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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8306
タイトルCryoEM structure of a beak and feather disease virus-like particle encapsidating ssDNA
マップデータBeak and feather disease virus-like particle containing ssDNA
試料
  • ウイルス: Beak and feather disease virus (ウイルス)
    • 細胞器官・細胞要素: 42mer ssDNA
      • DNA: 42mer ssDNA
    • 複合体: Cap protein
      • タンパク質・ペプチド: Cap Protein
生物種Beak and feather disease virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Hardy JM / Sarker S / Radjainia M / Raidal SR / Forwood JK / Coulibaly F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the assembly and regulation of distinct viral capsid complexes.
著者: Subir Sarker / María C Terrón / Yogesh Khandokar / David Aragão / Joshua M Hardy / Mazdak Radjainia / Manuel Jiménez-Zaragoza / Pedro J de Pablo / Fasséli Coulibaly / Daniel Luque / ...著者: Subir Sarker / María C Terrón / Yogesh Khandokar / David Aragão / Joshua M Hardy / Mazdak Radjainia / Manuel Jiménez-Zaragoza / Pedro J de Pablo / Fasséli Coulibaly / Daniel Luque / Shane R Raidal / Jade K Forwood /
要旨: The assembly and regulation of viral capsid proteins into highly ordered macromolecular complexes is essential for viral replication. Here, we utilize crystal structures of the capsid protein from ...The assembly and regulation of viral capsid proteins into highly ordered macromolecular complexes is essential for viral replication. Here, we utilize crystal structures of the capsid protein from the smallest and simplest known viruses capable of autonomously replicating in animal cells, circoviruses, to establish structural and mechanistic insights into capsid morphogenesis and regulation. The beak and feather disease virus, like many circoviruses, encode only two genes: a capsid protein and a replication initiation protein. The capsid protein forms distinct macromolecular assemblies during replication and here we elucidate these structures at high resolution, showing that these complexes reverse the exposure of the N-terminal arginine rich domain responsible for DNA binding and nuclear localization. We show that assembly of these complexes is regulated by single-stranded DNA (ssDNA), and provide a structural basis of capsid assembly around single-stranded DNA, highlighting novel binding interfaces distinct from the highly positively charged N-terminal ARM domain.
履歴
登録2016年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月5日-
マップ公開2016年10月12日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8306.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8306.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Beak and feather disease virus-like particle containing ssDNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 260 pix.
= 265.2 Å		1.02 Å/pix.
x 260 pix.
= 265.2 Å		1.02 Å/pix.
x 260 pix.
= 265.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.022331327 - 0.08072096
平均 (標準偏差)0.0032806823 (±0.01173152)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 265.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z260260260
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z265.200265.200265.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-152-37
NX/NY/NZ998271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS260260260
D min/max/mean-0.0220.0810.003

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添付データ

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追加マップ: The difference map produced by subtracting the crystal...

ファイルemd_8306_additional.map
注釈The difference map produced by subtracting the crystal structure of the protein component from the cryoEM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Beak and feather disease virus

全体名称: Beak and feather disease virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Beak and feather disease virus (ウイルス)
    • 細胞器官・細胞要素: 42mer ssDNA
      • DNA: 42mer ssDNA
    • 複合体: Cap protein
      • タンパク質・ペプチド: Cap Protein

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超分子 #1: Beak and feather disease virus

超分子名称: Beak and feather disease virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinant protein complex bound to ssDNA in an icosahedral arrangement
NCBI-ID: 77856 / 生物種: Beak and feather disease virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Cacatua leadbeateri (鳥類)
Host system生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pMCSG21
分子量理論値: 2.595 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 170.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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超分子 #2: 42mer ssDNA

超分子名称: 42mer ssDNA / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
詳細: The difference map produced by subtracting the crystal structure of the protein component (PDB: 5J37) from the cryoEM map
由来(天然)生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス)
分子量理論値: 784 KDa

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超分子 #3: Cap protein

超分子名称: Cap protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Icosahedral capsid
由来(天然)生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta 2 / 組換プラスミド: pMCSG21
分子量理論値: 1.811 MDa

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分子 #1: Cap Protein

分子名称: Cap Protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNARRRYAR PYRRRHIRRY RRRRRHFRRR RFSTNRIYTL RLTRQFQFKI NKQTTSVGNL IFNADYITFA LDDFLQAVPN PHTLNFEDYR IKLAKMEMRP TGGHYTVQSD GFGHTAVIQD SRITRFKTTA DQTQDPLAPF DGAKKWFVSR ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNARRRYAR PYRRRHIRRY RRRRRHFRRR RFSTNRIYTL RLTRQFQFKI NKQTTSVGNL IFNADYITFA LDDFLQAVPN PHTLNFEDYR IKLAKMEMRP TGGHYTVQSD GFGHTAVIQD SRITRFKTTA DQTQDPLAPF DGAKKWFVSR GFKRLLRPKP QITIEDLTTA NQSAALWLNS ARTGWIPLQG GPNSAGTKVR HYGIAFSFPQ PEQTITYVTK LTLYVQFRQF APNNPST

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分子 #2: 42mer ssDNA

分子名称: 42mer ssDNA / タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Beak and feather disease virus (ウイルス)
配列文字列:
TTATCCACTT CCAATGTTAT TAAGTGCTGG GATTGTTAGG GG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
125.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot (-1 force), 2 second drain time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1153 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.65 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 127000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 64278
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 3), RELION (ver. 1.4))
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5j37

最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 22663
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Fitting, considering the icosahedral symmetries, was done using UCSF Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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