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- EMDB-8645: Cryo-EM structure of the 70S ribosome from Mycobacterium tubercul... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8645
タイトルCryo-EM structure of the 70S ribosome from Mycobacterium tuberculosis bound with Capreomycin
マップデータProtein RNA complex
試料
  • 複合体: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
    • タンパク質・ペプチド: x 48種
    • RNA: x 3種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Mitochondrial domain of uncharacterized function (DUF1713) / 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L14 / : / : / : / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS12
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / Streptomyces puniceus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yang K / Chang J-Y / Cui Z / Li X / Meng R / Duan L / Thongchol J / Jakana J / Huwe C / Sacchettini J / Zhang J
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2017
タイトル: Structural insights into species-specific features of the ribosome from the human pathogen Mycobacterium tuberculosis.
著者: Kailu Yang / Jeng-Yih Chang / Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Ran Meng / Lijun Duan / Jirapat Thongchol / Joanita Jakana / Christoph M Huwe / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
要旨: Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the ...Ribosomes from Mycobacterium tuberculosis (Mtb) possess species-specific ribosomal RNA (rRNA) expansion segments and ribosomal proteins (rProtein). Here, we present the near-atomic structures of the Mtb 50S ribosomal subunit and the complete Mtb 70S ribosome, solved by cryo-electron microscopy. Upon joining of the large and small ribosomal subunits, a 100-nt long expansion segment of the Mtb 23S rRNA, named H54a or the 'handle', switches interactions from with rRNA helix H68 and rProtein uL2 to with rProtein bS6, forming a new intersubunit bridge 'B9'. In Mtb 70S, bridge B9 is mostly maintained, leading to correlated motions among the handle, the L1 stalk and the small subunit in the rotated and non-rotated states. Two new protein densities were discovered near the decoding center and the peptidyl transferase center, respectively. These results provide a structural basis for studying translation in Mtb as well as developing new tuberculosis drugs.
履歴
登録2017年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月16日-
マップ公開2017年9月20日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8645.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Protein RNA complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å		1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å		1.25 Å/pix.
x 320 pix.
= 400. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.039232228 - 0.09125341
平均 (標準偏差)0.0005574632 (±0.0036079916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 400.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.251.251.25
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z400.000400.000400.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0390.0910.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis

全体名称: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
要素
  • 複合体: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L21p
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: Capreomycin
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)

+
超分子 #1: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis

超分子名称: Ribosome from human pathogen Mycobacterium tuberculosis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.525757 KDa
配列文字列:
MAVPKRRKSR SNTRSRRSQW KAAKTELVGV TVAGHAHKVP RRLLKAARLG LIDFDKR

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.512581 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLELKK FCPNCGKHQA HRETR

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 5.611632 KDa
配列文字列:
VTKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RSIVSSRRRK GRRTLSA

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 7.24143 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPSTR TRRLDGRTVV AANDTKRVTS LLNG

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 4.323239 KDa
配列文字列:
VKVNPSVKPI CDKCRLIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.770074 KDa
配列文字列:
MKSDIHPAYE ETTVVCGCGN TFQTRSTKPG GRIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRKV GADKAVSTGK

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.644002 KDa
配列文字列: MAIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGR GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRMIDFRRN DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYLD GEKRYIIAPN GLSQGDVVES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TLIHAVELRP GGGAKLARSA G SSIQLLGK ...文字列:
MAIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGR GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRMIDFRRN DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ARIALLHYLD GEKRYIIAPN GLSQGDVVES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TLIHAVELRP GGGAKLARSA G SSIQLLGK EASYASLRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQANINWGK AGRMRWKGKR PSVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RNANKSSNKF IVRRRRTGKK HSR

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 23.127533 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDES NRVVPVTVVK AGPNVVTRIR TPERDGYSAV QLAYGEISPR KVNKPLTGQY TAAGVNPRRY LAELRLDDS DAATEYQVGQ ELTAEIFADG SYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGASH GAQAVHRRPG SIGGCATPAR V FKGTRMAG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDES NRVVPVTVVK AGPNVVTRIR TPERDGYSAV QLAYGEISPR KVNKPLTGQY TAAGVNPRRY LAELRLDDS DAATEYQVGQ ELTAEIFADG SYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGASH GAQAVHRRPG SIGGCATPAR V FKGTRMAG RMGNDRVTVL NLLVHKVDAE NGVLLIKGAV PGRTGGLVMV RSAIKRGEK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 23.779936 KDa
配列文字列: MAAQEQKTLK IDVKTPAGKV DGAIELPAEL FDVPANIALM HQVVTAQRAA ARQGTHSTKT RGEVSGGGRK PYRQKGTGRA RQGSTRAPQ FTGGGVVHGP KPRDYSQRTP KKMIAAALRG ALSDRARNGR IHAITELVEG QNPSTKSARA FLASLTERKQ V LVVIGRSD ...文字列:
MAAQEQKTLK IDVKTPAGKV DGAIELPAEL FDVPANIALM HQVVTAQRAA ARQGTHSTKT RGEVSGGGRK PYRQKGTGRA RQGSTRAPQ FTGGGVVHGP KPRDYSQRTP KKMIAAALRG ALSDRARNGR IHAITELVEG QNPSTKSARA FLASLTERKQ V LVVIGRSD EAGAKSVRNL PGVHILAPDQ LNTYDVLRAD DVVFSVEALN AYIAANTTTS EEVSA

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 21.052303 KDa
配列文字列:
MTTAQKVQPR LKERYRSEIR DALRKQFGYG NVMQIPTVTK VVVNMGVGEA ARDAKLINGA VNDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPVGVRVTLR GDRMWEFLDR LTSIALPRIR DFRGLSPKQF DGVGNYTFGL AEQAVFHEVD VDKIDRVRGM D INVVTSAA TDDEGRALLR ALGFPFKEN

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 19.408363 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPIP VPAGVDVTIE GQSISVKGPK GTLGLTVAEP IKVARNDDGA IVVTRPDDER RNRSLHGLSR TLVSNLVTGV TQGYTTKME IFGVGYRVQL KGSNLEFALG YSHPVVIEAP EGITFAVQAP TKFTVSGIDK QKVGQIAANI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.196654 KDa
配列文字列:
MKLILTADVD HLGSIGDTVE VKDGYGRNFL LPRGLAIVAS RGAQKQADEI RRARETKSVR DLEHANEIKA AIEALGPIAL PVKTSADSG KLFGSVTAAD VVAAIKKAGG PNLDKRIVRL PKTHIKAVGT HFVSVHLHPE IDVEVSLDVV AQS

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.333896 KDa
配列文字列:
VPTYAPKAGD TTRSWYVIDA TDVVLGRLAV AAANLLRGKH KPTFAPNVDG GDFVIVINAD KVAISGDKLQ HKMVYRHSGY PGGLHKRTI GELMQRHPDR VVEKAILGML PKNRLSRQIQ RKLRVYAGPE HPHSAQQPVP YELKQVAQ

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.419649 KDa
配列文字列:
VIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RPDGSYIKFD ENAAVIIKP DNDPRGTRIF GPVGRELREK RFMKIISLAP EVL

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 15.534062 KDa
配列文字列:
VTLKLHDLRP ARGSKIARTR VGRGDGSKGK TAGRGTKGTR ARKQVPVTFE GGQMPIHMRL PKLKGFRNRF RTEYEIVNVG DINRLFPQG GAVGVDDLVA KGAVRKNALV KVLGDGKLTA KVDVSAHKFS GSARAKITAA GGSATEL

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 15.724277 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPRQRGI ASGGTTVNFG DYGIQALEHA YVTNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP NEGVARAALT RAIHKLPIKA RIITREEQF

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 19.512273 KDa
配列文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQKAI LANLATSLFE HGRITTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVLKKL RDKDVVHTLF AEIGPFFAD RDGGYTRIIK IEARKGDNAP MAVIELVREK TVTSEANRAR RVAAAQAKAK KAAAMPTEES EAKPAEEGDV V GASEPDAK APEEPPAEAP EN

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.211122 KDa
配列文字列:
MAQSVSATRR ISRLRRHTRL RKKLSGTAER PRLVVHRSAR HIHVQLVNDL NGTTVAAASS IEADVRGVPG DKKARSVRVG QLIAERAKA AGIDTVVFDR GGYTYGGRIA ALADAARENG LSF

