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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9542 | |||||||||
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タイトル | Zika virus complexed with a neutralizing antibody Z23-Fab | |||||||||
マップデータ | Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23-Fab,main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Zika virus / Neutralizing antibody / Single Particle Reconstruction / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid ...response to herbicide / photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao GF / Shi Y / Peng R | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2016 タイトル: Molecular determinants of human neutralizing antibodies isolated from a patient infected with Zika virus. 著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / ...著者: Qihui Wang / Huabing Yang / Xiaoqing Liu / Lianpan Dai / Tong Ma / Jianxun Qi / Gary Wong / Ruchao Peng / Sheng Liu / Junfu Li / Shihua Li / Jian Song / Jianying Liu / Jianhua He / Hui Yuan / Ying Xiong / Yong Liao / Jianhua Li / Jianping Yang / Zhou Tong / Bryan D Griffin / Yuhai Bi / Mifang Liang / Xiaoning Xu / Chuan Qin / Gong Cheng / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Xiangguo Qiu / Gary Kobinger / Yi Shi / Jinghua Yan / George F Gao / 要旨: The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and ...The 2015-2016 outbreak of Zika virus (ZIKV) disease has affected many countries and is a major public health concern. ZIKV is associated with fetal microcephaly and neurological complications, and countermeasures are needed to treat and prevent ZIKV infection. We report the isolation of 13 specific human monoclonal antibodies from a single patient infected with ZIKV. Two of the isolated antibodies (Z23 and Z3L1) demonstrated potent ZIKV-specific neutralization in vitro without binding or neutralizing activity against strains 1 to 4 of dengue virus, the closest relative to ZIKV. These two antibodies provided postexposure protection to mice in vivo. Structural studies revealed that Z23 and Z3L1 bound to tertiary epitopes in envelope protein domain I, II, or III, indicating potential targets for ZIKV-specific therapy. Our results suggest the potential of antibody-based therapeutics and provide a structure-based rationale for the design of future ZIKV-specific vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9542.map.gz | 378.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9542-v30.xml emd-9542.xml | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9542.png | 94.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9542.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_9542_half_map_1.map.gz emd_9542_half_map_2.map.gz | 380.7 MB 380.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9542 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9542_validation.pdf.gz | 857.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9542_full_validation.pdf.gz | 856.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9542_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9542_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9542 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23-Fab,main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_9542_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_9542_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
全体 | 名称: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab
超分子 | 名称: Zika virus in complex with a neutralizing antibody Z23 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Zika virus
超分子 | 名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Zika virus strain ZIKA-SMGC-1 propagated in Aedes albopictus C6/36 cells |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: ZIKA-SMGC-1 |
-超分子 #3: Neutralizing antibody Z23 Fab
超分子 | 名称: Neutralizing antibody Z23 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-分子 #1: structural protein E
分子 | 名称: structural protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: isolate ZIKV_SMGC-1 |
分子量 | 理論値: 54.444051 KDa |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA UniProtKB: Photosystem q(B) protein |
-分子 #2: strutural protein M
分子 | 名称: strutural protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: ZIKV_SMGC-1 |
分子量 | 理論値: 8.496883 KDa |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS UniProtKB: Photosystem q(B) protein |
-分子 #3: Z23 Fab heavy chain
分子 | 名称: Z23 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.516398 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGR INPNSGGTNY AQKFEGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCART GIAAAGFVFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGR INPNSGGTNY AQKFEGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCART GIAAAGFVFD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEP |
-分子 #4: Z23 Fab light chain
分子 | 名称: Z23 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.416967 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVI SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: DIVMTQSPAT LSVSPGERAT LSCRASQSVI SNLAWYQQKP GQAPRLLIYG ASTRATGIPA RFSGSGSGTE FTLTISSLQS EDFAVYYCQ QYNNWWTFGQ GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGECS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Zhongjikeyi ultra-thin carbon-coated copper grid / 材質: COPPER / メッシュ: 230 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and ...詳細: 3 uL Zika virus-Z23 Fab complex sample was transferred onto a glow-discharged ultra-thin carbon-coated copper grid (Purchased from Zhongjingkeyi Company, China) followed by 60s waiting and blotted for 2s with filter paper before plugging into liquid ethane using the FEI Vitrobot Mark IV. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 566 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 41139 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-5gzr: |