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万見
- EMDB-8178: Active human apoptosome with procaspase-9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8178
タイトルActive human apoptosome with procaspase-9
マップデータActive human apoptosome with procaspase-9
試料
  • 複合体: Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9
    • タンパク質・ペプチド: Apoptotic protease-activating factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-9
    • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: HEME C
キーワードApaf-1 / apoptosis / programmed cell death / AAA+ ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / caspase-9 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / : ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Formation of apoptosome / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Pyroptosis / Regulation of the apoptosome activity / caspase-9 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / : / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / Detoxification of Reactive Oxygen Species / apoptosome / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / : / Respiratory electron transport / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / fibroblast apoptotic process / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / : / AKT phosphorylates targets in the cytosol / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / epithelial cell apoptotic process / platelet formation / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Transcriptional Regulation by E2F6 / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein maturation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / signal transduction in response to DNA damage / : / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / cardiac muscle cell apoptotic process / enzyme activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to dexamethasone stimulus / response to nutrient / kidney development / neural tube closure / response to ischemia / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ADP binding / NOD1/2 Signaling Pathway / : / mitochondrial intermembrane space / protein processing / SH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to UV / response to estradiol / peptidase activity / nervous system development / secretory granule lumen / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / ficolin-1-rich granule lumen / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / cell differentiation / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / nucleotide binding / DNA damage response / heme binding / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Caspase recruitment domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC ...CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Caspase recruitment domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Cytochrome c, class IA/ IB / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptotic protease-activating factor 1 / Caspase-9 / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Cheng TC / Hong C / Akey IV / Yuan S / Akey CW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM63834 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: A near atomic structure of the active human apoptosome.
著者: Tat Cheung Cheng / Chuan Hong / Ildikó V Akey / Shujun Yuan / Christopher W Akey /
要旨: In response to cell death signals, an active apoptosome is assembled from Apaf-1 and procaspase-9 (pc-9). Here we report a near atomic structure of the active human apoptosome determined by cryo- ...In response to cell death signals, an active apoptosome is assembled from Apaf-1 and procaspase-9 (pc-9). Here we report a near atomic structure of the active human apoptosome determined by cryo-electron microscopy. The resulting model gives insights into cytochrome c binding, nucleotide exchange and conformational changes that drive assembly. During activation an acentric disk is formed on the central hub of the apoptosome. This disk contains four Apaf-1/pc-9 CARD pairs arranged in a shallow spiral with the fourth pc-9 CARD at lower occupancy. On average, Apaf-1 CARDs recruit 3 to 5 pc-9 molecules to the apoptosome and one catalytic domain may be parked on the hub, when an odd number of zymogens are bound. This suggests a stoichiometry of one or at most, two pc-9 dimers per active apoptosome. Thus, our structure provides a molecular framework to understand the role of the apoptosome in programmed cell death and disease.
履歴
登録2016年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月19日-
マップ公開2016年10月19日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5juy
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8178.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8178.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Active human apoptosome with procaspase-9
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.37 Å/pix.
x 320 pix.
= 437.76 Å		1.37 Å/pix.
x 320 pix.
= 437.76 Å		1.37 Å/pix.
x 320 pix.
= 437.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.368 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.08437762 - 0.1979464
平均 (標準偏差)0.00053622416 (±0.0042053256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 437.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3681.3681.368
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.760437.760437.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0840.1980.001

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添付データ

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追加マップ: Active human apoptosome with procaspase-9

ファイルemd_8178_additional.map
注釈Active human apoptosome with procaspase-9
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9

全体名称: Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9
要素
  • 複合体: Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9
    • タンパク質・ペプチド: Apoptotic protease-activating factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c
    • タンパク質・ペプチド: Caspase-9
    • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9

超分子名称: Active complex of Apaf-1, cytochrome c and pro-caspase 9
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Complex stoichiometry: 4 full length Apaf-1 molecules with ordered N-terminal CARDs, 3 truncated Apaf-1 molecules without CARDs, 7 cytochrome c molecules and 4 N-terminal CARDs from procaspase-9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.3 MDa

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分子 #1: Apoptotic protease-activating factor 1