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.041126 KDa
配列文字列:
MNRLDFVDKP SLRDDIPAFN PGDTINVHVK VIEGAKERLQ VFKGVVIRRQ GGGIRETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIEVVTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.557777 KDa
配列文字列:
MARVKRAVNA HKKRRSILKA SRGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLNYAYRDR RARKGEFRKL WIARINAAAR LNDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLADIA ISDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

+
分子 #23: LSU ribosomal protein L21p

分子名称: LSU ribosomal protein L21p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.173147 KDa
配列文字列:
MMATYAIVKT GGKQYKVAVG DVVKVEKLES EQGEKVSLPV ALVVDGATVT TDAKALAKVA VTGEVLGHTK GPKIRIHKFK NKTGYHKRQ GHRQQLTVLK VTGIA

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 20.424594 KDa
配列文字列: MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG ...文字列:
MTAATKATEY PSAVAKARFV RVSPRKARRV IDLVRGRSVS DALDILRWAP QAASGPVAKV IASAAANAQN NGGLDPATLV VATVYADQG PTAKRIRPRA QGRAFRIRRR TSHITVVVES RPAKDQRSAK SSRARRTEAS KAASKVGATA PAKKAAAKAP A KKAPASSG VKKTPAKKAP AKKAPAKASE TSAAKGGSD

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.976785 KDa
配列文字列:
MATLADPRDI ILAPVISEKS YGLLDDNVYT FLVRPDSNKT QIKIAVEKIF AVKVASVNTA NRQGKRKRTR TGYGKRKSTK RAIVTLAPG SRPIDLFGAP A

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.500274 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLQAYPDR NRVLVEGVNR IKKHTAISTT QRGARSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRIGYRVDE ETGKRVRISK RNGKDI

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.466166 KDa
配列文字列: MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ...文字列:
MAKSASNQLR VTVRTETGKG ASRRARRAGK IPAVLYGHGA EPQHLELPGH DYAAVLRHSG TNAVLTLDIA GKEQLALTKA LHIHPIRRT IQHADLLVVR RGEKVVVEVS VVVEGQAGPD TLVTQETNSI EIEAEALSIP EQLTVSIEGA EPGTQLTAGQ I ALPAGVSL ISDPDLLVVN VVKAPTAEEL EGEVAGAEEA EEAAVEAGEA EAAGESE

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.987272 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRYGGQV VKAGEILVRQ RGTKFHPGVN VGRGGDDTLF AKTAGAVEFG IKRGRKTVSI VGSTTA

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.920075 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWD PNIQTVHAVT RPGGNKKRLN VCTSCIKAGK ITRG

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 8.872015 KDa
配列文字列:
MAVGVSPGEL RELTDEELAE RLRESKEELF NLRFQMATGQ LNNNRRLRTV RQEIARIYTV LRERELGLAT GPDGKES

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 7.361569 KDa
配列文字列:
MSQLKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLRR IRHSVIREDN AATRGLIAVV RHLVEVEPAQ TGGKT

+
分子 #33: Capreomycin

分子名称: Capreomycin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptomyces puniceus (バクテリア)
分子量理論値: 670.723 Da
配列文字列:
(KBE)(DPP)(UAL)(MYN)(DPP)A

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 30.038955 KDa
配列文字列: VGQKINPHGF RLGITTDWKS RWYADKQYAE YVKEDVAIRR LLSSGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY ...文字列:
VGQKINPHGF RLGITTDWKS RWYADKQYAE YVKEDVAIRR LLSSGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY REGRVPLHTL RADIDYGLYE AKTTFGRIGV KVWIYKGDIV GGKRELAAAA PAGADRPRRE RPSGTRPRRS GA SGTTATG TDAGRAAGGE EAAPDAAAPV EAQSTES

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 23.515898 KDa
配列文字列: MARYTGPVTR KSRRLRTDLV GGDQAFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYLLQL QEKQKARFTY GVMEKQFRRY YEEAVRQPGK TGEELLKIL ESRLDNVIYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFN VNGVHVNVPS YRVSQYDIVD VRDKSLNTVP FQIARETAGE R PIPSWLQV ...文字列:
MARYTGPVTR KSRRLRTDLV GGDQAFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYLLQL QEKQKARFTY GVMEKQFRRY YEEAVRQPGK TGEELLKIL ESRLDNVIYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFN VNGVHVNVPS YRVSQYDIVD VRDKSLNTVP FQIARETAGE R PIPSWLQV VGERQRVLIH QLPERAQIDV PLTEQLIVEY YSK

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 22.925242 KDa
配列文字列: MAEQPAGQAG TTDNRDARGD REGRRRDSGR GSRERDGEKS NYLERVVAIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGNGMVGVG YGKAKEVPA AIAKGVEEAR KSFFRVPLIG GTITHPVQGE AAAGVVLLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL G SDNAINVV ...文字列:
MAEQPAGQAG TTDNRDARGD REGRRRDSGR GSRERDGEKS NYLERVVAIN RVSKVVKGGR RFSFTALVIV GDGNGMVGVG YGKAKEVPA AIAKGVEEAR KSFFRVPLIG GTITHPVQGE AAAGVVLLRP ASPGTGVIAG GAARAVLECA GVHDILAKSL G SDNAINVV HATVAALKLL QRPEEVAARR GLPIEDVAPA GMLKARRKSE ALAASVLPDR TI

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.952728 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVV RKDGGKVEKV DIWGKRRLAY EIAKHAEGIY VVIDVKAAPA TVSELDRQLS LNESVLRTK VMRTDKH

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 17.633418 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLKGKKSLAE RIVYGALEQA RDKTGTDPVI TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVGYSR QRREKTMIER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.432563 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADF LTRLRNANSA YHDEVSLPHS KLKANIAQIL KNEGYISDFR TEDARVGKSL VIQLKYGPSR ERSIAGLRRV SKPGLRVYA KSTNLPRVLG GLGVAIISTS SGLLTDRQAA RQGVGGEVLA YVW

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 16.465061 KDa
配列文字列:
MTETTPAPQT PAAPAGPAQS FVLERPIQTV GRRKEAVVRV RLVPGTGKFD LNGRSLEDYF PNKVHQQLIK APLVTVDRVE SFDIFAHLG GGGPSGQAGA LRLGIARALI LVSPEDRPAL KKAGFLTRDP RATERKKYGL KKARKAPQYS KR

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 11.420275 KDa
配列文字列:
VAGQKIRIRL KAYDHEAIDA SARKIVETVV RTGASVVGPV PLPTEKNVYC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDIIDPT PKTVDALMR IDLPASVDVN IQ

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.815918 KDa
配列文字列:
MPPAKKGPAT SARKGQKTRR REKKNVPHGA AHIKSTFNNT IVTITDPQGN VIAWASSGHV GFKGSRKSTP FAAQLAAENA ARKAQDHGV RKVDVFVKGP GSGRETAIRS LQAAGLEVGA ISDVTPQPHN GVRPPKRRRV

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 13.882341 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRRDKISKVK TAALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVKLTSQ VEVTAYIPGE GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIIR GSLDTQGVKN RKQARSRYGA KKEKG

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.383779 KDa
配列文字列:
MARLVGVDLP RDKRMEVALT YIFGIGRTRS NEILAATGID RDLRTRDLTE EQLIHLRDYI EANLKVEGDL RREVQADIRR KIEIGCYQG LRHRRGMPVR GQRTKTNART RKGPKRTIAG KKKAR

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 6.841249 KDa
配列文字列:
MAKKALVNKA AGKPRFAVRA YTRCSKCGRP RAVYRKFGLC RICLREMAHA GELPGVQKSS W

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.500277 KDa
配列文字列:
MALTAEQKKE ILRSYGLHET DTGSPEAQIA LLTKRIADLT EHLKVHKHDH HSRRGLLLLV GRRRRLIKYI SQIDVERYRS LIERLGLRR

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 17.4661 KDa
配列文字列:
MAVKIKLTRL GKIRNPQYRV AVADARTRRD GRAIEVIGRY HPKEEPSLIE INSERAQYWL SVGAQPTEPV LKLLKITGDW QKFKGLPGA QGRLKVAAPK PSKLEVFNAA LAAADGGPTT EATKPKKKSP AKKAAKAAEP APQPEQPDTP ALGGEQAELT A ES

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 14.776373 KDa
配列文字列:
MAEAKTGAKA APRVAKAAKA APKKAAPNDA EAIGAANAAN VKGPKHTPRT PKPRGRRKTR IGYVVSDKMQ KTIVVELEDR MRHPLYGKI IRTTKKVKAH DEDSVAGIGD RVSLMETRPL SATKRWRLVE ILEKAK

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 9.565279 KDa
配列文字列:
MAKSSKRRPA PEKPVKTRKC VFCAKKDQAI DYKDTALLRT YISERGKIRA RRVTGNCVQH QRDIALAVKN AREVALLPFT SSVR

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 10.830629 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDEHLLKKVD VQNEKNTKQV IKTWSRRSTI IPDFIGHTFA VHDGRKHVPV FVTESMVGHK LGEFAPTRTF KGHIKDDRK SKRR

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 9.396876 KDa
配列文字列:
VANIKSQQKR NRTNERARLR NKAVKSSLRT AVRAFREAAH AGDKAKAAEL LASTNRKLDK AASKGVIHKN QAANKKSALA QALNKL

+
分子 #52: Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)

分子名称: Mitochondrial domain of uncharacterised function (DUF1713)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 4.1643 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMSKKKHRKL LRRTRVQRRK LGK

+
分子 #7: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 1.017792562 MDa
配列文字列: UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU ...文字列:
UUGUAAGUGU CUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCAUC GAGAGCCGAU GAAGGACGUG GGAGGCUGCG AUAUGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UGGAUCCGAG GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGCACGAGU GAUGUCGUGC UACCCGCAUC U GAAUAUAU AGGGUGCGGG AGGGAACGCG GGGAAGUGAA ACAUCUCAGU ACCCGUAGGA GGAGAAAACA AUUGUGAUUC CG CAAGUAG UGGCGAGCGA ACGCGGAACA GGCUAAACCG CACGCAUGGG UAACCGGGUA GGGGUUGUGU GUGCGGGGUU GUG GGAGGA UAUGUCUCAG CGCUACCCGG CUGAGAGGCA GUCAGAAAGU GUCGUGGUUA GCGGAAGUGG CCUGGGAUGG UCUG CCGUA GACGGUGAGA GCCCGGUACG CGAAAACCCG GCACCUGCCU AGUAUCAAUU CCCGAGUAGC AGCGGGCCCG UGGAA UCCG CUGUGAAUCC GCCGGGACCA CCCGGUAAGC CUAAAUACUC CUCGAUGACC GAUAGCGGAU UAGUACCGUG AGGGAA UGG UGAAAAGUAC CCCGGGAGGG GAGUGAAAGA GUACCUGAAA CCGUGUGCCU ACAAUCCGUC AGAGCCUCCU UUUCCUC UC CGGAGGAGGG UGGUGAUGGC GUGCCUUUUG AAGAAUGAGC CUGCGAGUCA GGGACAUGUC GCAAGGUUAA CCCGUGUG G GGUAGCCGCA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGACCCAC ACGCGCAUAC GCGCGUGUGA AUAGUGGCGU GUUCUGGAC CCGAAGCGGA GUGAUCUACC CAUGGCCAGG GUGAAGCGCG GGUAAGACCG CGUGGAGGCC CGAACCCACU UAGGUUGAAG ACUGAGGGG AUGAGCUGUG GGUAGGGGUG AAAGGCCAAU CAAACUCCGU GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AUGCAUUUAG G UGCAGCGU UGCGUGGUUC ACCGCGGAGG