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- EMDB-9678: Photosystem I of Chlamydomonas reinhardtii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9678
タイトルPhotosystem I of Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 11種
キーワードPhotosystem / Antenna / green alga / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Pan X / Ma J
資金援助 中国, 10件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0503702 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504700 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502900 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08030204 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
National Natural Science Foundation of China31700649 中国
National Natural Science Foundation of China31600609 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Antenna arrangement and energy transfer pathways of a green algal photosystem-I-LHCI supercomplex.
著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xiaowei Pan / Xuelin Zhao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: During oxygenic photosynthesis, photosystems I and II (PSI and PSII) are essential for light-driven electron transport. Excitation energy transfer in PSI occurs extremely quickly, making it an ...During oxygenic photosynthesis, photosystems I and II (PSI and PSII) are essential for light-driven electron transport. Excitation energy transfer in PSI occurs extremely quickly, making it an efficient energy converter. In the alga Chlamydomonas reinhardtii (Cr), multiple units of light-harvesting complex I (LHCI) bind to the PSI core and function as peripheral antennae, forming a PSI-LHCI supercomplex. CrPSI-LHCI shows significantly larger antennae compared with plant PSI-LHCI while maintaining highly efficient energy transfer from LHCI to PSI. Here, we report structures of CrPSI-LHCI, solved by cryo-electron microscopy, revealing that up to ten LHCIs are associated with the PSI core. The structures provide detailed information about antenna organization and pigment arrangement within the supercomplexes. Highly populated and closely associated chlorophylls in the antennae explain the high efficiency of light harvesting and excitation energy transfer in CrPSI-LHCI.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年6月20日-
登録2018年10月10日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ijj
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9678.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9678.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å		1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.1588642 - 0.39064652
平均 (標準偏差)0.003640059 (±0.02154177)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1590.3910.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae

全体名称: Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae
要素
  • 複合体: Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae
    • タンパク質・ペプチド: PsaA
    • タンパク質・ペプチド: PsaB
    • タンパク質・ペプチド: PsaC
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaI
    • タンパク質・ペプチド: PsaJ
    • タンパク質・ペプチド: PsaK
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Lhca3
    • タンパク質・ペプチド: Lhca4
    • タンパク質・ペプチド: Lhca5
    • タンパク質・ペプチド: Lhca6
    • タンパク質・ペプチド: Lhca7
    • タンパク質・ペプチド: Lhca8
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
超分子 #1: Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae

超分子名称: Chlamydomonas reinhardtii PSI with eight light harvesting antennae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

+
分子 #1: PsaA

分子名称: PsaA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 83.239203 KDa
配列文字列: MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV ...文字列:
MTISTPEREA KKVKIAVDRN PVETSFEKWA KPGHFSRTLS KGPNTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LGIIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGIQ ITSGFFQLWR ASGITSELQL Y TTAIGGLV MAAAMFFAGW FHYHKAAPKL EWFQNVESML NHHLGGLLGL GSLAWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVDPKEIP LP HDLLLNR AIMADLYPSF AKGIAPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HVAIAVLFLV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHRGPFTGE GHVGLYEILT TSWHAQLAIN LALFGSLSII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHTW IGGF CIVGA GAHAAIFMVR DYDPTNNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWIQNTHFLA PQLTAPNALA ATSLTWGGDL VAVGGKVAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVT ASGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFVWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIISVG

+
分子 #2: PsaB

分子名称: PsaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 82.184266 KDa
配列文字列: MATKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG SVFLALVSAI FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW ...文字列:
MATKLFPKFS QGLAQDPTTR RIWYGLAMAH DFESHDGMTE ENLYQKIFAS HFGQLSIIFL WTSGNLFHVA WQGNFEQWVT DPVHIRPIA HAIWDPHFGQ PAVEAFTRGG ASGPVNISTS GVYQWWYTIG MRTNQDLYVG SVFLALVSAI FLFAGWLHLQ P NFQPSLSW FKDAESRLNH HLSGLFGVSS LAWTGHLVHV AIPESRGQHV GWDNFLSVLP HPQGLTPFFT GNWAAYAQSP DT ASHVFGT AQGSGQAILT FLGGFHPQTQ SLWLTDMAHH HLAIAVIFIV AGHMYRTNFG IGHRMQAILE AHTPPSGSLG AGH KGLFDT VNNSLHFQLG LALASVGTIT SLVAQHMYSL PPYAFQAIDF TTQAALYTHH QYIAGFIMCG AFAHGAIFFI RDYD PEQNK GNVLARMLDH KEALISHLSW VSLFLGFHTL GLYVHNDVMQ AFGTPEKQIL IEPVFAQWIQ AAHGKALYGF DFLLS SKTS AAFANGQSLW LPGWLDAINN NQNSLFLTIG PGDFLVHHAI ALGLHTTTLI LVKGALDARG SKLMPDKKDF GYSFPC DGP GRGGTCDISA YDAFYLAVFW MLNTIGWVTF YWHWKHLTLW QGNVAQFDES STYLMGWLRD YLWLNSSQLI NGYNPFG MN SLSVWAWTFL FGHLIYATGF MFLISWRGYW QELIETLVWA HEKTPLANLV YWKDKPVALS IVQARLVGLA HFSVGYIF T YAAFLIASTS GRFG

+
分子 #3: PsaC

分子名称: PsaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 8.869325 KDa
配列文字列:
MAHIVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKASQMA SAPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSVRVYLG SESTRSMGLS Y

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.372887 KDa
配列文字列: MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA ...文字列:
MAVMMRTQAP AATRASSRVA VAARPAARRA VVVRAEAEAA PAAAKKAAEK PAWTVPTLNP DTPSPIFGGS TGGLLRKAQT EEFYVITWE AKKEQIFEMP TGGAAIMRQG PNLLKFGKKE QCLALTTQLR NKFKLTPCFY RVFPDGKVQY LHPADGVYPE K VNAGRVGA NQNMRRIGQN VNPIKVKFSG RMMSPAEI

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.221703 KDa
配列文字列:
MVYAIPHVLC VDTTACHEWY QRRVHGGFQP RPRVTLRLSS PHQNRKMQAL SSRVNIAAKP QRAQRLVVRA EEVKAAPKKE VGPKRGSLV KILRPESYWF NQVGKVVSVD QSGVRYPVVV RFENQNYAGV TTNNYALDEV VAAK

+
分子 #6: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 24.088936 KDa
配列文字列: MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR ...文字列:
MALTMRNPAV KASSRVAPSS RRALRVACQA QKNETASKVG TALAASALAA AVSLSAPSAA MADIAGLTPC SESKAYAKLE KKELKTLEK RLKQYEADSA PAVALKATME RTKARFANYA KAGLLCGNDG LPHLIADPGL ALKYGHAGEV FIPTFGFLYV A GYIGYVGR QYLIAVKGEA KPTDKEIIID VPLATKLAWQ GAGWPLAAVQ ELQRGTLLEK EENITVSPR

+
分子 #7: PsaI

分子名称: PsaI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 10.586388 KDa
配列文字列:
MALRAVSAKS AVRPTVARAS VKPVAALKPA QKMALAGAAS VALLAASSSS AEASQVIATV ASAAQGYPFV PPSWAPSVFV PLTGLVLPA IAMATLFVYI EKEAPSS

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分子 #8: PsaJ

分子名称: PsaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 4.750509 KDa
配列文字列:
MKDFTTYLST APVIATIWFT FTAGLLIEIN RYFPDPLVFS F

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分子 #9: PsaK

分子名称: PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 16.412221 KDa
配列文字列:
PRCICKMTAR QSRISHCPLR AFASSCTNLV HTCPRLSSIT SIYQPATMQA LATRPSAIRP TKAARRSSVV VRADGFIGSS TNLIMVAST TATLAAARFG LAPTVKKNTT AGLKLVDSKN SAGVISNDPA GFTIVDVLAM GAAGHGLGVG IVLGLKGIGA L

