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- EMDB-9122: Flagellar motor averaged map from Borrelia burdorferi reveals the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9122
タイトルFlagellar motor averaged map from Borrelia burdorferi reveals the cytoplasmic ATPase complex
マップデータA recombined map of Borrelia burgdorferi flagellar motor (WT). The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) have been processed separately.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly.
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 29.0 Å
データ登録者Qin Z / Liu J
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01AI087949 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01DE023080 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR01AI078958 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesR01AR060834 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesR21AI113014 米国
Welch FoundationAU-1714 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-electron tomography of periplasmic flagella in Borrelia burgdorferi reveals a distinct cytoplasmic ATPase complex.
著者: Zhuan Qin / Jiagang Tu / Tao Lin / Steven J Norris / Chunhao Li / Md A Motaleb / Jun Liu /
要旨: Periplasmic flagella are essential for the distinct morphology and motility of spirochetes. A flagella-specific type III secretion system (fT3SS) composed of a membrane-bound export apparatus and a ...Periplasmic flagella are essential for the distinct morphology and motility of spirochetes. A flagella-specific type III secretion system (fT3SS) composed of a membrane-bound export apparatus and a cytosolic ATPase complex is responsible for the assembly of the periplasmic flagella. Here, we deployed cryo-electron tomography (cryo-ET) to visualize the fT3SS machine in the Lyme disease spirochete Borrelia burgdorferi. We show, for the first time, that the cytosolic ATPase complex is attached to the flagellar C-ring through multiple spokes to form the "spoke and hub" structure in B. burgdorferi. This structure not only strengthens structural rigidity of the round-shaped C-ring but also appears to rotate with the C-ring. Our studies provide structural insights into the unique mechanisms underlying assembly and rotation of the periplasmic flagella and may provide the basis for the development of novel therapeutic strategies against several pathogenic spirochetes.
履歴
登録2018年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月17日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.53
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.53
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A recombined map of Borrelia burgdorferi flagellar motor (WT). The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) have been processed separately.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.21 Å/pix.
x 200 pix.
= 1041.6 Å		5.21 Å/pix.
x 200 pix.
= 1041.6 Å		5.21 Å/pix.
x 200 pix.
= 1041.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.208 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.53 / ムービー #1: 0.53
最小 - 最大-0.00000000000 - 1.1191231
平均 (標準偏差)0.09579309 (±0.2061568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1041.6001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.2085.2085.208
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1041.6001041.6001041.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-163-114-126
NX/NY/NZ210124170
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0001.1190.096

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9122_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: An averaged map focus on linkers and C-ring,...

ファイルemd_9122_additional_1.map
注釈An averaged map focus on linkers and C-ring, showing 23 linkers and 46-fold symmetry of the C-ring. The ATPase is 6-fold symmetry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: The original averaged map with a focus on...

ファイルemd_9122_additional_2.map
注釈The original averaged map with a focus on the ATPase complex region. The map was not masked or filtered. The feature of the top part (collar and stators) was averaged out.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged...

全体名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top ...名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly.
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly.

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超分子 #1: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged...

超分子名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top ...名称: Borrelia burgdorferi flagellar motor averaged recombined averaged map. It shows 16-fold symmetry at collar and stators region, 23 spoke linkers, and 6-fold symmetry of the ATPase. The top part (collar and stators) and bottom part (C-ring and ATPase complex) were processed separatedly.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Wild-type. Top part and bottom part have different symmetry, and were processed separately from the same group of sub-tomograms.
由来(天然)生物種: Borrelia burgdorferi (バクテリア) / 株: B31 / Organelle: Flagellar motor / 細胞中の位置: cell tip

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: BSK-II liquid medium supplemented with 6% rabbit serum
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 29.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: It is combined from top map and bottom map. Top had 16-fold symmetry applied. The bottom map was asymmetric.
使用したサブトモグラム数: 4825
抽出トモグラム数: 780 / 使用した粒子像数: 6567 / 手法: Subvolume averaging and Classification / 詳細: i3
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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