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万見
- EMDB-8371: Three-dimensional reconstruction of bat adenovirus C isolate 250-A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8371
タイトルThree-dimensional reconstruction of bat adenovirus C isolate 250-A
マップデータThe bat adenovirus isolate 250-A reconstruction by cryo-EM
試料
  • ウイルス: Bat adenovirus (ウイルス)
生物種Bat adenovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.9 Å
データ登録者Hackenbrack NM / Hafenstein SL
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Atomic structure of human adenovirus by cryo-EM reveals interactions among protein networks.
著者: Hongrong Liu / Lei Jin / Sok Boon S Koh / Ivo Atanasov / Stan Schein / Lily Wu / Z Hong Zhou /
要旨: Construction of a complex virus may involve a hierarchy of assembly elements. Here, we report the structure of the whole human adenovirus virion at 3.6 angstroms resolution by cryo-electron ...Construction of a complex virus may involve a hierarchy of assembly elements. Here, we report the structure of the whole human adenovirus virion at 3.6 angstroms resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), revealing in situ atomic models of three minor capsid proteins (IIIa, VIII, and IX), extensions of the (penton base and hexon) major capsid proteins, and interactions within three protein-protein networks. One network is mediated by protein IIIa at the vertices, within group-of-six (GOS) tiles--a penton base and its five surrounding hexons. Another is mediated by ropes (protein IX) that lash hexons together to form group-of-nine (GON) tiles and bind GONs to GONs. The third, mediated by IIIa and VIII, binds each GOS to five surrounding GONs. Optimization of adenovirus for cancer and gene therapy could target these networks.
履歴
登録2016年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年10月5日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8371.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 349.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The bat adenovirus isolate 250-A reconstruction by cryo-EM
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.33 Å/pix.
x 451 pix.
= 1050.83 Å		2.33 Å/pix.
x 451 pix.
= 1050.83 Å		2.33 Å/pix.
x 451 pix.
= 1050.83 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1. / ムービー #1: 1
最小 - 最大-5.7268176 - 6.1820703
平均 (標準偏差)0.000000001399634 (±1.)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-225-225-225
サイズ451451451
Spacing451451451
セルA=B=C: 1050.83 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.332.332.33
M x/y/z451451451
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1050.8301050.8301050.830
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-225-225
NC/NR/NS451451451
D min/max/mean-5.7276.1820.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bat adenovirus

全体名称: Bat adenovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Bat adenovirus (ウイルス)

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超分子 #1: Bat adenovirus

超分子名称: Bat adenovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Bat adenovirus C isolate 250-A was isolated from Corynorhinus rafinesquii at the Mammoth Cave National Park in Kentucky, USA
NCBI-ID: 740971 / 生物種: Bat adenovirus / Sci species strain: C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Plecotus rafinesquii (コウモリ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMTris-HCltris hydrochloride
100.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 2e-06 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Tissue from Corynorhinus rafinesquii was homogenized, clarified, and then used to infect Vero E6 cells. The supernatant was harvested and spun on a cesium chloride step gradient. Full particles were harvested, dialyzed, and concentrated.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 383 / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1592
CTF補正ソフトウェア - 名称: Auto3DEM
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1109
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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