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- EMDB-8177: Near atomic structure of the Dark apoptosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8177
タイトルNear atomic structure of the Dark apoptosome
マップデータNear atomic structure of the Dark apoptosome
試料
  • 複合体: Dark apoptosome
    • タンパク質・ペプチド: Apaf-1 related killer DARK
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
キーワードDark / apoptosome / apotosis / AAA+ ATPase / APOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / compound eye retinal cell programmed cell death / central nervous system formation ...negative regulation of humoral immune response / positive regulation of glial cell apoptotic process / Formation of apoptosome / salivary gland histolysis / melanization defense response / sarcosine catabolic process / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / compound eye retinal cell programmed cell death / central nervous system formation / positive regulation of apoptotic process involved in development / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / autophagic cell death / Neutrophil degranulation / S-adenosylmethionine cycle / CARD domain binding / programmed cell death / triglyceride homeostasis / dendrite morphogenesis / response to starvation / response to gamma radiation / ADP binding / neuron cellular homeostasis / apoptotic process / structural molecule activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / WD40 repeats / WD40 repeat ...: / : / Dark, CARD domain / Dark, winged-helix domain / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosome protein Dark
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Cheng TC / Akey IV
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM63834 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: A Near-Atomic Structure of the Dark Apoptosome Provides Insight into Assembly and Activation.
著者: Tat Cheung Cheng / Ildikó V Akey / Shujun Yuan / Zhiheng Yu / Steven J Ludtke / Christopher W Akey /
要旨: In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo- ...In Drosophila, the Apaf-1-related killer (Dark) forms an apoptosome that activates procaspases. To investigate function, we have determined a near-atomic structure of Dark double rings using cryo-electron microscopy. We then built a nearly complete model of the apoptosome that includes 7- and 8-blade β-propellers. We find that the preference for dATP during Dark assembly may be governed by Ser325, which is in close proximity to the 2' carbon of the deoxyribose ring. Interestingly, β-propellers in V-shaped domains of the Dark apoptosome are more widely separated, relative to these features in the Apaf-1 apoptosome. This wider spacing may be responsible for the lack of cytochrome c binding to β-propellers in the Dark apoptosome. Our structure also highlights the roles of two loss-of-function mutations that may block Dark assembly. Finally, the improved model provides a framework to understand apical procaspase activation in the intrinsic cell death pathway.
履歴
登録2016年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年2月22日-
マップ公開2017年2月22日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5jul
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8177.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8177.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Near atomic structure of the Dark apoptosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å		1.35 Å/pix.
x 320 pix.
= 432. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.15139636 - 0.2221533
平均 (標準偏差)0.0009608244 (±0.0073119937)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z432.000432.000432.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1510.2220.001

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添付データ

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追加マップ: Near atomic structure of the Dark apoptosome

ファイルemd_8177_additional.map
注釈Near atomic structure of the Dark apoptosome
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dark apoptosome

全体名称: Dark apoptosome
要素
  • 複合体: Dark apoptosome
    • タンパク質・ペプチド: Apaf-1 related killer DARK
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Dark apoptosome

超分子名称: Dark apoptosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 2.3 MDa

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分子 #1: Apaf-1 related killer DARK

分子名称: Apaf-1 related killer DARK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 166.131 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDFETGEHQY QYKDILSVFE DAFVDNFDCK DVQDMPKSIL SKEEIDHIIM SKDAVSGTLR LFWTLLSKQE EMVQKFVEEV LRINYKFLM SPIKTEQRQP SMMTRMYIEQ RDRLYNDNQV FAKYNVSRLQ PYLKLRQALL ELRPAKNVLI DGVLGSGKTW V ALDVCLSY ...文字列:
MDFETGEHQY QYKDILSVFE DAFVDNFDCK DVQDMPKSIL SKEEIDHIIM SKDAVSGTLR LFWTLLSKQE EMVQKFVEEV LRINYKFLM SPIKTEQRQP SMMTRMYIEQ RDRLYNDNQV FAKYNVSRLQ PYLKLRQALL ELRPAKNVLI DGVLGSGKTW V ALDVCLSY KVQCKMDFKI FWLNLKNCNS PETVLEMLQK LLYQIDPNWT SRSDHSSNIK LRIHSIQAEL RRLLKSKPYE NC LLVLLNV QNA(APK)AWNAFN LSCKILLTTR FKQVTDFLSA ATTTHISLDH HSMTLTPDEV KSLLLKYLDC RPQDLPREV LTTNPRRLSI IAESIRDGLA TWDNWKHVNC DKLTTIIESS LNVLEPAEYR KMFDRLSVFP PSAHIPTILL SLIWFDVIKS DVMVVVNKL HKYSLVEKQP KESTISIPSI YLELKVKLEN EYALHRSIVD HYNIPKTFDS DDLIPPYLDQ YFYSHIGHHL K NIEHPERM TLFRMVFLDF RFLEQKIRHD STAWNASGSI LNTLQQLKFY KPYICDNDPK YERLVNAILD FLPKIEENLI CS KYTDLLR IALMAEDEAI FEEAHKQVQR FDDRVWFTNH GRFHQHRQII NLGDNEGRHA VYLHNDFCLI ALASGQILLT DVS LEGEDT YLLRDESDSS DILRMAVFNQ QKHLITLHCN GSVKLWSLWP DCPGRRHSGG SKQQLVNSVV KRFIGSYANL KIVA FYLNE DAGLPEANIQ LHVAFINGDV SILNWDEQDQ EFKLSHVPVL KTMQSGIRCF VQVLKRYYVV CTSNCTLTVW DLTNG SSNT LELHVFNVEN DTPLALDVFD ERSKTATVLL IFKYSVWRLN FLPGLSVSLQ SEAVQLPEGS FITCGKRSTD GRYLLL GTS EGLIVYDLKI SDPVLRSNVS EHIECVDIYE LFDPVYKYIV LCGAKGKQVV HVHTLRSVSG SNSHQNREIA WVHSADE IS VMTKACLEPN VYLRSLMDMT RERTQLLAVD SKERIHLIKP AISRISEWST ITPTHAASNC KINAISAFND EQIFVGYV D GVIIDVIHDT ALPQQFIEEP IDYLKQVSPN ILVASAHSAQ KTVIFQLEKI DPLQPNDQWP LMMDVSTKYA SLQEGQYII LFSDHGVCHL DIANPSAFVK PKDSEEYIVG FDLKNSLLFL AYENNIIDVF RLIFSCNQLR YEQICEEEIA QKAKISYLVA TDDGTMLAM GFENGTLELF AVENRKVQLI YSIEEVHEHC IRQLLFSPCK LLLISCAEQL CFWNVTHMRN NQLEREQKRR R SRRHKQHS VTQEDAVDAA PIAADIDVDV TFVADEFHPV NRGTAELWRN KRGNAIRPEL LACVKFVGNE ARQFFTDAHF SH FYAIDDE GVYYHLQLLE LSRLQPPPDP VTLDIANQYE DLKNLRILDS PLMQDSDSEG ADVVGNLVLE KNGGVARATP ILE EASS

UniProtKB: Apoptosome protein Dark

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分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: DTP
分子量理論値: 491.182 Da
Chemical component information

ChemComp-DTP:
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHepes
20.0 mMpotassium chlorideKCl
1.0 mMEDTA
1.0 mMEGTA
1.5 mMmagnesium chlorideMg2Cl2

詳細: Buffer A
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: 2.5ul sample blot additives present at the indicated final concentrations: NP-40 (0.025%), DHPG (diheptanoylphosphatidylglycerol; 0.05%), cytochrome c (0.5 mg/ml), DeoxybigChaps (0.01%), and lysine (0.03 mg/ml).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: FEI Cs corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 7476 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-23 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1991 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 88485
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5235

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D8 (2回x8回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 17769
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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原子モデル構築 1

詳細local fitting with Chimera followed by flexible fitting with MDFF and refinement with Phenix.
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5jul:
Near atomic structure of the Dark apoptosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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