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- EMDB-8540: Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cd... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8540
タイトルStructural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1
マップデータTetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome
試料
  • 複合体: ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...MCM complex loading / CDC6 association with the ORC:origin complex / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of rDNA / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / nuclear DNA replication / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / premeiotic DNA replication / nuclear origin of replication recognition complex / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / nuclear pre-replicative complex / nucleosome organization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / MCM complex / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / silent mating-type cassette heterochromatin formation / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / DNA strand elongation involved in DNA replication / Orc1 removal from chromatin / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / nucleosome binding / helicase activity / transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / chromosome / DNA helicase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / cell division / GTPase activity / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 ...DNA replication factor Cdt1, C-terminal / DNA replication factor Cdt1, C-terminal WH domain superfamily / DNA replication factor Cdt1 C-terminal domain / Origin recognition complex, subunit 6, fungi / Cell division protein Cdc6/18 / : / Cdc6/ORC-like, ATPase lid domain / : / Origin recognition complex subunit 1 C-terminal winged HTH domain / Origin recognition complex, subunit 6 / Origin recognition complex subunit 6 (ORC6) / Cdc6, C-terminal / CDC6, C terminal winged helix domain / : / AAA domain / Origin recognition complex subunit 4 / Origin recognition complex, subunit 3 / Origin recognition complex, subunit 5 / Origin recognition complex subunit 4, C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, winged helix C-terminal / Origin recognition complex subunit 3, N-terminal / : / : / Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 4 C-terminus / Origin recognition complex (ORC) subunit 5 C-terminus / Origin recognition complex winged helix C-terminal / ORC5, lid domain / Orc1-like, AAA ATPase domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / AAA ATPase domain / Origin recognition complex, subunit 2 / AAA lid domain / AAA lid domain / : / : / MCM3 winged helix domain / MCM4, winged helix domain / : / MCM5, C-terminal domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / EF-Hand 1, calcium-binding site / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 ...Cell division control protein 6 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / Origin recognition complex subunit 2 / DNA replication licensing factor MCM7 / Origin recognition complex subunit 6 / Cell division cycle protein CDT1 / Origin recognition complex subunit 5 / DNA replication licensing factor MCM6 / Origin recognition complex subunit 1 / Origin recognition complex subunit 3 / Origin recognition complex subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Yuan Z / Riera A / Bai L / Sun J / Spanos C / Chen ZA / Barbon M / Rappsilber J / Stillman B / Speck C / Li H
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structural basis of Mcm2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1.
著者: Zuanning Yuan / Alberto Riera / Lin Bai / Jingchuan Sun / Saikat Nandi / Christos Spanos / Zhuo Angel Chen / Marta Barbon / Juri Rappsilber / Bruce Stillman / Christian Speck / Huilin Li /
要旨: To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus ...To initiate DNA replication, the origin recognition complex (ORC) and Cdc6 load an Mcm2-7 double hexamer onto DNA. Without ATP hydrolysis, ORC-Cdc6 recruits one Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer, thus forming an ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 (OCCM) helicase-loading intermediate. Here we report a 3.9-Å structure of Saccharomyces cerevisiae OCCM on DNA. Flexible Mcm2-7 winged-helix domains (WHDs) engage ORC-Cdc6. A three-domain Cdt1 configuration embraces Mcm2, Mcm4, and Mcm6, thus comprising nearly half of the hexamer. The Cdt1 C-terminal domain extends to the Mcm6 WHD, which binds the Orc4 WHD. DNA passes through the ORC-Cdc6 and Mcm2-7 rings. Origin DNA interaction is mediated by an α-helix within Orc4 and positively charged loops within Orc2 and Cdc6. The Mcm2-7 C-tier AAA+ ring is topologically closed by an Mcm5 loop that embraces Mcm2, but the N-tier-ring Mcm2-Mcm5 interface remains open. This structure suggests a loading mechanism of the first Cdt1-bound Mcm2-7 hexamer by ORC-Cdc6.
履歴
登録2016年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年2月22日-
更新2017年11月8日-
現状2017年11月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.021
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5v8f
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  • 原子モデル: PDB-5v8f
  • 表面レベル: 0.021
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8540.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 258.56 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 258.56 Å		1.01 Å/pix.
x 256 pix.
= 258.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.021 / ムービー #1: 0.021
最小 - 最大-0.03851721 - 0.10812734
平均 (標準偏差)0.0004973546 (±0.004821395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 258.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.011.011.01
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.560258.560258.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0390.1080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7

全体名称: ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7
要素
  • 複合体: ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM4
    • タンパク質・ペプチド: Minichromosome maintenance protein 5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle protein CDT1
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Origin recognition complex subunit 6
    • DNA: DNA (39-MER)
    • DNA: DNA (39-MER)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7

超分子名称: ORC-Cdc6-Cdt1-MCM2-7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 組換プラスミド: pRS

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分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 98.911539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL ...文字列:
MSDNRRRRRE EDDSDSENEL PPSSPQQHFR GGMNPVSSPI GSPDMINPEG DDNEVDDVPD IDEVEEQMNE VDLMDDNMYE DYAADHNRD RYDPDQVDDR EQQELSLSER RRIDAQLNER DRLLRNVAYI DDEDEEQEGA AQLDEMGLPV QRRRRRRQYE D LENSDDDL LSDMDIDPLR EELTLESLSN VKANSYSEWI TQPNVSRTIA RELKSFLLEY TDETGRSVYG ARIRTLGEMN SE SLEVNYR HLAESKAILA LFLAKCPEEM LKIFDLVAME ATELHYPDYA RIHSEIHVRI SDFPTIYSLR ELRESNLSSL VRV TGVVTR RTGVFPQLKY VKFNCLKCGS ILGPFFQDSN EEIRISFCTN CKSKGPFRVN GEKTVYRNYQ RVTLQEAPGT VPPG RLPRH REVILLADLV DVSKPGEEVE VTGIYKNNYD GNLNAKNGFP VFATIIEANS IKRREGNTAN EGEEGLDVFS WTEEE EREF RKISRDRGII DKIISSMAPS IYGHRDIKTA VACSLFGGVP KNVNGKHSIR GDINVLLLGD PGTAKSQILK YVEKTA HRA VFATGQGASA VGLTASVRKD PITKEWTLEG GALVLADKGV CLIDEFDKMN DQDRTSIHEA MEQQSISISK AGIVTTL QA RCSIIAAANP NGGRYNSTLP LAQNVSLTEP ILSRFDILCV VRDLVDEEAD ERLATFVVDS HVRSHPENDE DREGEELK N NGESAIEQGE DEINEQLNAR QRRLQRQRKK EEEISPIPQE LLMKYIHYAR TKIYPKLHQM DMDKVSRVYA DLRRESIST GSFPITVRHL ESILRIAESF AKMRLSEFVS SYDLDRAIKV VVDSFVDAQK VSVRRQLRRS FAIYTLGH

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分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 107.653508 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP ...文字列:
MEGSTGFDGD ATTFFAPDAV FGDRVRRFQE FLDTFTSYRD SVRSIQVYNS NNAANYNDDQ DDADERDLLG DDDGDDLEKE KKAASSTSL NILPHRIIIS LDDLREFDRS FWSGILVEPA YFIPPAEKAL TDLADSMDDV PHPNASAVSS RHPWKLSFKG S FGAHALSP RTLTAQHLNK LVSVEGIVTK TSLVRPKLIR SVHYAAKTGR FHYRDYTDAT TTLTTRIPTP AIYPTEDTEG NK LTTEYGY STFIDHQRIT VQEMPEMAPA GQLPRSIDVI LDDDLVDKTK PGDRVNVVGV FKSLGAGGMN QSNSNTLIGF KTL ILGNTV YPLHARSTGV AARQMLTDFD IRNINKLSKK KDIFDILSQS LAPSIYGHDH IKKAILLMLM GGVEKNLENG SHLR GDINI LMVGDPSTAK SQLLRFVLNT ASLAIATTGR GSSGVGLTAA VTTDRETGER RLEAGAMVLA DRGVVCIDEF DKMTD VDRV AIHEVMEQQT VTIAKAGIHT TLNARCSVIA AANPVFGQYD VNRDPHQNIA LPDSLLSRFD LLFVVTDDIN EIRDRS ISE HVLRTHRYLP PGYLEGEPVR ERLNLSLAVG EDADINPEEH SNSGAGVENE GEDDEDHVFE KFNPLLQAGA KLAKNKG NY NGTEIPKLVT IPFLRKYVQY AKERVIPQLT QEAINVIVKN YTDLRNDDNT KKSPITARTL ETLIRLATAH AKVRLSKT V NKVDAKVAAN LLRFALLGED IGNDIDEEES EYEEALSKRS PQKSPKKRQR VRQPASNSGS PIKSTPRRST ASSVNATPS SARRILRFQD DEQNAGEDDN DIMSPLPADE EAELQRRLQL GLRVSPRRRE HLHAPEEGSS GPLTEVGTPR LPNVSSAGQD DEQQQSVIS FDNVEPGTIS TGRLSLISGI IARLMQTEIF EEESYPVASL FERINEELPE EEKFSAQEYL AGLKIMSDRN N LMVADDKV WRV

+
分子 #3: DNA replication licensing factor MCM4

分子名称: DNA replication licensing factor MCM4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 105.138375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA ...文字列:
MSQQSSSPTK EDNNSSSPVV PNPDSVPPQL SSPALFYSSS SSQGDIYGRN NSQNLSQGEG NIRAAIGSSP LNFPSSSQRQ NSDVFQSQG RQGRIRSSAS ASGRSRYHSD LRSDRALPTS SSSLGRNGQN RVHMRRNDIH TSDLSSPRRI VDFDTRSGVN T LDTSSSSA PPSEASEPLR IIWGTNVSIQ ECTTNFRNFL MSFKYKFRKI LDEREEFINN TTDEELYYIK QLNEMRELGT SN LNLDARN LLAYKQTEDL YHQLLNYPQE VISIMDQTIK DCMVSLIVDN NLDYDLDEIE TKFYKVRPYN VGSCKGMREL NPN DIDKLI NLKGLVLRST PVIPDMKVAF FKCNVCDHTM AVEIDRGVIQ EPARCERIDC NEPNSMSLIH NRCSFADKQV IKLQ ETPDF VPDGQTPHSI SLCVYDELVD SCRAGDRIEV TGTFRSIPIR ANSRQRVLKS LYKTYVDVVH VKKVSDKRLD VDTST IEQE LMQNKVDHNE VEEVRQITDQ DLAKIREVAA REDLYSLLAR SIAPSIYELE DVKKGILLQL FGGTNKTFTK GGRYRG DIN ILLCGDPSTS KSQILQYVHK ITPRGVYTSG KGSSAVGLTA YITRDVDTKQ LVLESGALVL SDGGVCCIDE FDKMSDS TR SVLHEVMEQQ TISIAKAGII TTLNARSSIL ASANPIGSRY NPNLPVTENI DLPPPLLSRF DLVYLVLDKV DEKNDREL A KHLTNLYLED KPEHISQDDV LPVEFLTMYI SYAKEHIHPI ITEAAKTELV RAYVGMRKMG DDSRSDEKRI TATTRQLES MIRLAEAHAK MKLKNVVELE DVQEAVRLIR SAIKDYATDP KTGKIDMNLV QTGKSVIQRK LQEDLSREIM NVLKDQASDS MSFNELIKQ INEHSQDRVE SSDIQEALSR LQQEDKVIVL GEGVRRSVRL NNRV

