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万見
- EMDB-8481: Structure of tetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8481
タイトルStructure of tetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome
マップデータcryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome
試料
  • 複合体: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera
    • DNA: DNA (11-MER)
    • DNA: DNA (23-MER)
    • DNA: DNA (37-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードintegrase / integration / transposase / transesterification / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / RNA endonuclease activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...RNA-directed DNA polymerase activity / RNA endonuclease activity / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / endonuclease activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal ...DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / Chromo-like domain superfamily / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein / Integrase / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lyumkis D / Passos D
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103368 米国
Leona M. and Harry B. Helmsley Charitble Trust Grant#2012-PG-MED002 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)Intramural Program of the National Institute of Diabetes and Digestive Diseases 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures and atomic model of the HIV-1 strand transfer complex intasome.
著者: Dario Oliveira Passos / Min Li / Renbin Yang / Stephanie V Rebensburg / Rodolfo Ghirlando / Youngmin Jeon / Nikoloz Shkriabai / Mamuka Kvaratskhelia / Robert Craigie / Dmitry Lyumkis /
要旨: Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase ...Like all retroviruses, HIV-1 irreversibly inserts a viral DNA (vDNA) copy of its RNA genome into host target DNA (tDNA). The intasome, a higher-order nucleoprotein complex composed of viral integrase (IN) and the ends of linear vDNA, mediates integration. Productive integration into host chromatin results in the formation of the strand transfer complex (STC) containing catalytically joined vDNA and tDNA. HIV-1 intasomes have been refractory to high-resolution structural studies. We used a soluble IN fusion protein to facilitate structural studies, through which we present a high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the core tetrameric HIV-1 STC and a higher-order form that adopts carboxyl-terminal domain rearrangements. The distinct STC structures highlight how HIV-1 can use the common retroviral intasome core architecture to accommodate different IN domain modules for assembly.
履歴
登録2016年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月11日-
マップ公開2017年1月11日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5u1c
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8481.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å		1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å		1.31 Å/pix.
x 192 pix.
= 251.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.188862 - 0.36068627
平均 (標準偏差)0.00052015175 (±0.011994169)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 251.51999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.520251.520251.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1890.3610.001

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添付データ

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ハーフマップ: cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer...

ファイルemd_8481_half_map_1.map
注釈cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome, map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer...

ファイルemd_8481_half_map_2.map
注釈cryoEM reconstruction of a tetrameric HIV-1 strand transfer complex intasome, map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Int...

全体名称: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer
要素
  • 複合体: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera
    • DNA: DNA (11-MER)
    • DNA: DNA (23-MER)
    • DNA: DNA (37-MER)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Int...

超分子名称: complex formed by a tetrameric assembly of Sso7d-fusion HIV-1 Integrase with the product of DNA strand transfer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 228 KDa

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分子 #1: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera

分子名称: HIV-1 Integrase, Sso7d chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 42.320273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MATVKFKYKG EEKEVDISKI KKVWRVGKMI SFTYDEGGGK TGRGAVSEKD APKELLQMLE KQKKGGGGG GGGGGGFLDG IDKAQEEHEK YHSNWRAMAS DFNLPPVVAK EIVASCDKCQ LKGEAMHGQV DCSPGIWQLD C THLEGKVI LVAVHVASGY IEAEVIPAET GQETAYFLLK LAGRWPVKTV HTDNGSNFTS TTVKAACWWA GIKQEFGIPY NP QSQGVIQ SMNKELKKII GQVRDQAEHL KTAVQMAVFI HNFKRKGGIG GYSAGERIVD IIATDIQTKE LQKQITKIQN FRV YYRDSR DPVWKGPAKL LWKGEGAVVI QDNSDIKVVP RRKAKIIRDY GKQMAGDDCV ASRQDED

UniProtKB: DNA-binding protein, Integrase

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分子 #2: DNA (11-MER)

分子名称: DNA (11-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.349197 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DT)

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分子 #3: DNA (23-MER)

分子名称: DNA (23-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 7.015546 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)

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分子 #4: DNA (37-MER)

分子名称: DNA (37-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.414358 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC) (DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
500.0 mg/mLNaClsodium chloride
20.0 mMC4H11NO3Tris
0.5 mMC9H15O6PTCEP
6.0 %C3H8O3glycerol
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 6 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 50 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 ...詳細: Sample containing HIV STC intasomes in SEC buffer was applied onto freshly plasma-treated (6 seconds, Gatan Solarus plasma cleaner) holey gold UltrAuFoil grids (Quantifoil), adsorbed for 30 seconds, then plunged into liquid ethane using a manual cryo-plunger in an ambient environment of 4 degrees C..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1225 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 95.0 e/Å2
詳細: Individual frames were gain-corrected, aligned, and summed with the application of an exposure filter using MotionCor2, according to the nominal dose rate.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 274764
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: common lines model using OptiMod
詳細: An initial model was generated directly from the class averages using OptiMod.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Resolution-limited refinement used throughout / 使用した粒子像数: 83766
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: Relion 3D classification, auto mode
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11) / 詳細: Frealign 3D classification and refinement
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 3.11)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細To generate ensemble models, the complete intasome model was iteratively relaxed - using two-fold symmetry and a combination of Rosetta and Phenix - against one half map (the working map) and inspected for consistency with the second half map (the free map). The model was then adjusted manually using Coot. Final ensemble modeling used half maps for all aspects of refinement and evaluation: 500 models were generated as described using Rosetta. From the 100 top-scoring models (scored by Rosetta energy), the ten models with the best map-to-model FSC were selected and refined in real space using secondary-structure restraints in Phenix. Molprobity was used throughout the refinement process.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 180 / 当てはまり具合の基準: FSC 0.5
得られたモデル

PDB-5u1c:
Structure of tetrameric HIV-1 Strand Transfer Complex Intasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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