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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9747 | |||||||||
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タイトル | Type VI secretion system membrane core complex | |||||||||
マップデータ | T6SS membrane core complex | |||||||||
試料 |
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キーワード | Type VI secretion system membrane core complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli 55989 (大腸菌) / Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Meng Y / Zhaofeng Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2019 タイトル: Architecture of type VI secretion system membrane core complex. 著者: Meng Yin / Zhaofeng Yan / Xueming Li / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9747.map.gz | 15.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9747-v30.xml emd-9747.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9747.png | 169.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9747.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9747 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9747_validation.pdf.gz | 406.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9747_full_validation.pdf.gz | 406.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9747_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9747_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9747 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9747 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9747.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T6SS membrane core complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type VI Secretion System membrane core complex TssJLM
全体 | 名称: Type VI Secretion System membrane core complex TssJLM |
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要素 |
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-超分子 #1: Type VI Secretion System membrane core complex TssJLM
超分子 | 名称: Type VI Secretion System membrane core complex TssJLM タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 55989 (大腸菌) / 株: 55989 |
-分子 #1: Type VI Secretion System TssJ
分子 | 名称: Type VI Secretion System TssJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌) 株: 55989 / EAEC |
分子量 | 理論値: 19.27109 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAIIAGKAGY GLIIALFSLS LSGCGLTQRV ADGTVSATKS LFYRQIKTLH LDIRAREAIN TSAAGIPLSV VVRIYQLKDN RSFDSADYQ ALFTGDNEIL AGDIIAQKDV WLQPGGSVAV DMPLDDAAKF TGVAAMFLEP DQKKNTWRVV LGRDELEPDT P RLIEVSGN TLTLLPVKDK UniProtKB: Type VI secretion system lipoprotein TssJ |
-分子 #2: Type VI Secretion System TssM
分子 | 名称: Type VI Secretion System TssM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain 55989 / EAEC) (大腸菌) 株: 55989 / EAEC |
分子量 | 理論値: 127.11307 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNKLACLSGR FGRPGIVFIG VAALWWLITR YGAYLGAETR RDQILLLILL SLGVLFVCYL PVMKKYVQEL TYRRRARKEQ RLPDDEERL AQTPPRYVTV QDIRHTLRRQ YGRFWGRKIR ILLITGTASE VELLTPGLTE QFWQEEQGTL LLWGGDPSQP E NADWLAAL ...文字列: MNKLACLSGR FGRPGIVFIG VAALWWLITR YGAYLGAETR RDQILLLILL SLGVLFVCYL PVMKKYVQEL TYRRRARKEQ RLPDDEERL AQTPPRYVTV QDIRHTLRRQ YGRFWGRKIR ILLITGTASE VELLTPGLTE QFWQEEQGTL LLWGGDPSQP E NADWLAAL RRLRYRPADG IVWVTSGLSE TLSAPLTEDA LDRVSRAVSS CCERLGWRLP LYVWSLQESP DERGRITQPV GC LLPAECS SDKLKAQLQA MLPGLVAQGI QQICCAPRYY FLLSLAERFR RNIDAVVEPL SVLLRPYRQL LLAGIVFSPA TVG GERSVR HRWRMDNRWE ALPETVQQLP VRLQPSRTGH NWRRSLAVMA AILMMAQGTG MVVSFLANRS LVAEVQEQIR PAQN QQLSP AERLQALLNL QKSLARLQYR EEHGAPWYLR AGMNQNADLL AVVMPLYAQN AHLLLRDAAA AHLEQQLRTF IRLPP DSPQ RGKMAKAAYD QLRLYLMLAQ PQHMEPAWFS RTLMREWPQR DGVSAVFWQA NGPTLLAYYA SGIITHPQWK LTADEE LVS QSRTLLLRHL GTQNSDAMLY QKMLARVAHQ FADMRLTDMT GDTDVSRLFF TDEVVPGMFT RQAWEEAVLP SIDTVIN ER REEMDWVLTD GRQKAPSPVS PEALRQRLTT RYFADFGNAW LNFLNSLHLR KAQTLSDVTE QLTLMADVRQ SPLVALMN T LAVQGCTGQP REAVTDSLVK SARNLLSQEK QPVAVPESRL HGPLATTFGP VLALMDNQNN SADMLNLQTY LTRVTQVRL RLQQIAGSSD PQAMMQLLAQ TVLQGKSVDL TDTRDYGSLT AAGLGQEWYG FGQTVFVRPM EQAWQQVLTP AAESLNARWR TAVVDGWNN AFSGRYPFKN VSSDASLPLL AKYLNTDTGR IARFLQNNLS GVLHREGSRW VPDTINTRGL TFNPAFLKAI N TLSEIADV AFTTGNAGLH FELRPGTAAG VMQTTLITDN QKLIYVNQMP VWKRFTWPAD TEAPGASLSW VSTQAGTRQY AD LPGSWGL IRLLEMARRK AAPGVASGWS LSWQAQDGRM LNYTLRTEAG EGPLVLLKLR NFVLPETVFE LSGTSAFTGN DED AGDTVE ETD UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44069 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |