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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8428 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of horse spleen apoferritin deposited by microsprayer | |||||||||
![]() | Apoferritin | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Fu Z / Feng X / Kaledhonkar S / Jia Y / Shah B / Jin A / Liu Z / Sun M / Chen B / Grassucci RA ...Fu Z / Feng X / Kaledhonkar S / Jia Y / Shah B / Jin A / Liu Z / Sun M / Chen B / Grassucci RA / Ren Y / Jiang H / Frank J / Lin Q | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Fast and Effective Microfluidic Spraying-Plunging Method for High-Resolution Single-Particle Cryo-EM. 著者: Xiangsong Feng / Ziao Fu / Sandip Kaledhonkar / Yuan Jia / Binita Shah / Amy Jin / Zheng Liu / Ming Sun / Bo Chen / Robert A Grassucci / Yukun Ren / Hongyuan Jiang / Joachim Frank / Qiao Lin / ![]() ![]() 要旨: We describe a spraying-plunging method for preparing cryoelectron microscopy (cryo-EM) grids with vitreous ice of controllable, highly consistent thickness using a microfluidic device. The new ...We describe a spraying-plunging method for preparing cryoelectron microscopy (cryo-EM) grids with vitreous ice of controllable, highly consistent thickness using a microfluidic device. The new polydimethylsiloxane (PDMS)-based sprayer was tested with apoferritin. We demonstrate that the structure can be solved to high resolution with this method of sample preparation. Besides replacing the conventional pipetting-blotting-plunging method, one of many potential applications of the new sprayer is in time-resolved cryo-EM, as part of a PDMS-based microfluidic reaction channel to study short-lived intermediates on the timescale of 10-1,000 ms. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 20.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 1.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 78.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Apoferritin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.981 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : apoferritin from equine spleen
全体 | 名称: apoferritin from equine spleen |
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要素 |
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-超分子 #1: apoferritin from equine spleen
超分子 | 名称: apoferritin from equine spleen / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: SIGMA A3641. 7 mg/ml in PBS buffer, 0.2 ?m filtered |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4300 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |