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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8371 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional reconstruction of bat adenovirus C isolate 250-A | |||||||||
マップデータ | The bat adenovirus isolate 250-A reconstruction by cryo-EM | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bat adenovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hackenbrack NM / Hafenstein SL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: Atomic structure of human adenovirus by cryo-EM reveals interactions among protein networks. 著者: Hongrong Liu / Lei Jin / Sok Boon S Koh / Ivo Atanasov / Stan Schein / Lily Wu / Z Hong Zhou / 要旨: Construction of a complex virus may involve a hierarchy of assembly elements. Here, we report the structure of the whole human adenovirus virion at 3.6 angstroms resolution by cryo-electron ...Construction of a complex virus may involve a hierarchy of assembly elements. Here, we report the structure of the whole human adenovirus virion at 3.6 angstroms resolution by cryo-electron microscopy (cryo-EM), revealing in situ atomic models of three minor capsid proteins (IIIa, VIII, and IX), extensions of the (penton base and hexon) major capsid proteins, and interactions within three protein-protein networks. One network is mediated by protein IIIa at the vertices, within group-of-six (GOS) tiles--a penton base and its five surrounding hexons. Another is mediated by ropes (protein IX) that lash hexons together to form group-of-nine (GON) tiles and bind GONs to GONs. The third, mediated by IIIa and VIII, binds each GOS to five surrounding GONs. Optimization of adenovirus for cancer and gene therapy could target these networks. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8371.map.gz | 146.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8371-v30.xml emd-8371.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8371.png | 268 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8371 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8371_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8371_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8371_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8371 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8371 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 349.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The bat adenovirus isolate 250-A reconstruction by cryo-EM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bat adenovirus
全体 | 名称: Bat adenovirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bat adenovirus
超分子 | 名称: Bat adenovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Bat adenovirus C isolate 250-A was isolated from Corynorhinus rafinesquii at the Mammoth Cave National Park in Kentucky, USA NCBI-ID: 740971 / 生物種: Bat adenovirus / Sci species strain: C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Plecotus rafinesquii (コウモリ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 2e-06 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 | ||||||||||||
詳細 | Tissue from Corynorhinus rafinesquii was homogenized, clarified, and then used to infect Vero E6 cells. The supernatant was harvested and spun on a cesium chloride step gradient. Full particles were harvested, dialyzed, and concentrated. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 実像数: 383 / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER |