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万見
- EMDB-9693: Cryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9693
タイトルCryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus
マップデータCryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus
試料
  • ウイルス: Sindbis virus (シンドビスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Assembly protein E3
  • リガンド: Octadecane
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis ...viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SINV (シンドビスウイルス) / Sindbis virus (シンドビスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zhang X / Ma J / Chen L
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Implication for alphavirus host-cell entry and assembly indicated by a 3.5Å resolution cryo-EM structure.
著者: Lihong Chen / Ming Wang / Dongjie Zhu / Zhenzhao Sun / Jun Ma / Jinglin Wang / Lingfei Kong / Shida Wang / Zaisi Liu / Lili Wei / Yuwen He / Jingfei Wang / Xinzheng Zhang /
要旨: Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. ...Alphaviruses are enveloped RNA viruses that contain several human pathogens. Due to intrinsic heterogeneity of alphavirus particles, a high resolution structure of the virion is currently lacking. Here we provide a 3.5 Å cryo-EM structure of Sindbis virus, using block based reconstruction method that overcomes the heterogeneity problem. Our structural analysis identifies a number of conserved residues that play pivotal roles in the virus life cycle. We identify a hydrophobic pocket in the subdomain D of E2 protein that is stabilized by an unknown pocket factor near the viral membrane. Residues in the pocket are conserved in different alphaviruses. The pocket strengthens the interactions of the E1/E2 heterodimer and may facilitate virus assembly. Our study provides structural insights into alphaviruses that may inform the design of drugs and vaccines.
履歴
登録2018年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2019年3月13日-
現状2019年3月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6imm
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6imm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9693.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 744.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of an alphavirus, Sindbis virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 580 pix.
= 788.8 Å		1.36 Å/pix.
x 580 pix.
= 788.8 Å		1.36 Å/pix.
x 580 pix.
= 788.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-18.341950000000001 - 26.221699999999998
平均 (標準偏差)0.0027487886 (±0.9999224)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-290-290-290
サイズ580580580
Spacing580580580
セルA=B=C: 788.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z580580580
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z788.800788.800788.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-290-290-290
NC/NR/NS580580580
D min/max/mean-18.34226.2220.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sindbis virus

全体名称: Sindbis virus (シンドビスウイルス)
要素
  • ウイルス: Sindbis virus (シンドビスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: Assembly protein E3
  • リガンド: Octadecane

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超分子 #1: Sindbis virus

超分子名称: Sindbis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / NCBI-ID: 11034 / 生物種: Sindbis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SINV (シンドビスウイルス)
分子量理論値: 47.186434 KDa
配列文字列: FEHATTVPNV PRIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVMSSELIP STNLEYVTCK YTTVVPSPKV KCCGTLECSS ARHADYNCKV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NSQMSEAYVE FSADCAADHA QAVKVHTAAL KAGLRIVYGN TTSMLDVYVN GVTPGTSKDL K VIAGPISA ...文字列:
FEHATTVPNV PRIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVMSSELIP STNLEYVTCK YTTVVPSPKV KCCGTLECSS ARHADYNCKV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NSQMSEAYVE FSADCAADHA QAVKVHTAAL KAGLRIVYGN TTSMLDVYVN GVTPGTSKDL K VIAGPISA AYTPFDHKVI IHKGKVYNYD FPEYGAMKPG AFGDIQATSL TSNDLIANTD IRLLKPSAKN VHVPYTQAAS GF EMWKNNS GRPLQETAPF GCQIAVNPLR AVDCAYGNIP ISLDIPNAAF VRVSDAPLVT ALKCEVGECV YSADFGGIAT LQY SSDREG QCSVHSHSST ATLQESTVHV LQKGGATIHF STASPQANFI VSLCGKKTTC NAECKPPADH IVNVPHKNDQ EFQA AVSQT SWSWLFALFG GASSLLVIGV MIFACSALLT STRR

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分子 #2: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SINV (シンドビスウイルス)
分子量理論値: 43.184387 KDa
配列文字列: FTLTSPYLGT CSYCHHTEPC FSPVKIEQVW DEADDNTIRI QTSAQFGYDQ SGAASVNKYR IMSLKQDHTI EEGSMDAIKI STSGPCRRL NHKGYFLLAK CPPGDSVTVS ISAGDSATSC TLARKVKPKF VGREKYDLPP VHGKKIPCYI YDRLKETSAG Y ITMHRPGP ...文字列:
FTLTSPYLGT CSYCHHTEPC FSPVKIEQVW DEADDNTIRI QTSAQFGYDQ SGAASVNKYR IMSLKQDHTI EEGSMDAIKI STSGPCRRL NHKGYFLLAK CPPGDSVTVS ISAGDSATSC TLARKVKPKF VGREKYDLPP VHGKKIPCYI YDRLKETSAG Y ITMHRPGP HAYATYLEES SGKVYAKPPS GKNITYKSDQ TKWVFNSPDL IRHADHTAQG KMHLPFKLVP STCLVPLAHV PQ VVHGFKH ISLQLDTDHL TLLTTRRLGE KPEPTSEWII GKTVRNFSVG RDGFEYIWGN HEPVRVWAQE SAPGDPHGWP HEI VQHYYH RHPVYTVMIL VAATLAIVLG VSVASVCVCR ARRECLTPYA LAPNAVVPTS IALLCCIRPT SA

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分子 #3: Assembly protein E3

分子名称: Assembly protein E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: SINV (シンドビスウイルス)
分子量理論値: 7.480542 KDa
配列文字列:
SAAPLVAAMC ILGNMTFPCN QPPTCYSREP ARALDILEAN VDSAAYDDLM RAVLRCTPSS RAKRNITDD

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分子 #4: Octadecane

分子名称: Octadecane / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 8K6
分子量理論値: 254.494 Da
Chemical component information

ChemComp-8K6:
Octadecane / オクタデカン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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