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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9186 | |||||||||
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タイトル | Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16 | |||||||||
![]() | EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16 | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.5 Å | |||||||||
![]() | Nogal B / Ward AB | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Slow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance. 著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine ...著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty / ![]() ![]() 要旨: Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 18.2 KB | ||
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0569C ![]() 0570C ![]() 0571C ![]() 0572C ![]() 0573C ![]() 0574C ![]() 0575C ![]() 0576C ![]() 0577C ![]() 0578C ![]() 0579C ![]() 0580C ![]() 0581C ![]() 0582C ![]() 9138C ![]() 9175C ![]() 9176C ![]() 9177C ![]() 9178C ![]() 9179C ![]() 9180C ![]() 9181C ![]() 9182C ![]() 9183C ![]() 9184C ![]() 9185C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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マップ
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注釈 | EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...
全体 | 名称: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16 |
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要素 |
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-超分子 #1: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 S...
超分子 | 名称: Negative Stain EM map of polyclonal serum in complex with BG505 SOSIP.664 from non-human primate ROw16 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CELLULOSE ACETATE / 詳細: unspecified |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 5861 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |