with saposin A
    • タンパク質・ペプチド: Proton:oligopeptide symporter POT family

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超分子 #1: Tetrameric PepTSo2 with saposin A

超分子名称: Tetrameric PepTSo2 with saposin A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア)

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分子 #1: Proton:oligopeptide symporter POT family

分子名称: Proton:oligopeptide symporter POT family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 株: MR-1
分子量理論値: 57.626559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MTLGTNQVSK THSFMTVSLI ELWERFGYYG MQALIVYFMV QRLGFDDSRA NLVWSACAAL IYVSPAIGGW VGDKILGTKR TMLLGAGIL SVGYALMTVP TENTWFMFSA LGVIVVGNGL FKPNAGNLVR KIYEGDDSKI DSAFTIYYMA VNVGSTFSML L TPWIKDYV ...文字列:
MTLGTNQVSK THSFMTVSLI ELWERFGYYG MQALIVYFMV QRLGFDDSRA NLVWSACAAL IYVSPAIGGW VGDKILGTKR TMLLGAGIL SVGYALMTVP TENTWFMFSA LGVIVVGNGL FKPNAGNLVR KIYEGDDSKI DSAFTIYYMA VNVGSTFSML L TPWIKDYV NAQYGNEFGW HAAFAVCCVG ILVGLGNYAL MHKSLANYGS EPDTRPVNKK SLAIVLALAA LSVVASAIIL EY EDVARVF VYAAGVAVLG IFFHLIRTSE PSERAGLIAA LILTVQTVFF FIFYQQMSTS LALFALRNVD WDFQVFGTHL WTW SPAQFQ ALNPIWIMVL SPVLAWSYSW AGRNNKDFSI AAKFALGFAV VAIGFFIYGF AGQFAVNGKT SSWVMIWGYA SYSL GELLV SGLGLAMIAR YVPARMGGFM MGAYFVASGI SQYLGGVVAN FASVPQDLVD PLQTLPVYTN LFNKLGVAAV VCTII ALAV LPLMRRLTES HHAHSSIENN AAASLRDVKA EQLESSGENL YFQ

UniProtKB: Proton:oligopeptide symporter POT family

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNa-phosphatesodium phosphate
200.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotted for 4.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 79.55 K / 最高: 79.55 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 1609 / 平均電子線量: 82.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 288417
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta) / 使用した粒子像数: 43172
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6ji1:
Tetrameric PepTSo2 incorporated in salipro nano particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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