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万見
- EMDB-9294: Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9294
タイトルGermline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map
マップデータGermline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound
試料
  • 複合体: 426c DS-SOSIP D3
    • タンパク質・ペプチド: 426c DS-SOSIP D3
    • タンパク質・ペプチド: VRC01GL light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01GL heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / antigen binding / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / viral protein processing ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / antigen binding / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain ...: / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / IGK@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Borst AJ / Weidle CE / Gray MD / Frenz B / Snijder J / Joyce MG / Georgiev IS / Stewart-Jones GBE / Kwong PD / McGuire AT ...Borst AJ / Weidle CE / Gray MD / Frenz B / Snijder J / Joyce MG / Georgiev IS / Stewart-Jones GBE / Kwong PD / McGuire AT / DiMaio F / Stamatatos L / Pancera M / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer and a glycosylated HIV-1 gp120 core.
著者: Andrew J Borst / Connor E Weidle / Matthew D Gray / Brandon Frenz / Joost Snijder / M Gordon Joyce / Ivelin S Georgiev / Guillaume Be Stewart-Jones / Peter D Kwong / Andrew T McGuire / Frank ...著者: Andrew J Borst / Connor E Weidle / Matthew D Gray / Brandon Frenz / Joost Snijder / M Gordon Joyce / Ivelin S Georgiev / Guillaume Be Stewart-Jones / Peter D Kwong / Andrew T McGuire / Frank DiMaio / Leonidas Stamatatos / Marie Pancera / David Veesler /
要旨: VRC01 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) target the CD4-binding site (CD4) of the human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env). Unlike mature antibodies, corresponding ...VRC01 broadly neutralizing antibodies (bnAbs) target the CD4-binding site (CD4) of the human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) envelope glycoprotein (Env). Unlike mature antibodies, corresponding VRC01 germline precursors poorly bind to Env. Immunogen design has mostly relied on glycan removal from trimeric Env constructs and has had limited success in eliciting mature VRC01 bnAbs. To better understand elicitation of such bnAbs, we characterized the inferred germline precursor of VRC01 in complex with a modified trimeric 426c Env by cryo-electron microscopy and a 426c gp120 core by X-ray crystallography, biolayer interferometry, immunoprecipitation, and glycoproteomics. Our results show VRC01 germline antibodies interacted with a wild-type 426c core lacking variable loops 1-3 in the presence and absence of a glycan at position Asn276, with the latter form binding with higher affinity than the former. Interactions in the presence of an Asn276 oligosaccharide could be enhanced upon carbohydrate shortening, which should be considered for immunogen design.
履歴
登録2018年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月14日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6myy
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9294.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.11213484 - 0.32236302
平均 (標準偏差)0.0002249099 (±0.006726457)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z435.200435.200435.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-6-10-25
NX/NY/NZ564636
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1120.3220.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 426c DS-SOSIP D3

全体名称: 426c DS-SOSIP D3
要素
  • 複合体: 426c DS-SOSIP D3
    • タンパク質・ペプチド: 426c DS-SOSIP D3
    • タンパク質・ペプチド: VRC01GL light chain
    • タンパク質・ペプチド: VRC01GL heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: 426c DS-SOSIP D3

超分子名称: 426c DS-SOSIP D3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: 426c DS-SOSIP D3

分子名称: 426c DS-SOSIP D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 70.243812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNDM VDQMQEDVIS IWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTNVNVTSN STNVNSSSTD NTTLGEIKNC SFDITTEIRD KTRKEYALFY RLDIVPLDNS S NPNSSNTY ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEVVLENVT ENFNMWKNDM VDQMQEDVIS IWDQSLKPC VKLTPLCVTL NCTNVNVTSN STNVNSSSTD NTTLGEIKNC SFDITTEIRD KTRKEYALFY RLDIVPLDNS S NPNSSNTY RLINCNTSTC TQACPKVTFD PIPIHYCAPA GYAILKCNNK TFNGKGPCNN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NG SLAEEEI VIRSKNLADN AKIIIVQLNK SVEIVCTRPN NNTRRSIRIG PGQTFYATDI IGDIRQAYCN ISGRNWSEAV NQV KKKLKE HFPHKNISFQ SSSGGDLEIT THSFNCGGEF FYCNTSGLFN DTISNATIML PCRIKQIINM WQEVGKCIYA PPIK GNITC KSDITGLLLL RDGCNTANNA EIFRPGGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV VGRRRRRRAV GIGAV FLGF LGAAGSTMGA ASMTLTVQAR NLLSGIVQQQ SNLLRAPEAQ QHLLKLTVWG IKQLQARVLA VERYLRDQQL LGIWGC SGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD

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分子 #2: VRC01GL light chain

分子名称: VRC01GL light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.008906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPATL SLSPGERATL SCRASQSVSS YLAWYQQKPG QAPRLLIYDA SNRATGIPAR FSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ YEFFGQGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA K VQWKVDNA ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE IVLTQSPATL SLSPGERATL SCRASQSVSS YLAWYQQKPG QAPRLLIYDA SNRATGIPAR FSGSGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQQ YEFFGQGTKL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA K VQWKVDNA LQSGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #3: VRC01GL heavy chain

分子名称: VRC01GL heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.334305 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (PCA)VQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY CQKFQGRVTM TRDTSI STA YMELSRLRSD DTAVYYCARG KNSDYNWDFQ HWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPE PV ...文字列:
(PCA)VQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY CQKFQGRVTM TRDTSI STA YMELSRLRSD DTAVYYCARG KNSDYNWDFQ HWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPE PV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKTH HHHHH

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: Frequency-limited refinement / 使用した粒子像数: 134443
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6myy:
Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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