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万見
- EMDB-9074: Single-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9074
タイトルSingle-Molecule 3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 06)
マップデータ3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 06)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human plasma intermediate-density lipoprotein
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 86.0 Å
データ登録者Lei D / Yu Y / Kuang Y / Krauss R / Ren G
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1344290 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Mol Cell Biol Lipids / 年: 2019
タイトル: Single-molecule 3D imaging of human plasma intermediate-density lipoproteins reveals a polyhedral structure.
著者: Dongsheng Lei / Yadong Yu / Yu-Lin Kuang / Jianfang Liu / Ronald M Krauss / Gang Ren /
要旨: Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite ...Intermediate-density lipoproteins (IDLs), the remnants of very-low-density lipoproteins via lipolysis, are rich in cholesteryl ester and are associated with cardiovascular disease. Despite pharmacological interest in IDLs, their three-dimensional (3D) structure is still undetermined due to their variation in size, composition, and dynamic structure. To explore the 3D structure of IDLs, we reconstructed 3D density maps from individual IDL particles using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and individual-particle electron tomography (IPET, without averaging from different molecules). 3D reconstructions of IDLs revealed an unexpected polyhedral structure that deviates from the generally assumed spherical shape model (Frias et al., 2007; Olson, 1998; Shen et al., 1977). The polyhedral-shaped IDL contains a high-density shell formed by flat surfaces that are similar to those of very-low-density lipoproteins but have sharper dihedral angles between nearby surfaces. These flat surfaces would be less hydrophobic than the curved surface of mature spherical high-density lipoprotein (HDL), leading to a lower binding affinity of IDL to hydrophobic proteins (such as cholesteryl ester transfer protein) than HDL. This is the first visualization of the IDL 3D structure, which could provide fundamental clues for delineating the role of IDL in lipid metabolism and cardiovascular disease.
履歴
登録2018年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月3日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Image of Human Plasma Intermediate-Density Lipoprotein (No. 06)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.4 Å/pix.
x 192 pix.
= 460.8 Å		2.4 Å/pix.
x 192 pix.
= 460.8 Å		2.4 Å/pix.
x 192 pix.
= 460.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.0050696367 - 0.036177978
平均 (標準偏差)0.0023088225 (±0.005799048)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 460.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z460.800460.800460.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0050.0360.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human plasma intermediate-density lipoprotein

全体名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human plasma intermediate-density lipoprotein

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超分子 #1: Human plasma intermediate-density lipoprotein

超分子名称: Human plasma intermediate-density lipoprotein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組織: Blood
分子量実験値: 3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS)
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: LEICA EM GP
詳細Human IDLs were isolated from the plasma of a healthy individual by non-equilibrium density gradient ultracentrifugation
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡ZEISS LIBRA120PLUS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 1.37 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率（公称値）: 50000

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画像解析

詳細X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 86.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using individual-particle electron tomography (IPET). The obtained 3D map was low-pass filtered to 8 nm.
使用した粒子像数: 35
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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