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- EMDB-9292: MicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9292
タイトルMicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution
マップデータ2Fo-Fc map of thiostrepton
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Thiostrepton
    • タンパク質・ペプチド: Thiostrepton
  • リガンド: water
キーワードANTIBIOTIC
機能・相同性Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / Thiostrepton
機能・相同性情報
生物種Streptomyces azureus (バクテリア)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Jones CG / Martynowycz MW
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1650604 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080269 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128867 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128936 米国
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: The CryoEM Method MicroED as a Powerful Tool for Small Molecule Structure Determination.
著者: Christopher G Jones / Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tyler J Fulton / Brian M Stoltz / Jose A Rodriguez / Hosea M Nelson / Tamir Gonen /
要旨: In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful ...In the many scientific endeavors that are driven by organic chemistry, unambiguous identification of small molecules is of paramount importance. Over the past 50 years, NMR and other powerful spectroscopic techniques have been developed to address this challenge. While almost all of these techniques rely on inference of connectivity, the unambiguous determination of a small molecule's structure requires X-ray and/or neutron diffraction studies. In practice, however, X-ray crystallography is rarely applied in routine organic chemistry due to intrinsic limitations of both the analytes and the technique. Here we report the use of the electron cryo-microscopy (cryoEM) method microcrystal electron diffraction (MicroED) to provide routine and unambiguous structural determination of small organic molecules. From simple powders, with minimal sample preparation, we could collect high-quality MicroED data from nanocrystals (∼100 nm, ∼10 g) resulting in atomic resolution (<1 Å) crystal structures in minutes.
履歴
登録2018年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月21日-
マップ公開2018年11月21日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.317655
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.317655
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mxf
  • 表面レベル: 0.317655
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mxf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 363.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2Fo-Fc map of thiostrepton
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.69 Å/pix.
x 36 pix.
= 27.534 Å		0.6 Å/pix.
x 56 pix.
= 26.219 Å		0.6 Å/pix.
x 46 pix.
= 26.219 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.59589 Å / Y: 0.59589 Å / Z: 0.68834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.317655 / ムービー #1: 0.317655
最小 - 最大-0.51279247 - 1.3747505
平均 (標準偏差)-0.0016757987 (±0.21176545)
対称性空間群: 96
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-6-10-25
サイズ564636
Spacing444440
セルA: 26.219 Å / B: 26.219 Å / C: 27.5336 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.595886363636360.595886363636360.68835
M x/y/z444440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z26.21926.21927.534
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-6-10-25
NX/NY/NZ564636
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-10-6-25
NC/NR/NS465636
D min/max/mean-0.5131.375-0.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thiostrepton

全体名称: Thiostrepton
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Thiostrepton
    • タンパク質・ペプチド: Thiostrepton
  • リガンド: water

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超分子 #1: Thiostrepton

超分子名称: Thiostrepton / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptomyces azureus (バクテリア)
分子量理論値: 1.619538 KDa

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分子 #1: Thiostrepton

分子名称: Thiostrepton / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces azureus (バクテリア)
分子量理論値: 1.805985 KDa
配列文字列:
(QUA)IA(DHA)AS(BB9)T(DBU)(DCY) (TS9)(BB9)T(BB9)(MH6)(BB9)(DHA)(DHA)(NH2)

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: Powder
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 詳細: Hand-plunged.
詳細Powder
結晶化詳細: Powder

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 回折像の数: 214 / 平均露光時間: 2.21 sec. / 平均電子線量: 0.09 e/Å2 / 詳細: FEI CetaD
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 960 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細FEI Ceta
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Molecular replacementソフトウェア - 名称: MOLREP (ver. 11.6.04)
Symmetry determination software listソフトウェア - 名称: POINTLESS (ver. 1.11.14)
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS (ver. 0.7.3)
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 5578 / Number structure factors: 686 / Fourier space coverage: 78.6 / R sym: 0.236 / R merge: 0.236 / Overall phase error: 26.93 / Overall phase residual: 26.93 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.91 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 1.91 Å / 殻 - Low resolution: 2.13 Å / 殻 - Number structure factors: 92 / 殻 - Phase residual: 29.19 / 殻 - Fourier space coverage: 40.3 / 殻 - Multiplicity: 4.9

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1e9w


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 0-18 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 2.6
得られたモデル

PDB-6mxf:
MicroED structure of thiostrepton at 1.9 A resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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