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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8306 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a beak and feather disease virus-like particle encapsidating ssDNA | |||||||||
マップデータ | Beak and feather disease virus-like particle containing ssDNA | |||||||||
試料 |
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生物種 | Beak and feather disease virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Hardy JM / Sarker S / Radjainia M / Raidal SR / Forwood JK / Coulibaly F | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Structural insights into the assembly and regulation of distinct viral capsid complexes. 著者: Subir Sarker / María C Terrón / Yogesh Khandokar / David Aragão / Joshua M Hardy / Mazdak Radjainia / Manuel Jiménez-Zaragoza / Pedro J de Pablo / Fasséli Coulibaly / Daniel Luque / ...著者: Subir Sarker / María C Terrón / Yogesh Khandokar / David Aragão / Joshua M Hardy / Mazdak Radjainia / Manuel Jiménez-Zaragoza / Pedro J de Pablo / Fasséli Coulibaly / Daniel Luque / Shane R Raidal / Jade K Forwood / 要旨: The assembly and regulation of viral capsid proteins into highly ordered macromolecular complexes is essential for viral replication. Here, we utilize crystal structures of the capsid protein from ...The assembly and regulation of viral capsid proteins into highly ordered macromolecular complexes is essential for viral replication. Here, we utilize crystal structures of the capsid protein from the smallest and simplest known viruses capable of autonomously replicating in animal cells, circoviruses, to establish structural and mechanistic insights into capsid morphogenesis and regulation. The beak and feather disease virus, like many circoviruses, encode only two genes: a capsid protein and a replication initiation protein. The capsid protein forms distinct macromolecular assemblies during replication and here we elucidate these structures at high resolution, showing that these complexes reverse the exposure of the N-terminal arginine rich domain responsible for DNA binding and nuclear localization. We show that assembly of these complexes is regulated by single-stranded DNA (ssDNA), and provide a structural basis of capsid assembly around single-stranded DNA, highlighting novel binding interfaces distinct from the highly positively charged N-terminal ARM domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8306.map.gz | 23.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8306-v30.xml emd-8306.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_8306_fsc.xml | 10.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_8306.png | 202.2 KB | ||
その他 | emd_8306_additional.map.gz | 23.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8306 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8306 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_8306_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_8306_full_validation.pdf.gz | 77.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_8306_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8306 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-8306 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Beak and feather disease virus-like particle containing ssDNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: The difference map produced by subtracting the crystal...
ファイル | emd_8306_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | The difference map produced by subtracting the crystal structure of the protein component from the cryoEM map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Beak and feather disease virus
全体 | 名称: Beak and feather disease virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Beak and feather disease virus
超分子 | 名称: Beak and feather disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinant protein complex bound to ssDNA in an icosahedral arrangement NCBI-ID: 77856 / 生物種: Beak and feather disease virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Cacatua leadbeateri (鳥類) |
Host system | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pMCSG21 |
分子量 | 理論値: 2.595 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 170.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-超分子 #2: 42mer ssDNA
超分子 | 名称: 42mer ssDNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 詳細: The difference map produced by subtracting the crystal structure of the protein component (PDB: 5J37) from the cryoEM map |
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由来(天然) | 生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 784 KDa |
-超分子 #3: Cap protein
超分子 | 名称: Cap protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Icosahedral capsid |
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由来(天然) | 生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pMCSG21 |
分子量 | 理論値: 1.811 MDa |
-分子 #1: Cap Protein
分子 | 名称: Cap Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNARRRYAR PYRRRHIRRY RRRRRHFRRR RFSTNRIYTL RLTRQFQFKI NKQTTSVGNL IFNADYITFA LDDFLQAVPN PHTLNFEDYR IKLAKMEMRP TGGHYTVQSD GFGHTAVIQD SRITRFKTTA DQTQDPLAPF DGAKKWFVSR ...文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNARRRYAR PYRRRHIRRY RRRRRHFRRR RFSTNRIYTL RLTRQFQFKI NKQTTSVGNL IFNADYITFA LDDFLQAVPN PHTLNFEDYR IKLAKMEMRP TGGHYTVQSD GFGHTAVIQD SRITRFKTTA DQTQDPLAPF DGAKKWFVSR GFKRLLRPKP QITIEDLTTA NQSAALWLNS ARTGWIPLQG GPNSAGTKVR HYGIAFSFPQ PEQTITYVTK LTLYVQFRQF APNNPST |
-分子 #2: 42mer ssDNA
分子 | 名称: 42mer ssDNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス) |
配列 | 文字列: TTATCCACTT CCAATGTTAT TAAGTGCTGG GATTGTTAGG GG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.6 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot (-1 force), 2 second drain time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1153 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 127000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Fitting, considering the icosahedral symmetries, was done using UCSF Chimera. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |