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- EMDB-8428: Cryo-EM structure of horse spleen apoferritin deposited by micros... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8428
タイトルCryo-EM structure of horse spleen apoferritin deposited by microsprayer
マップデータApoferritin
試料
  • 複合体: apoferritin from equine spleen
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / iron ion transport / ferrous iron binding / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Fu Z / Feng X / Kaledhonkar S / Jia Y / Shah B / Jin A / Liu Z / Sun M / Chen B / Grassucci RA ...Fu Z / Feng X / Kaledhonkar S / Jia Y / Shah B / Jin A / Liu Z / Sun M / Chen B / Grassucci RA / Ren Y / Jiang H / Frank J / Lin Q
資金援助 米国, 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM55440 米国
China Scholarship CouncilNo. 201406120114 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: A Fast and Effective Microfluidic Spraying-Plunging Method for High-Resolution Single-Particle Cryo-EM.
著者: Xiangsong Feng / Ziao Fu / Sandip Kaledhonkar / Yuan Jia / Binita Shah / Amy Jin / Zheng Liu / Ming Sun / Bo Chen / Robert A Grassucci / Yukun Ren / Hongyuan Jiang / Joachim Frank / Qiao Lin /
要旨: We describe a spraying-plunging method for preparing cryoelectron microscopy (cryo-EM) grids with vitreous ice of controllable, highly consistent thickness using a microfluidic device. The new ...We describe a spraying-plunging method for preparing cryoelectron microscopy (cryo-EM) grids with vitreous ice of controllable, highly consistent thickness using a microfluidic device. The new polydimethylsiloxane (PDMS)-based sprayer was tested with apoferritin. We demonstrate that the structure can be solved to high resolution with this method of sample preparation. Besides replacing the conventional pipetting-blotting-plunging method, one of many potential applications of the new sprayer is in time-resolved cryo-EM, as part of a PDMS-based microfluidic reaction channel to study short-lived intermediates on the timescale of 10-1,000 ms.
履歴
登録2016年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月16日-
マップ公開2017年3月29日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.075
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.075
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8428.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8428.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apoferritin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.98 Å/pix.
x 180 pix.
= 176.58 Å		0.98 Å/pix.
x 180 pix.
= 176.58 Å		0.98 Å/pix.
x 180 pix.
= 176.58 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.981 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.075 / ムービー #1: 0.075
最小 - 最大-0.14031605 - 0.22132434
平均 (標準偏差)-0.00015829755 (±0.019004228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 176.58 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9810.9810.981
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z176.580176.580176.580
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1400.221-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : apoferritin from equine spleen

全体名称: apoferritin from equine spleen
要素
  • 複合体: apoferritin from equine spleen

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超分子 #1: apoferritin from equine spleen

超分子名称: apoferritin from equine spleen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: SIGMA A3641. 7 mg/ml in PBS buffer, 0.2 ?m filtered
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v1w

最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4300
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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