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- EMDB-8700: EBOV GPdMuc:ADI-15878 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8700
タイトルEBOV GPdMuc:ADI-15878
マップデータComplex of recombinant Ebola virus glycoprotein with recombinant human IgG1 Fab ADI-15878.
試料
  • 複合体: EBOV GPdMuc:ADI-15878
    • 複合体: ADI-15878 Fab
    • 複合体: EBOV GPdMuc
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.2 Å
データ登録者Murin CD / Ward AB / Turner HL
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Antibodies from a Human Survivor Define Sites of Vulnerability for Broad Protection against Ebolaviruses.
著者: Anna Z Wec / Andrew S Herbert / Charles D Murin / Elisabeth K Nyakatura / Dafna M Abelson / J Maximilian Fels / Shihua He / Rebekah M James / Marc-Antoine de La Vega / Wenjun Zhu / Russell R ...著者: Anna Z Wec / Andrew S Herbert / Charles D Murin / Elisabeth K Nyakatura / Dafna M Abelson / J Maximilian Fels / Shihua He / Rebekah M James / Marc-Antoine de La Vega / Wenjun Zhu / Russell R Bakken / Eileen Goodwin / Hannah L Turner / Rohit K Jangra / Larry Zeitlin / Xiangguo Qiu / Jonathan R Lai / Laura M Walker / Andrew B Ward / John M Dye / Kartik Chandran / Zachary A Bornholdt /
要旨: Experimental monoclonal antibody (mAb) therapies have shown promise for treatment of lethal Ebola virus (EBOV) infections, but their species-specific recognition of the viral glycoprotein (GP) has ...Experimental monoclonal antibody (mAb) therapies have shown promise for treatment of lethal Ebola virus (EBOV) infections, but their species-specific recognition of the viral glycoprotein (GP) has limited their use against other divergent ebolaviruses associated with human disease. Here, we mined the human immune response to natural EBOV infection and identified mAbs with exceptionally potent pan-ebolavirus neutralizing activity and protective efficacy against three virulent ebolaviruses. These mAbs recognize an inter-protomer epitope in the GP fusion loop, a critical and conserved element of the viral membrane fusion machinery, and neutralize viral entry by targeting a proteolytically primed, fusion-competent GP intermediate (GP) generated in host cell endosomes. Only a few somatic hypermutations are required for broad antiviral activity, and germline-approximating variants display enhanced GP recognition, suggesting that such antibodies could be elicited more efficiently with suitably optimized GP immunogens. Our findings inform the development of both broadly effective immunotherapeutics and vaccines against filoviruses.
履歴
登録2017年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年6月7日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8700.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8700.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complex of recombinant Ebola virus glycoprotein with recombinant human IgG1 Fab ADI-15878.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å		4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å		4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.66 / ムービー #1: 2.66
最小 - 最大-4.1031876 - 11.206984500000001
平均 (標準偏差)0.000000002680821 (±0.99999815)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.400262.400262.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-4.10311.2070.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EBOV GPdMuc:ADI-15878

全体名称: EBOV GPdMuc:ADI-15878
要素
  • 複合体: EBOV GPdMuc:ADI-15878
    • 複合体: ADI-15878 Fab
    • 複合体: EBOV GPdMuc

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超分子 #1: EBOV GPdMuc:ADI-15878

超分子名称: EBOV GPdMuc:ADI-15878 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Complex of recombinant Ebola virus glycoprotein and recombinant human IgG1 Fab from survivor of infection.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: ADI-15878 Fab

超分子名称: ADI-15878 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody, expressed in plant system.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)

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超分子 #3: EBOV GPdMuc

超分子名称: EBOV GPdMuc / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Recombinant mucin-deleted Ebola virus glycoprotein expressed in mammalian cells, 293F.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTristris

詳細: Solution were made from a 10X stock and filtered sterilized.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Negatively stained EM specimens were prepared using a side-blotting technique and uranyl-formate stain.
グリッドモデル: Protochips / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細Monodisperse sample deposited on negative stain grid.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 65 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19451
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Common lines start model obtained from negative stain class averages of the data.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 使用した粒子像数: 12701
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2)
最終 3次元分類クラス数: 113 / 平均メンバー数/クラス: 50 / ソフトウェア - 名称: IMAGIC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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