+
分子 #4: Minichromosome maintenance protein 5

分子名称: Minichromosome maintenance protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 86.505734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS ...文字列:
MSFDRPEIYS APVLQGESPN DDDNTEIIKS FKNFILEFRL DSQFIYRDQL RNNILVKNYS LTVNMEHLIG YNEDIYKKLS DEPSDIIPL FETAITQVAK RISILSRAQS ANNNDKDPEN TSMDTDSLLL NSLPTFQLIL NSNANQIPLR DLDSEHVSKI V RLSGIIIS TSVLSSRATY LSIMCRNCRH TTSITINNFN SITGNTVSLP RSCLSTIESE SSMANESNIG DESTKKNCGP DP YIIIHES SKFIDQQFLK LQEIPELVPV GEMPRNLTMT CDRYLTNKVI PGTRVTIVGI YSIYNSKNGA GSGRSGGGNG GSG VAIRTP YIKILGIQSD VETSSIWNSV TMFTEEEEEE FLQLSRNPKL YEILTNSIAP SIFGNEDIKK AIVCLLMGGS KKIL PDGMR LRGDINVLLL GDPGTAKSQL LKFVEKVSPI AVYTSGKGSS AAGLTASVQR DPMTREFYLE GGAMVLADGG VVCID EFDK MRDEDRVAIH EAMEQQTISI AKAGITTVLN SRTSVLAAAN PIYGRYDDLK SPGDNIDFQT TILSRFDMIF IVKDDH NEE RDISIANHVI NIHTGNANAM QNQQEENGSE ISIEKMKRYI TYCRLKCAPR LSPQAAEKLS SNFVTIRKQL LINELES TE RSSIPITIRQ LEAIIRITES LAKLELSPIA QERHVDEAIR LFQASTMDAA SQDPIGGLNQ ASGTSLSEIR RFEQELKR R LPIGWSTSYQ TLRREFVDTH RFSQLALDKA LYALEKHETI QLRHQGQNIY RSGV

+
分子 #5: DNA replication licensing factor MCM6

分子名称: DNA replication licensing factor MCM6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 113.110211 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM ...文字列:
MSSPFPADTP SSNRPSNSSP PPSSIGAGFG SSSGLDSQIG SRLHFPSSSQ PHVSNSQTGP FVNDSTQFSS QRLQTDGSAT NDMEGNEPA RSFKSRALNH VKKVDDVTGE KVREAFEQFL EDFSVQSTDT GEVEKVYRAQ IEFMKIYDLN TIYIDYQHLS M RENGALAM AISEQYYRFL PFLQKGLRRV VRKYAPELLN TSDSLKRSEG DEGQADEDEQ QDDDMNGSSL PRDSGSSAAP GN GTSAMAT RSITTSTSPE QTERVFQISF FNLPTVHRIR DIRSEKIGSL LSISGTVTRT SEVRPELYKA SFTCDMCRAI VDN VEQSFK YTEPTFCPNP SCENRAFWTL NVTRSRFLDW QKVRIQENAN EIPTGSMPRT LDVILRGDSV ERAKPGDRCK FTGV EIVVP DVTQLGLPGV KPSSTLDTRG ISKTTEGLNS GVTGLRSLGV RDLTYKISFL ACHVISIGSN IGASSPDANS NNRET ELQM AANLQANNVY QDNERDQEVF LNSLSSDEIN ELKEMVKDEH IYDKLVRSIA PAVFGHEAVK KGILLQMLGG VHKSTV EGI KLRGDINICV VGDPSTSKSQ FLKYVVGFAP RSVYTSGKAS SAAGLTAAVV RDEEGGDYTI EAGALMLADN GICCIDE FD KMDISDQVAI HEAMEQQTIS IAKAGIHATL NARTSILAAA NPVGGRYNRK LSLRGNLNMT APIMSRFDLF FVILDDCN E KIDTELASHI VDLHMKRDEA IEPPFSAEQL RRYIKYARTF KPILTKEARS YLVEKYKELR KDDAQGFSRS SYRITVRQL ESMIRLSEAI ARANCVDEIT PSFIAEAYDL LRQSIIRVDV DDVEMDEEFD NIESQSHAAS GNNDDNDDGT GSGVITSEPP ADIEEGQSE ATARPGTSEK KKTTVTYDKY VSMMNMIVRK IAEVDREGAE ELTAVDIVDW YLLQKENDLG SLAEYWEERR L AFKVIKRL VKDRILMEIH GTRHNLRDLE NEENENNKTV YVIHPNCEVL DQLEPQDSS

