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- EMDB-9048: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9048
タイトルEbola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
マップデータEbola virus glycoprotein in complex with the antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
試料
  • 複合体: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
    • 複合体: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
    • 複合体: Ebola virus glycoprotein
生物種Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Milligan JC / Saphire EO
引用ジャーナル: J Infect Dis / 年: 2019
タイトル: Structural Characterization of Pan-Ebolavirus Antibody 6D6 Targeting the Fusion Peptide of the Surface Glycoprotein.
著者: Jacob C Milligan / Diptiben V Parekh / Katherine M Fuller / Manabu Igarashi / Ayato Takada / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Ebola virus infection causes severe disease in humans and represents a global health threat. Candidates for immunotherapeutics and vaccines have shown promise in clinical trials, although they are ...Ebola virus infection causes severe disease in humans and represents a global health threat. Candidates for immunotherapeutics and vaccines have shown promise in clinical trials, although they are ineffective against other members of the Ebolavirus genus that also cause periodic, lethal outbreaks. In this study, we present a crystal structure of a pan-ebolavirus antibody, 6D6, as well as single-particle electron microscopy reconstructions of 6D6 in complex with Ebola and Bundibugyo virus glycoproteins. 6D6 binds to the conserved glycoprotein fusion peptide, implicating it as a site of immune vulnerability that could be exploited to reliably elicit a pan-ebolavirus neutralizing antibody response.
履歴
登録2018年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月29日-
マップ公開2018年9月26日-
更新2019年1月23日-
現状2019年1月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9048.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ebola virus glycoprotein in complex with the antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 637.44 Å		1.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 637.44 Å		1.66 Å/pix.
x 384 pix.
= 637.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-6.7465177 - 21.545069999999999
平均 (標準偏差)-0.0071272464 (±0.73681253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 637.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z637.440637.440637.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-6.74721.545-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment...

全体名称: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
要素
  • 複合体: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
    • 複合体: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
    • 複合体: Ebola virus glycoprotein

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超分子 #1: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment...

超分子名称: Ebola virus glycoprotein in complex with antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #2: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6

超分子名称: Antigen binding fragment of chimeric mouse IgG 6D6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)

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超分子 #3: Ebola virus glycoprotein

超分子名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
組換発現生物種: Drosophila (ハエ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
25.0 mMTris
100.0 mMNaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Negative stain resolution / 使用した粒子像数: 6187
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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