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- EMDB-9380: cryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9380
タイトルcryoEM structure of the truncated HIV-1 Vif/CBFbeta/A3F complex
マップデータ
試料
  • 複合体: truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
    • 複合体: 6xHis tagged hA3Fctd-40aa-hCBFbeta fusion
      • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
      • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • 複合体: alpha domain truncated HIV-1 Vif
      • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
  • リガンド: ZINC ION
キーワードHuman antiviral restriction factor / HIV viral protein / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase ...RUNX3 regulates RUNX1-mediated transcription / apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / RUNX2 regulates bone development / core-binding factor complex / RUNX1 regulates expression of components of tight junctions / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX2 regulates chondrocyte maturation / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / lymphocyte differentiation / clearance of foreign intracellular DNA / negative regulation of viral process / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / cytidine deaminase activity / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / Transcriptional regulation by RUNX2 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / myeloid cell differentiation / definitive hemopoiesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of viral genome replication / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / RUNX3 regulates p14-ARF / cell maturation / positive regulation of defense response to virus by host / viral life cycle / Regulation of RUNX3 expression and activity / P-body / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / virion component / Regulation of RUNX2 expression and activity / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / osteoblast differentiation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / defense response to virus / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / transcription coactivator activity / ribonucleoprotein complex / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell plasma membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain ...Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Retroviral Vif (Viral infectivity) protein / Core-binding factor, beta subunit / Core-binding factor, beta subunit superfamily / Core binding factor beta subunit / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Virion infectivity factor / Virion infectivity factor / Core-binding factor subunit beta / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Hu Y / Xiong Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)AI116313 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis of antagonism of human APOBEC3F by HIV-1 Vif.
著者: Yingxia Hu / Belete A Desimmie / Henry C Nguyen / Samantha J Ziegler / Tat Cheung Cheng / John Chen / Jia Wang / Hongwei Wang / Kai Zhang / Vinay K Pathak / Yong Xiong /
要旨: HIV-1 virion infectivity factor (Vif) promotes degradation of the antiviral APOBEC3 (A3) proteins through the host ubiquitin-proteasome pathway to enable viral immune evasion. Disrupting Vif-A3 ...HIV-1 virion infectivity factor (Vif) promotes degradation of the antiviral APOBEC3 (A3) proteins through the host ubiquitin-proteasome pathway to enable viral immune evasion. Disrupting Vif-A3 interactions to reinstate the A3-catalyzed suppression of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication is a potential approach for antiviral therapeutics. However, the molecular mechanisms by which Vif recognizes A3 proteins remain elusive. Here we report a cryo-EM structure of the Vif-targeted C-terminal domain of human A3F in complex with HIV-1 Vif and the cellular cofactor core-binding factor beta (CBFβ) at 3.9-Å resolution. The structure shows that Vif and CBFβ form a platform to recruit A3F, revealing a direct A3F-recruiting role of CBFβ beyond Vif stabilization, and captures multiple independent A3F-Vif interfaces. Together with our biochemical and cellular studies, our structural findings establish the molecular determinants that are critical for Vif-mediated neutralization of A3F and provide a comprehensive framework of how HIV-1 Vif hijacks the host protein degradation machinery to counteract viral restriction by A3F.
履歴
登録2018年12月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月11日-
マップ公開2019年12月11日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nil
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9380.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9380.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å		1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å		1.05 Å/pix.
x 224 pix.
= 235.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.05096353 - 0.110730626
平均 (標準偏差)0.00046493032 (±0.0038542699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-58-58-58
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 235.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z235.200235.200235.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-58-58-58
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0510.1110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex

全体名称: truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
要素
  • 複合体: truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex
    • 複合体: 6xHis tagged hA3Fctd-40aa-hCBFbeta fusion
      • タンパク質・ペプチド: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
      • タンパク質・ペプチド: Core-binding factor subunit beta
    • 複合体: alpha domain truncated HIV-1 Vif
      • タンパク質・ペプチド: Virion infectivity factor
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex

超分子名称: truncated Vif/CBFbeta/A3Fctd complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17 KDa

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超分子 #2: 6xHis tagged hA3Fctd-40aa-hCBFbeta fusion

超分子名称: 6xHis tagged hA3Fctd-40aa-hCBFbeta fusion / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: The N-terminus of human CBFbeta is fused to human A3Fctd through a 40 amino acid linker:GVDGSDEASELACPTPKEDGLAQQQTQLNLRSQATGSGSG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: alpha domain truncated HIV-1 Vif

超分子名称: alpha domain truncated HIV-1 Vif / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

分子名称: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: single-stranded DNA cytosine deaminase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.433271 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPNSMGKE ILRNPMEAMD PHIFYFHFKN LRKAYGRNES WLCFTMEVVK HHSPVSWKRG VFRNQVDPET GRHAERCFL SWFCDDILSP NTNYEVTWYT SWSPCPECAG EVAEFLARHS NVNLTIKTAR LYYFKDTDAA EGLRSLSQEG A SVEIMGYK ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPNSMGKE ILRNPMEAMD PHIFYFHFKN LRKAYGRNES WLCFTMEVVK HHSPVSWKRG VFRNQVDPET GRHAERCFL SWFCDDILSP NTNYEVTWYT SWSPCPECAG EVAEFLARHS NVNLTIKTAR LYYFKDTDAA EGLRSLSQEG A SVEIMGYK DFKYCWENFV YNDDEPFKPW DGLDYNFLDL DSKLQEILE

UniProtKB: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F

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分子 #2: Core-binding factor subunit beta

分子名称: Core-binding factor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.851043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPRVVPDQRS KFENEEFFRK LSRECEIKYT GFRDRPHEER QARFQNACRD GRSEIAFVAT GTNLSLQFFP ASWQGEQRQT PSREYVDLE REAGKVYLKA PMILNGVCVI WKGWIDLQRL DGMGCLEFDE ERAQQEDALA QQAFEEARRR TR

UniProtKB: Core-binding factor subunit beta

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分子 #3: Virion infectivity factor

分子名称: Virion infectivity factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Residues 114-157 was replaced with a 6 amino acid linker (EASEGS). The C-terminal residues 177-192 were deleted.
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.736102 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MENRWQVMIV WQVDRMRINT WKRLVKHHMY ISRKAKDWFY RHHYESTNPK ISSEVHIPLG DAKLVITTYW GLHTGERDWH LGQGVSIEW RKKRYSTQVD PDLADQLIHL HYFDEASEGS QIKPPLPSVR KLTEDRWNK

UniProtKB: Virion infectivity factor, Virion infectivity factor

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 337256
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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