分子名称: Apoptotic protease-activating factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: without N-terminal CARDs / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 142.023672 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDAKARNCLL QHREALEKDI KTSYIMDHMI SDGFLTISEE EKVRNEPTQQ QRAAMLIKMI LKKDNDSYVS FYNALLHEGY KDLAALLHD GIPVVSSSSG KDSVSGITSY VRTVLCEGGV PQRPVVFVTR KKLVNAIQQK LSKLKGEPGW VTIHGMAGCG K SVLAAEAV ...文字列:
MDAKARNCLL QHREALEKDI KTSYIMDHMI SDGFLTISEE EKVRNEPTQQ QRAAMLIKMI LKKDNDSYVS FYNALLHEGY KDLAALLHD GIPVVSSSSG KDSVSGITSY VRTVLCEGGV PQRPVVFVTR KKLVNAIQQK LSKLKGEPGW VTIHGMAGCG K SVLAAEAV RDHSLLEGCF PGGVHWVSVG KQDKSGLLMK LQNLCTRLDQ DESFSQRLPL NIEEAKDRLR ILMLRKHPRS LL ILDDVWD SWVLKAFDSQ CQILLTTRDK SVTDSVMGPK YVVPVESSLG KEKGLEILSL FVNMKKADLP EQAHSIIKEC KGS PLVVSL IGALLRDFPN RWEYYLKQLQ NKQFKRIRKS SSYDYEALDE AMSISVEMLR EDIKDYYTDL SILQKDVKVP TKVL CILWD METEEVEDIL QEFVNKSLLF CDRNGKSFRY YLHDLQVDFL TEKNCSQLQD LHKKIITQFQ RYHQPHTLSP DQEDC MYWY NFLAYHMASA KMHKELCALM FSLDWIKAKT ELVGPAHLIH EFVEYRHILD EKDCAVSENF QEFLSLNGHL LGRQPF PNI VQLGLCEPET SEVYQQAKLQ AKQEVDNGML YLEWINKKNI TNLSRLVVRP HTDAVYHACF SEDGQRIASC GADKTLQ VF KAETGEKLLE IKAHEDEVLC CAFSTDDRFI ATCSVDKKVK IWNSMTGELV HTYDEHSEQV NCCHFTNSSH HLLLATGS S DCFLKLWDLN QKECRNTMFG HTNSVNHCRF SPDDKLLASC SADGTLKLWD ATSANERKSI NVKQFFLNLE DPQEDMEVI VKCCSWSADG ARIMVAAKNK IFLFDIHTSG LLGEIHTGHH STIQYCDFSP QNHLAVVALS QYCVELWNTD SRSKVADCRG HLSWVHGVM FSPDGSSFLT SSDDQTIRLW ETKKVCKNSA VMLKQEVDVV FQENEVMVLA VDHIRRLQLI NGRTGQIDYL T EAQVSCCC LSPHLQYIAF GDENGAIEIL ELVNNRIFQS RFQHKKTVWH IQFTADEKTL ISSSDDAEIQ VWNWQLDKCI FL RGHQETV KDFRLLKNSR LLSWSFDGTV KVWNIITGNK EKDFVCHQGT VLSCDISHDA TKFSSTSADK TAKIWSFDLL LPL HELRGH NGCVRCSAFS VDSTLLATGD DNGEIRIWNV SNGELLHLCA PLSEEGAATH GGWVTDLCFS PDGKMLISAG GYIK WWNVV TGESSQTFYT NGTNLKKIHV SPDFKTYVTV DNLGILYILQ TLE

UniProtKB: Apoptotic protease-activating factor 1

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分子 #2: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 11.595392 KDa
配列文字列:
GDVEKGKKIF VQKCAQCHTV EKGGKHKTGP NLHGLFGRKT GQAPGFSYTD ANKNKGITWG EETLMEYLEN PKKYIPGTKM IFAGIKKKG EREDLIAYLK KATNE

UniProtKB: Cytochrome c

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分子 #3: Caspase-9

分子名称: Caspase-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: N-terminal caspase recognition domain (CARD) of procaspase-9
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: caspase-9
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.140723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MDEADRRLLR RCRLRLVEEL QVDQLWDALL SRELFRPHMI EDIQRAGSGS RRDQARQLII DLETRGSQAL PLFISCLEDT GQDMLASFL RTNRQA

UniProtKB: Caspase-9

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分子 #4: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP

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分子 #5: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHepes
20.0 mMpotassium chlorideKCL
1.0 mMEDTA
1.0 mMEGTA
1.5 mMmagnesium chlorideMg2Cl2
1.0 mMdATP

詳細: Buffer A
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
詳細data collected with a Cs aberration corrector and a GIF energy filter with a slit width of 20 eV.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-23 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1991 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 134970
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1931


詳細: low pass filtered to 60 angstroms
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 92867
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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原子モデル構築 1

詳細Initial rigid body fitting with Chimera with a previously published starting model (PDB 3J2T), molecular dynamics flexible fitting with MDFF and real space density refinement with Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5juy:
Active human apoptosome with procaspase-9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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