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 95.049875 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD ...文字列:
MSAALPSIQL PVDYNNLFNE ITDFLVTFKQ DTLSSDATRN ENEDENLDAE NIEQHLLEKG PKYMAMLQKV ANRELNSVII DLDDILQYQ NEKFLQGTQA DDLVSAIQQN ANHFTELFCR AIDNNMPLPT KEIDYKDDVL DVILNQRRLR NERMLSDRTN E IRSENLMD TTMDPPSSMN DALREVVEDE TELFPPNLTR RYFLYFKPLS QNCARRYRKK AISSKPLSVR QIKGDFLGQL IT VRGIITR VSDVKPAVEV IAYTCDQCGY EVFQEVNSRT FTPLSECTSE ECSQNQTKGQ LFMSTRASKF SAFQECKIQE LSQ QVPVGH IPRSLNIHVN GTLVRSLSPG DIVDVTGIFL PAPYTGFKAL KAGLLTETYL EAQFVRQHKK KFASFSLTSD VEER VMELI TSGDVYNRLA KSIAPEIYGN LDVKKALLLL LVGGVDKRVG DGMKIRGDIN VCLMGDPGVA KSQLLKAICK ISPRG VYTT GKGSSGVGLT AAVMKDPVTD EMILEGGALV LADNGICCID EFDKMDESDR TAIHEVMEQQ TISISKAGIN TTLNAR TSI LAAANPLYGR YNPRLSPLDN INLPAALLSR FDILFLMLDI PSRDDDEKLA EHVTYVHMHN KQPDLDFTPV EPSKMRE YI AYAKTKRPVM SEAVNDYVVQ AYIRLRQDSK REMDSKFSFG QATPRTLLGI IRLSQALAKL RLADMVDIDD VEEALRLV R VSKESLYQET NKSKEDESPT TKIFTIIKKM LQETGKNTLS YENIVKTVRL RGFTMLQLSN CIQEYSYLNV WHLINEGNT LKFVDDGTMD TDQEDSLVST PKLAPQTTAS ANVSAQDSDI DLQDA

+
分子 #7: Cell division cycle protein CDT1

分子名称: Cell division cycle protein CDT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 68.486055 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGTANSRRK EVLRVPVIDL NRVSDEEQLL PVVRAILLQH DTFLLKNYAN KAVLDALLAG LTTKDLPDTS QGFDANFTGT LPLEDDVWL EQYIFDTDPQ LRFDRKCRNE SLCSIYSRLF KLGLFFAQLC VKSVVSSAEL QDCISTSHYA TKLTRYFNDN G STHDGADA ...文字列:
MSGTANSRRK EVLRVPVIDL NRVSDEEQLL PVVRAILLQH DTFLLKNYAN KAVLDALLAG LTTKDLPDTS QGFDANFTGT LPLEDDVWL EQYIFDTDPQ LRFDRKCRNE SLCSIYSRLF KLGLFFAQLC VKSVVSSAEL QDCISTSHYA TKLTRYFNDN G STHDGADA GATVLPTGDD FQYLFERDYV TFLPTGVLTI FPCAKAIRYK PSTMATTDNS WVSIDEPDCL LFHTGTLLAR WS QGMHTTS PLQIDPRANI VSLTIWPPLT TPISSKGEGT IANHLLEQQI KAFPKVAQQY YPRELSILRL QDAMKFVKEL FTV CETVLS LNALSRSTGV PPELHVLLPQ ISSMMKRKIV QDDILKLLTI WSDAYVVELN SRGELTMNLP KRDNLTTLTN KSRT LAFVE RAESWYQQVI ASKDEIMTDV PAFKINKRRS SSNSKTVLSS KVQTKSSNAN ALNNSRYLAN SKENFMYKEK MPDSQ ANLM DRLRERERRS AALLSQRQKR YQQFLAMKMT QVFDILFSLT RGQPYTETYL SSLIVDSLQD SNNPIGTKEA SEILAG LQG ILPMDISVHQ VDGGLKVYRW NSLDKNRFSK LLQIHKSKQQ D