UAGAGCUACU GGAUGGCCGA UGGGCCCUAC UAGGUUACUG ACGUCAGCCA AA CUCCGAA UGCCGUGGUG UAAAGCGUGG CAGUGAGACG GCGGGGGAUA AGCUCCGUAC GUCGAAAGGG AAACAGCCCA GAU CGCCGG CUAAGGCCCC CAAGCGUGUG CUAAGUGGGA AAGGAUGUGC AGUCGCAAAG ACAACCAGGA GGUUGGCUUA GAAG CAGCC ACCCUUGAAA GAGUGCGUAA UAGCUCACUG GUCAAGUGAU UGUGCGCCGA UAAUGUAGCG GGGCUCAAGC ACACC GCCG AAGCCGCGGC ACAUCCACCU UGUGGUGGGU GUGGGUAGGG GAGCGUCCCU CAUUCAGCGA AGCCACCGGG UGACCG GUG GUGGAGGGUG GGGGAGUGAG AAUGCAGGCA UGAGUAGCGA CAAGGCAAGU GAGAACCUUG CCCGCCGAAA GACCAAG GG UUCCUGGGCC AGGCCAGUCC GCCCAGGGUG AGUCGGGACC UAAGGCGAGG CCGACAGGCG UAGUCGAUGG ACAACGGG U UGAUAUUCCC GUACCCGUGU GUGGGCGCCC GUGACGAAUC AGCGGUACUA ACCACCCAAA ACCGGAUCGA UCACUCCCC UUCGGGGGUG UGGAGUUCUG GGGCUGCGUG GGAACUUCGC UGGUAGUAGU CAAGCGAAGG GGUGACGCAG GAAGGUAGCC GUACCAGUC AGUGGUAACA CUGGGGCAAG CCGGUAGGGA GAGCGAUAGG CAAAUCCGUC GCUCACUAAU CCUGAGAGGU G ACGCAUAG CCGGUUGAGG CGAAUUCGGU GAUCCUCUGC UGCCAAGAAA AGCCUCUAGC GAGCACACAC ACGGCCCGUA CC CCAAACC GACACAGGUG GUCAGGUAGA GCAUACCAAG GCGUACGAGA UAACUAUGGU UAAGGAACUC GGCAAAAUGC CCC CGUAAC UUCGGGAGAA GGGGGACCGG AAUAUCGUGA ACACCCUUGC GGUGGGAGCG GGAUCCGGUC GCAGAAACCA GUGA GGAGC GACUGUUUAC UAAAAACACA GGUCCGUGCG AAGUCGCAAG ACGAUGUAUA CGGACUGACG CCUGCCCGGU GCUGG AAGG UUAAGAGGAC CCGUUAACCC GCAAGGGUGA AGCGGAGAAU UUAAGCCCCA GUAAACGGCG GUGGUAACUA UAACCA UCC UAAGGUAGCG AAAUUCCUUG UCGGGUAAGU UCCGACCUGC ACGAAUGGCG UAACGACUUC UCAACUGUCU CAACCAU AG ACUCGGCGAA AUUGCACUAC GAGUAAAGAU GCUCGUUACG CGCGGCAGGA CGAAAAGACC CCGGGACCUU CACUACAA C UUGGUAUUGA UGUUCGGUAC GGUUUGUGUA GGAUAGGUGG GAGACUGUGA AACCUCGACG CCAGUUGGGG CGGAGUCGU UGUUGAAAUA CCACUCUGAU CGUAUUGGGC AUCUAACCUC GAACCCUGAA UCGGGUUUAG GGACAGUGCC UGGCGGGUAG UUUAACUGG GGCGGUUGCC UCCUAAAAUG UAACGGAGGC GCCCAAAGGU UCCCUCAACC UGGACGGCAA UCAGGUGGCG A GUGUAAAU GCACAAGGGA GCUUGACUGC GAGACUUACA AGUCAAGCAG GGACGAAAGU CGGGAUUAGU GAUCCGGCAC CC CCGAGUG GAAGGGGUGU CGCUCAACGG AUAAAAGGUA CCCCGGGGAU AACAGGCUGA UCUUCCCCAA GAGUCCAUAU CGA CGGGAU GGUUUGGCAC CUCGAUGUCG GCUCGUCGCA UCCUGGGGCU GGAGCAGGUC CCAAGGGUUG GGCUGUUCGC CCAU UAAAG CGGCACGCGA GCUGGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGUUCG GUCUCUAUCC GCCGCGCGCG UCAGAAACUU GAGGA AACC UGUCCCUAGU ACGAGAGGAC CGGGACGGAC GAACCUCUGG UGCACCAGUU GUCCCGCCAG GGGCACCGCU GGAUAG CCA CGUUCGGUCA GGAUAACCGC UGAAAGCAUC UAAGCGGGAA ACCUUCUCCA AGAUCAGGUU UCUCACCCAC UUGGUGG GA UAAGGCCCCC CGCAGAACAC GGGUUCAAUA GGUCAGACCU GGAAGCUCAG UAAUGGGUGU AGGGAACUGG UGCUAACC G GCCGAAAACU UACAACA