+
分子 #10: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 27.203562 KDa
配列文字列: MPTKGSPLTG LITWAFLVSA AHTRTVDTRP RPRGIWRRAA VARRPVEERI ATGSSLAHTY HKMAVAMRSS TGLRATAARR QMPLGLGRV STVRVCAADT KKAQVISPVN GDPFVGMLET PVTSAPIVAT YLSNLPAYRT GVAPVLRGVE IGLAHGFLLA G PFIKLGPL ...文字列:
MPTKGSPLTG LITWAFLVSA AHTRTVDTRP RPRGIWRRAA VARRPVEERI ATGSSLAHTY HKMAVAMRSS TGLRATAARR QMPLGLGRV STVRVCAADT KKAQVISPVN GDPFVGMLET PVTSAPIVAT YLSNLPAYRT GVAPVLRGVE IGLAHGFLLA G PFIKLGPL RNVPETAEIA GSLSAAGLVL ILALCLSIYG SAQFQSTPSI GVKTLSGRSV ARDPLFSADG WSEFAAGFLV GG EAGVAWA YVCTQILPYY S

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分子 #11: Lhca1

分子名称: Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.135863 KDa
配列文字列: MGELSRADSL LRTITKPPIK MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPA SLKRFTESEV IHGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA A AEGQRGDA ...文字列:
MGELSRADSL LRTITKPPIK MALSMRTLSA RTAAPRGFSG RRVAAVSNGS RVTMKAGNWL PGSDAPAWLP DDLPGNYGFD PLSLGKEPA SLKRFTESEV IHGRWAMLGV AGSLAVELLG YGNWYDAPLW AVNGGKATWF GIEVPFDLNA LLAFEFVAMA A AEGQRGDA GGVVYPGGAF DPLGFAKDSS KSGELKLKEI KNGRLAMVAF LGFVAQHAAT GKGPIAALGE HLANPWGANF AT NGISVPF F

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分子 #12: Lhca3

分子名称: Lhca3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 32.629486 KDa
配列文字列: MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY ...文字列:
MMLTKSAQAA FSGKVARPAK ANRARLVCRA EEKSIAKVDR SKDQLYVGAS QSSLAYLDGS LPGDFGFDPL GLLDPVNSGG FIEPKWLQY SEVIHARWAM LGAAGCIAPE VLGAAGLIPD ATNIKWFESG VIPPAGSYNG YWADPYTIFF VEIVAMQFAE L RRLQDFRY PGSMGQQYFL GLEAIFKGSG DAAYPGGPFF NLFNLGKTEA AMKELKLKEI KNGRLAMLAM LGYGAQAVMT GK GPFQNLV EHLADPVNNN ILTNFAGRVS GSSQPWRPHG WWRRRYRSVA ALALIRNRSV C

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分子 #13: Lhca4

分子名称: Lhca4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 31.46201 KDa
配列文字列: MYSALIPLLS SGINAEYMGV SRCSGKMAFV LAKSSAFGVA AKPVSRRSSV AVKASAVPEN VKEAREWIDA WKSKSGGAKR DAALPSWMP GADLPGYLNG TLPGDFGFDP LYLGQDPVKL KWYAQAELMN ARFAMLAVAG ILVPELLSNI GFSWPGAGVA W YDAGKFEY ...文字列:
MYSALIPLLS SGINAEYMGV SRCSGKMAFV LAKSSAFGVA AKPVSRRSSV AVKASAVPEN VKEAREWIDA WKSKSGGAKR DAALPSWMP GADLPGYLNG TLPGDFGFDP LYLGQDPVKL KWYAQAELMN ARFAMLAVAG ILVPELLSNI GFSWPGAGVA W YDAGKFEY FAPASSLFGV QMLLFAWVEI RRYQDFVKPG SANQDPIFTN NKLPDGNEPG YPGGIFDPFG WSKGDIKSLK LK EIKNGRL AMLAFAGFIG QAYTTGTTPL KNLSTHLADP WSTTVWQNDL ARL

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分子 #14: Lhca5

分子名称: Lhca5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 30.15165 KDa
配列文字列: AVAWFFTPGH TNHQPAKMAA LMQKSALSRP ACSTRSSRRA VVVRAAADRK LWAPGVVAPE YLKGDLAGDY GWDPLGLGAD PTALKWYRQ SELQHARWAM LGVAGVLVQE IVKPDVYFYE AGLPQNLPEP FTNINMGGLL AWEFILMHWV EVRRWQDYKN F GSVNEDPI ...文字列:
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分子 #15: Lhca6

分子名称: Lhca6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 35.122043 KDa
配列文字列: MDIRREWEWC RVPHLQEPCN PGREKKKKKK KKKKYSALIP LLLSTQSTWG VFAKSHYTVP KMMLVAKNAV AARPSARSAR RSVVAKASS RPLWLPGSTP PAHLKGDLPG DFGFDPLGLG ANAESLKWFK ESELVHSRWA MAAVAGILVQ EIVRPDVFWY N AGKEVESP ...文字列:
MDIRREWEWC RVPHLQEPCN PGREKKKKKK KKKKYSALIP LLLSTQSTWG VFAKSHYTVP KMMLVAKNAV AARPSARSAR RSVVAKASS RPLWLPGSTP PAHLKGDLPG DFGFDPLGLG ANAESLKWFK ESELVHSRWA MAAVAGILVQ EIVRPDVFWY N AGKEVESP LGPLGLLAVE FFLMHWVEVR RWQDLRKPGS VDQDPIFSQY KLPPHEVGYP GGVFAPFIPG DLAELKVKEI KN GRLAMLA FVGFVMAAQV TGKGPIAALQ EHLADPWGTT IFSKAAVVPG QAVAPPCKIP ASVSYKGIEI PTPCFLQGLW P

+
分子 #16: Lhca7

分子名称: Lhca7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 26.248869 KDa
配列文字列: MALSMIAQRR AGAFSARQAP RAVRAQAAVR PVWFPGNPPP AHLDGSLAGD YGFDPLFLGQ EPQTLKWYVQ AELVHGRFAM LGAAGIILT SIGAKVGLGF PEWYDAGKVV VEKNNIDFPT LMVIQFYLMG WAETKRWYDF KNPGSQADGS FLGFTEEFKG L ENGYPGGR ...文字列:
MALSMIAQRR AGAFSARQAP RAVRAQAAVR PVWFPGNPPP AHLDGSLAGD YGFDPLFLGQ EPQTLKWYVQ AELVHGRFAM LGAAGIILT SIGAKVGLGF PEWYDAGKVV VEKNNIDFPT LMVIQFYLMG WAETKRWYDF KNPGSQADGS FLGFTEEFKG L ENGYPGGR FFDPMGLSRG DAAKYQEYKQ KEVKNGRLAM IACLGFAAQY AATGKGPLDN LADHLADPNH VNFATNGVSI PI A

+
分子 #17: Lhca8

分子名称: Lhca8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.178635 KDa
配列文字列: GRQFAPRFLA LCLCRCCLRT EHGPHSPATM ALTMKRSGVA ARSASSRKSV VTCVARQSWL PGSQIPAHLD TPAAQALAGN FGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILIP GLLTKAGALN VPEWYDAGKV AIENSFAPWG SLLAVQLFLC G FVEAKRWQ ...文字列:
GRQFAPRFLA LCLCRCCLRT EHGPHSPATM ALTMKRSGVA ARSASSRKSV VTCVARQSWL PGSQIPAHLD TPAAQALAGN FGFDPLGLG KDPVALRWYQ QAELIHCRTA MAGVAGILIP GLLTKAGALN VPEWYDAGKV AIENSFAPWG SLLAVQLFLC G FVEAKRWQ DIRKPGSQGE PGSFLGFEAS LKGTSELGYP GGPFDPLGLS KEADKWADWK LKEVKNGRLA MLAFLGFVAQ KY ATGAGPV DNLAAHLKDP WHVNYATNGV SLPFL

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 216 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #19: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 14 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #21: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 30 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #23: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 7 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #24: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 7 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #25: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #26: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

+
分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 8 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #28: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58955
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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