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- EMDB-8169: cryo-EM map of the full-length human NPC1 in complex with the cle... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8169
タイトルcryo-EM map of the full-length human NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein of Ebola virus
マップデータNone
試料
  • 複合体: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
    • タンパク質・ペプチド: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / sterol transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / bile acid metabolic process / programmed cell death / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cholesterol efflux / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / liver development / macroautophagy / autophagy / endocytosis / late endosome membrane / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / signaling receptor activity / virus receptor activity / gene expression / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / lysosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / perinuclear region of cytoplasm / host cell plasma membrane / virion membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 ...NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / : / Niemann-Pick C1 N terminus / NPC1, middle luminal domain / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.56 Å
データ登録者Yan N / Zhou Q / Gong X / Qiang HW / Zhou XH / Wu JP / Gao F / Wan T / Shi Y
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014 中国
National Natural Science Foundation of China31321062 中国
Ministry of Science and Technology of ChinaZX09507003006 中国
special project of Ebola virus research from the President Foundation of Chinese Academy of Sciences and Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
National Natural Science Foundation of China81590761 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Niemann-Pick C1 (NPC1)-Mediated Cholesterol Transfer and Ebola Infection.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Xinhui Zhou / Jianping Wu / Tao Wan / Pingping Cao / Weiyun Huang / Xin Zhao / Xudong Wang / Peiyi Wang / Yi Shi / George F Gao / Qiang Zhou / Nieng Yan /
要旨: Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. ...Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. NPC1 is also the intracellular receptor for Ebola virus (EBOV). Here, we present a 4.4 Å structure of full-length human NPC1 and a low-resolution reconstruction of NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein (GPcl) of EBOV, both determined by single-particle electron cryomicroscopy. NPC1 contains 13 transmembrane segments (TMs) and three distinct lumenal domains A (also designated NTD), C, and I. TMs 2-13 exhibit a typical resistance-nodulation-cell division fold, among which TMs 3-7 constitute the sterol-sensing domain conserved in several proteins involved in cholesterol metabolism and signaling. A trimeric EBOV-GPcl binds to one NPC1 monomer through the domain C. Our structural and biochemical characterizations provide an important framework for mechanistic understanding of NPC1-mediated intracellular cholesterol trafficking and Ebola virus infection.
履歴
登録2016年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月8日-
マップ公開2016年6月8日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5jnx
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5jnx
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8169.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8169.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 334.474 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.041813944 - 0.09011536
平均 (標準偏差)0.00011840048 (±0.0043782326)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 334.47424 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.30653906251.30653906251.3065390625
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.474334.474334.474
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0420.0900.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer

全体名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
要素
  • 複合体: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer
    • タンパク質・ペプチド: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer

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超分子 #1: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer

超分子名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: lysosome
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pCAG
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer

分子名称: NPC1 in complex with EBOV-GPcl trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS ...文字列:
MTARGLALGL LLLLLCPAQV FSQSCVWYGE CGIAYGDKRY NCEYSGPPKP LPKDGYDLVQ ELCPGFFFGN VSLCCDVRQL QTLKDNLQL PLQFLSRCPS CFYNLLNLFC ELTCSPRQSQ FLNVTATEDY VDPVTNQTKT NVKELQYYVG QSFANAMYNA C RDVEAPSS NDKALGLLCG KDADACNATN WIEYMFNKDN GQAPFTITPV FSDFPVHGME PMNNATKGCD ESVDEVTAPC SC QDCSIVC GPKPQPPPPP APWTILGLDA MYVIMWITYM AFLLVFFGAF FAVWCYRKRY FVSEYTPIDS NIAFSVNASD KGE ASCCDP VSAAFEGCLR RLFTRWGSFC VRNPGCVIFF SLVFITACSS GLVFVRVTTN PVDLWSAPSS QARLEKEYFD QHFG PFFRT EQLIIRAPLT DKHIYQPYPS GADVPFGPPL DIQILHQVLD LQIAIENITA SYDNETVTLQ DICLAPLSPY NTNCT ILSV LNYFQNSHSV LDHKKGDDFF VYADYHTHFL YCVRAPASLN DTSLLHDPCL GTFGGPVFPW LVLGGYDDQN YNNATA LVI TFPVNNYYND TEKLQRAQAW EKEFINFVKN YKNPNLTISF TAERSIEDEL NRESDSDVFT VVISYAIMFL YISLALG HM KSCRRLLVDS KVSLGIAGIL IVLSSVACSL GVFSYIGLPL TLIVIEVIPF LVLAVGVDNI FILVQAYQRD ERLQGETL D QQLGRVLGEV APSMFLSSFS ETVAFFLGAL SVMPAVHTFS LFAGLAVFID FLLQITCFVS LLGLDIKRQE KNRLDIFCC VRGAEDGTSV QASESCLFRF FKNSYSPLLL KDWMRPIVIA IFVGVLSFSI AVLNKVDIGL DQSLSMPDDS YMVDYFKSIS QYLHAGPPV YFVLEEGHDY TSSKGQNMVC GGMGCNNDSL VQQIFNAAQL DNYTRIGFAP SSWIDDYFDW VKPQSSCCRV D NITDQFCN ASVVDPACVR CRPLTPEGKQ RPQGGDFMRF LPMFLSDNPN PKCGKGGHAA YSSAVNILLG HGTRVGATYF MT YHTVLQT SADFIDALKK ARLIASNVTE TMGINGSAYR VFPYSVFYVF YEQYLTIIDD TIFNLGVSLG AIFLVTMVLL GCE LWSAVI MCATIAMVLV NMFGVMWLWG ISLNAVSLVN LVMSCGISVE FCSHITRAFT VSMKGSRVER AEEALAHMGS SVFS GITLT KFGGIVVLAF AKSQIFQIFY FRMYLAMVLL GATHGLIFLP VLLSYIGPSV NKAKSCATEE RYKGTERERL LNF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 5.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: no / 色収差補正装置: no / エネルギーフィルター - 名称: no
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 実像数: 1379 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.7 µm / 倍率（補正後）: 38270 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 703336
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.38)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 50223
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5jnx:
The 6.6 A cryo-EM structure of the full-length human NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein of Ebola virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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