+
分子 #8: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 37.097238 KDa
配列文字列:
UUACGGCGGC CACAGCGGCA GGGAAACGCC CGGUCCCAUU CCGAACCCGG AAGCUAAGCC UGCCAGCGCC GAUGAUACUG CCCCUCCGG GUGGAAAAGU AGGACACCGC CGAACA

+
分子 #32: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 32 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 498.260438 KDa
配列文字列: UUUUGUUUGG AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC UUAACACAUG CAAGUCGAAC GGAAAGGUCU CUUCGGAGA UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UCGGGAUAAG CCUGGGAAAC U GGGUCUAA ...文字列:
UUUUGUUUGG AGAGUUUGAU CCUGGCUCAG GACGAACGCU GGCGGCGUGC UUAACACAUG CAAGUCGAAC GGAAAGGUCU CUUCGGAGA UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UCGGGAUAAG CCUGGGAAAC U GGGUCUAA UACCGGAUAG GACCACGGGA UGCAUGUCUU GUGGUGGAAA GCGCUUUAGC GGUGUGGGAU GAGCCCGCGG CC UAUCAGC UUGUUGGUGG GGUGACGGCC UACCAAGGCG ACGACGGGUA GCCGGCCUGA GAGGGUGUCC GGCCACACUG GGA CUGAGA UACGGCCCAG ACUCCUACGG GAGGCAGCAG UGGGGAAUAU UGCACAAUGG GCGCAAGCCU GAUGCAGCGA CGCC GCGUG GGGGAUGACG GCCUUCGGGU UGUAAACCUC UUUCACCAUC GACGAAGGUC CGGGUUCUCU CGGAUUGACG GUAGG UGGA GAAGAAGCAC CGGCCAACUA CGUGCCAGCA GCCGCGGUAA UACGUAGGGU GCGAGCGUUG UCCGGAAUUA CUGGGC GUA AAGAGCUCGU AGGUGGUUUG UCGCGUUGUU CGUGAAAUCU CACGGCUUAA CUGUGAGCGU GCGGGCGAUA CGGGCAG AC UAGAGUACUG CAGGGGAGAC UGGAAUUCCU GGUGUAGCGG UGGAAUGCGC AGAUAUCAGG AGGAACACCG GUGGCGAA G GCGGGUCUCU GGGCAGUAAC UGACGCUGAG GAGCGAAAGC GUGGGGAGCG AACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUCCACG CCGUAAACGG UGGGUACUAG GUGUGGGUUU CCUUCCUUGG GAUCCGUGCC GUAGCUAACG CAUUAAGUAC CCCGCCUGGG GAGUACGGC CGCAAGGCUA AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGCGGA GCAUGUGGAU UAAUUCGAUG C AACGCGAA GAACCUUACC UGGGUUUGAC AUGCACAGGA CGCGUCUAGA GAUAGGCGUU CCCUUGUGGC CUGUGUGCAG GU GGUGCAU GGCUGUCGUC AGCUCGUGUC GUGAGAUGUU GGGUUAAGUC CCGCAACGAG CGCAACCCUU GUCUCAUGUU GCC AGCACG UAAUGGUGGG GACUCGUGAG AGACUGCCGG GGUCAACUCG GAGGAAGGUG GGGAUGACGU CAAGUCAUCA UGCC CCUUA UGUCCAGGGC UUCACACAUG CUACAAUGGC CGGUACAAAG GGCUGCGAUG CCGCGAGGUU AAGCGAAUCC UUAAA AGCC GGUCUCAGUU CGGAUCGGGG UCUGCAACUC GACCCCGUGA AGUCGGAGUC GCUAGUAAUC GCAGAUCAGC AACGCU GCG GUGAAUACGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACG UCAUGAAAGU CGGUAACACC CGAAGCCAGU GGCCUAA CC CUCGGGAGGG AGCUGUCGAA GGUGGGAUCG GCGAUUGGGA CGAAGUCGUA ACAAGGUAGC CGUACCGGAA GGUGCGGC U GGAUCACCUC CUUUCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.27 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184330
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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