+
分子 #8: Cell division control protein 6

分子名称: Cell division control protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.112367 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSAIPITPTK RIRRNLFDDA PATPPRPLKR KKLQFTDVTP ESSPEKLQFG SQSIFLRTKA LLQKSSELVN LNSSDGALPA RTAEYEQVM NFLAKAISEH RSDSLYITGP PGTGKTAQLD MIIRQKFQSL PLSLSTPRSK DVLRHTNPNL QNLSWFELPD G RLESVAVT ...文字列:
MSAIPITPTK RIRRNLFDDA PATPPRPLKR KKLQFTDVTP ESSPEKLQFG SQSIFLRTKA LLQKSSELVN LNSSDGALPA RTAEYEQVM NFLAKAISEH RSDSLYITGP PGTGKTAQLD MIIRQKFQSL PLSLSTPRSK DVLRHTNPNL QNLSWFELPD G RLESVAVT SINCISLGEP SSIFQKIFDS FQDLNGPTLQ IKNMQHLQKF LEPYHKKTTF VVVLDEMDRL LHANTSETQS VR TILELFL LAKLPTVSFV LIGMANSLDM KDRFLSRLNL DRGLLPQTIV FQPYTAEQMY EIVIQKMSSL PTIIFQPMAI KFA AKKCAG NTGDLRKLFD VLRGSIEIYE LEKRFLLSPT RGSLNSAQVP LTPTTSPVKK SYPEPQGKIG LNYIAKVFSK FVNN NSTRT RIAKLNIQQK LILCTIIQSL KLNSDATIDE SFDHYIKAIT KTDTLAPLQR NEFLEICTIL ETCGLVSIKK TKCKG KTKR FVDKIDVDLD MREFYDEMTK ISILKPFLH

+
分子 #9: Origin recognition complex subunit 1

分子名称: Origin recognition complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 104.546164 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE ...文字列:
MAKTLKDLQG WEIITTDEQG NIIDGGQKRL RRRGAKTEHY LKRSSDGIKL GRGDSVVMHN EAAGTYSVYM IQELRLNTLN NVVELWALT YLRWFEVNPL AHYRQFNPDA NILNRPLNYY NKLFSETANK NELYLTAELA ELQLFNFIRV ANVMDGSKWE V LKGNVDPE RDFTVRYICE PTGEKFVDIN IEDVKAYIKK VEPREAQEYL KDLTLPSKKK EIKRGPQKKD KATQTAQISD AE TRATDIT DNEDGNEDES SDYESPSDID VSEDMDSGEI SADELEEEED EEEDEDEEEK EARHTNSPRK RGRKIKLGKD DID ASVQPP PKKRGRKPKD PSKPRQMLLI SSCRANNTPV IRKFTKKNVA RAKKKYTPFS KRFKSIAAIP DLTSLPEFYG NSSE LMASR FENKLKTTQK HQIVETIFSK VKKQLNSSYV KEEILKSANF QDYLPARENE FASIYLSAYS AIESDSATTI YVAGT PGVG KTLTVREVVK ELLSSSAQRE IPDFLYVEIN GLKMVKPTDC YETLWNKVSG ERLTWAASME SLEFYFKRVP KNKKKT IVV LLDELDAMVT KSQDIMYNFF NWTTYENAKL IVIAVANTMD LPERQLGNKI TSRIGFTRIM FTGYTHEELK NIIDLRL KG LNDSFFYVDT KTGNAILIDA AGNDTTVKQT LPEDVRKVRL RMSADAIEIA SRKVASVSGD ARRALKVCKR AAEIAEKH Y MAKHGYGYDG KTVIEDENEE QIYDDEDKDL IESNKAKDDN DDDDDNDGVQ TVHITHVMKA LNETLNSHVI TFMTRLSFT AKLFIYALLN LMKKNGSQEQ ELGDIVDEIK LLIEVNGSNK FVMEIAKTLF QQGSDNISEQ LRIISWDFVL NQLLDAGILF KQTMKNDRI CCVKLNISVE EAKRAMNEDE TLRNL

+
分子 #10: Origin recognition complex subunit 2

分子名称: Origin recognition complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 71.34218 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE ...文字列:
MLNGEDFVEH NDILSSPAKS RNVTPKRVDP HGERQLRRIH SSKKNLLERI SLVGNERKNT SPDPALKPKT PSKAPRKRGR PRKIQEELT DRIKKDEKDT ISSKKKRKLD KDTSGNVNEE SKTSNNKQVM EKTGIKEKRE REKIQVATTT YEDNVTPQTD D NFVSNSPE PPEPATPSKK SLTTNHDFTS PLKQIIMNNL KEYKDSTSPG KLTLSRNFTP TPVPKNKKLY QTSETKSASS FL DTFEGYF DQRKIVRTNA KSRHTMSMAP DVTREEFSLV SNFFNENFQK RPRQKLFEIQ KKMFPQYWFE LTQGFSLLFY GVG SKRNFL EEFAIDYLSP KIAYSQLAYE NELQQNKPVN SIPCLILNGY NPSCNYRDVF KEITDLLVPA ELTRSETKYW GNHV ILQIQ KMIDFYKNQP LDIKLILVVH NLDGPSIRKN TFQTMLSFLS VIRQIAIVAS TDHIYAPLLW DNMKAQNYNF VFHDI SNFE PSTVESTFQD VMKMGKSDTS SGAEGAKYVL QSLTVNSKKM YKLLIETQMQ NMGNLSANTG PKRGTQRTGV ELKLFN HLC AADFIASNEI ALRSMLREFI EHKMANITKN NSGMEIIWVP YTYAELEKLL KTVLNTL

+
分子 #11: Origin recognition complex subunit 3

分子名称: Origin recognition complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 72.161766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN ...文字列:
MSDLNQSKKM NVSEFADAQR SHYTVYPSLP QSNKNDKHIP FVKLLSGKES EVNVEKRWEL YHQLHSHFHD QVDHIIDNIE ADLKAEISD LLYSETTQKR RCFNTIFLLG SDSTTKIELK DESSRYNVLI ELTPKESPNV RMMLRRSMYK LYSAADAEEH P TIKYEDIN DEDGDFTEQN NDVSYDLSLV ENFKRLFGKD LAMVFNFKDV DSINFNTLDN FIILLKSAFK YDHVKISLIF NI NTNLSNI EKNLRQSTIR LLKRNYHKLD VSSNKGFKYG NQIFQSFLDT VDGKLNLSDR FVEFILSKMA NNTNHNLQLL TKM LDYSLM SYFFQNAFSV FIDPVNVDFL NDDYLKILSR CPTFMFFVEG LIKQHAPADE ILSLLTNKNR GLEEFFVEFL VREN PINGH AKFVARFLEE ELNITNFNLI ELYHNLLIGK LDSYLDRWSA CKEYKDRLHF EPIDTIFQEL FTLDNRSGLL TQSIF PSYK SNIEDNLLSW EQVLPSLDKE NYDTLSGDLD KIMAPVLGQL FKLYREANMT INIYDFYIAF RETLPKEEIL NFIRKD PSN TKLLELAETP DAFDKVALIL FMQAIFAFEN MGLIKFQSTK SYDLVEKCVW RGI

