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万見
- EMDB-9055: CryoEM structure of human enterovirus D68 expanded 1 particle (pH... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9055
タイトルCryoEM structure of human enterovirus D68 expanded 1 particle (pH 6.5, 4 degrees Celsius, 3 min)
マップデータsharpened map in which the inner density is masked out
試料
  • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 4
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / peptidase activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Liu Y / Rossmann MG
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for the acid-initiated uncoating of human enterovirus D68.
著者: Yue Liu / Ju Sheng / Arno L W van Vliet / Geeta Buda / Frank J M van Kuppeveld / Michael G Rossmann /
要旨: Enterovirus D68 (EV-D68) belongs to a group of enteroviruses that contain a single positive-sense RNA genome surrounded by an icosahedral capsid. Like common cold viruses, EV-D68 mainly causes ...Enterovirus D68 (EV-D68) belongs to a group of enteroviruses that contain a single positive-sense RNA genome surrounded by an icosahedral capsid. Like common cold viruses, EV-D68 mainly causes respiratory infections and is acid-labile. The molecular mechanism by which the acid-sensitive EV-D68 virions uncoat and deliver their genome into a host cell is unknown. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we have determined the structures of the full native virion and an uncoating intermediate [the A (altered) particle] of EV-D68 at 2.2- and 2.7-Å resolution, respectively. These structures showed that acid treatment of EV-D68 leads to particle expansion, externalization of the viral protein VP1 N termini from the capsid interior, and formation of pores around the icosahedral twofold axes through which the viral RNA can exit. Moreover, because of the low stability of EV-D68, cryo-EM analyses of a mixed population of particles at neutral pH and following acid treatment demonstrated the involvement of multiple structural intermediates during virus uncoating. Among these, a previously undescribed state, the expanded 1 ("E1") particle, shows a majority of internal regions (e.g., the VP1 N termini) to be ordered as in the full native virion. Thus, the E1 particle acts as an intermediate in the transition from full native virions to A particles. Together, the present work delineates the pathway of EV-D68 uncoating and provides the molecular basis for the acid lability of EV-D68 and of the related common cold viruses.
履歴
登録2018年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月5日-
マップ公開2018年12月19日-
更新2019年1月9日-
現状2019年1月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 18.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 18.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mzi
  • 表面レベル: 18.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mzi
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9055.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map in which the inner density is masked out
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.73 Å/pix.
x 264 pix.
= 456.72 Å		1.73 Å/pix.
x 264 pix.
= 456.72 Å		1.73 Å/pix.
x 264 pix.
= 456.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 18.699999999999999 / ムービー #1: 18.7
最小 - 最大-79.102969999999999 - 114.782679999999999
平均 (標準偏差)0.4190516 (±7.309804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 456.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.731.731.73
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z456.720456.720456.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-79.103114.7830.419

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添付データ

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ハーフマップ: unsharpened half map in which the inner density is retained

ファイルemd_9055_half_map_1.map
注釈unsharpened half map in which the inner density is retained
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unsharpened half map in which the inner density is retained

ファイルemd_9055_half_map_2.map
注釈unsharpened half map in which the inner density is retained
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus D68

全体名称: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Enterovirus D68 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Viral protein 4

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超分子 #1: Enterovirus D68

超分子名称: Enterovirus D68 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Viruses were grown in RD cells and treated with acidic buffer.
NCBI-ID: 42789 / 生物種: Enterovirus D68 / Sci species strain: US/MO/14-18947 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Viral protein 1

分子名称: Viral protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947
配列文字列: IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSN TEP EEAIQTRTVI NQHGVSETLV ENFLSRAALV SKRSFEYKDH TSSTARADKN FFKWTIN TR SFVQLRRKLE LFTYLRFDAE ITILTTVAVN GSGNNTYVGL PDLTLQAMFV PTGALTPE K QDSFHWQSGS ...文字列:
IESIIKTATD TVKSEINAEL GVVPSLNAVE TGATSN TEP EEAIQTRTVI NQHGVSETLV ENFLSRAALV SKRSFEYKDH TSSTARADKN FFKWTIN TR SFVQLRRKLE LFTYLRFDAE ITILTTVAVN GSGNNTYVGL PDLTLQAMFV PTGALTPE K QDSFHWQSGS NASVFFKISD PPARITIPFM CINSAYSVFY DGFAGFEKNG LYGINPADT IGNLCVRIVN EHQPVGFTVT VRVYMKPKHI KAWAPRPPRT LPYMSIANAN YKGKERAPNA LSAIIGNRD SVKTMPHNIV NT

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分子 #2: Viral protein 2

分子名称: Viral protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947
配列文字列: SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI D KPTQPETA TDRFYTLKSV KWETGSTGWW WKLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQ CNATKFH QGALLVVAIP EHQRGAHNTN TSPGFDDIMK GEEGGTFNHP YVLDDGTSLA ...文字列:
SPSAEACGYS DRVLQLKLGN SAIVTQEAAN YCCAYGEWPN YLPDHEAVAI D KPTQPETA TDRFYTLKSV KWETGSTGWW WKLPDALNNI GMFGQNVQHH YLYRSGFLIH VQ CNATKFH QGALLVVAIP EHQRGAHNTN TSPGFDDIMK GEEGGTFNHP YVLDDGTSLA CAT IFPHQW INLRTNNSAT IVLPWMNAAP MDFPLRHNQW TLAIIPVVPL GTRTTSSMVP ITVS IAPMC CEFNGLRHAI TQ

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分子 #3: Viral protein 3

分子名称: Viral protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947
配列文字列: GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNM LEVVQV ESMMEINNTE SAVGMERLKV DISALTDVDQ LLFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNIS RYYTH WSGSLEMTFM FCGSFMAAGK LILCYTPPGG SCPTTRETAM LGTHIVWDFG LQSSV TLII ...文字列:
GVPTYLLPGS GQFLTTDDHS SAPALPCFNP TPEMHIPGQV RNM LEVVQV ESMMEINNTE SAVGMERLKV DISALTDVDQ LLFNIPLDIQ LDGPLRNTLV GNIS RYYTH WSGSLEMTFM FCGSFMAAGK LILCYTPPGG SCPTTRETAM LGTHIVWDFG LQSSV TLII PWISGSHYRM FNNDAKSTNA NVGYVTCFMQ TNLIVPSESS DTCSLIGFIA AKDDFS LRL MRDSPDIGQL DHLHAAEAAY Q

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分子 #4: Viral protein 4

分子名称: Viral protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947
配列文字列:
GAQVTRQQTG THENANIATN GSHITYNQIN FYKDSYAASA SKQDFSQDPS KFTEPVVEG LKAGAPVLK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5 / 詳細: phosphate citrate buffer
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 357 / 平均露光時間: 10.5 sec. / 平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 39022
CTF補正ソフトウェア - 名称: jspr
詳細: On-the-fly CTF correction during 2D alignment and 3D reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Particle orientations were randomly assigned.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 4968
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 0.5 degrees
ソフトウェア - 名称: jspr
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0)
詳細: 33863 particles were selected after 2D classification. Subsequently, 3D classification yielded full native virions, A-particles and expanded 1 particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6mzi:
CryoEM structure of human enterovirus D68 expanded 1 particle (pH 6.5, 4 degrees Celsius, 3 min)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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