+
分子 #12: Origin recognition complex subunit 4

分子名称: Origin recognition complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 60.772152 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS ...文字列:
MTISEARLSP QVNLLPIKRH SNEEVEETAA ILKKRTIDNE KCKDSDPGFG SLQRRLLQQL YGTLPTDEKI IFTYLQDCQQ EIDRIIKQS IIQKESHSVI LVGPRQSYKT YLLDYELSLL QQSYKEQFIT IRLNGFIHSE QTAINGIATQ LEQQLQKIHG S EEKIDDTS LETISSGSLT EVFEKILLLL DSTTKTRNED SGEVDRESIT KITVVFIFDE IDTFAGPVRQ TLLYNLFDMV EH SRVPVCI FGCTTKLNIL EYLEKRVKSR FSQRVIYMPQ IQNLDDMVDA VRNLLTVRSE ISPWVSQWNE TLEKELSDPR SNL NRHIRM NFETFRSLPT LKNSIIPLVA TSKNFGSLCT AIKSCSFLDI YNKNQLSNNL TGRLQSLSDL ELAILISAAR VALR AKDGS FNFNLAYAEY EKMIKAINSR IPTVAPTTNV GTGQSTFSID NTIKLWLKKD VKNVWENLVQ LDFFTEKSAV GLRDN ATAA FYASNYQFQG TMIPFDLRSY QMQIILQELR RIIPKSNMYY SWTQL

+
分子 #13: Origin recognition complex subunit 5

分子名称: Origin recognition complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 55.347168 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY ...文字列:
MNVTTPEVAF REYQTNCLAS YISADPDITP SNLILQGYSG TGKTYTLKKY FNANPNLHAV WLEPVELVSW KPLLQAIART VQYKLKTLY PNIPTTDYDP LQVEEPFLLV KTLHNIFVQY ESLQEKTCLF LILDGFDSLQ DLDAALFNKY IKLNELLPKD S KINIKFIY TMLETSFLQR YSTHCIPTVM FPRYNVDEVS TILVMSRCGE LMEDSCLRKR IIEEQITDCT DDQFQNVAAN FI HLIVQAF HSYTGNDIFA LNDLIDFKWP KYVSRITKEN IFEPLALYKS AIKLFLSTDD NLSENGQGES AITTNRDDLE NSQ TYDLSI ISKYLLIASY ICSYLEPRYD ASIFSRKTRI IQGRAAYGRR KKKEVNPRYL QPSLFAIERL LAIFQAIFPI QGKA ESGSL SALREESLMK ANIEVFQNLS ELHTLKLIAT TMNKNIDYLS PKVRWKVNVP WEIIKEISES VHFNISDYFS DIHE

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分子 #14: Origin recognition complex subunit 6

分子名称: Origin recognition complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 50.369531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ ...文字列:
MSMQQVQHCV AEVLRLDPQE KPDWSSGYLK KLTNATSILY NTSLNKVMLK QDEEVARCHI CAYIASQKMN EKHMPDLCYY IDSIPLEPK KAKHLMNLFR QSLSNSSPMK QFAWTPSPKK NKRSPVKNGG RFTSSDPKEL RNQLFGTPTK VRKSQNNDSF V IPELPPMQ TNESPSITRR KLAFEEDEDE DEEEPGNDGL SLKSHSNKSI TGTRNVDSDE YENHESDPTS EEEPLGVQES RS GRTKQNK AVGKPQSELK TAKALRKRGR IPNSLLVKKY CKMTTEEIIR LCNDFELPRE VAYKIVDEYN INASRLVCPW QLV CGLVLN CTFIVFNERR RKDPRIDHFI VSKMCSLMLT SKVDDVIECV KLVKELIIGE KWFRDLQIRY DDFDGIRYDE IIFR KLGSM LQTTNILVTD DQYNIWKKRI EMDLALTEPL

+
分子 #15: DNA (39-MER)

分子名称: DNA (39-MER) / タイプ: dna / ID: 15 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.967674 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #16: DNA (39-MER)

分子名称: DNA (39-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.035815 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)

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分子 #17: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 8 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 304288
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5v8f:
Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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