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- EMDB-8078: BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with anti-HIV CH235.1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8078
タイトルBG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer in complex with anti-HIV CH235.12 wk323 Fab
マップデータNone
試料
  • 複合体: Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound to a trimer of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
    • 複合体: Anti-HIV CH235.12 wk323 antibody fragment antigen binding
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Ozorowski G / Ward AB
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Maturation Pathway from Germline to Broad HIV-1 Neutralizer of a CD4-Mimic Antibody.
著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / ...著者: Mattia Bonsignori / Tongqing Zhou / Zizhang Sheng / Lei Chen / Feng Gao / M Gordon Joyce / Gabriel Ozorowski / Gwo-Yu Chuang / Chaim A Schramm / Kevin Wiehe / S Munir Alam / Todd Bradley / Morgan A Gladden / Kwan-Ki Hwang / Sheelah Iyengar / Amit Kumar / Xiaozhi Lu / Kan Luo / Michael C Mangiapani / Robert J Parks / Hongshuo Song / Priyamvada Acharya / Robert T Bailer / Allen Cao / Aliaksandr Druz / Ivelin S Georgiev / Young D Kwon / Mark K Louder / Baoshan Zhang / Anqi Zheng / Brenna J Hill / Rui Kong / Cinque Soto / / James C Mullikin / Daniel C Douek / David C Montefiori / Michael A Moody / George M Shaw / Beatrice H Hahn / Garnett Kelsoe / Peter T Hraber / Bette T Korber / Scott D Boyd / Andrew Z Fire / Thomas B Kepler / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / John R Mascola / Hua-Xin Liao / Peter D Kwong / Barton F Haynes /
要旨: Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling ...Antibodies with ontogenies from VH1-2 or VH1-46-germline genes dominate the broadly neutralizing response against the CD4-binding site (CD4bs) on HIV-1. Here, we define with longitudinal sampling from time-of-infection the development of a VH1-46-derived antibody lineage that matured to neutralize 90% of HIV-1 isolates. Structures of lineage antibodies CH235 (week 41 from time-of-infection, 18% breadth), CH235.9 (week 152, 77%), and CH235.12 (week 323, 90%) demonstrated the maturing epitope to focus on the conformationally invariant portion of the CD4bs. Similarities between CH235 lineage and five unrelated CD4bs lineages in epitope focusing, length-of-time to develop breadth, and extraordinary level of somatic hypermutation suggested commonalities in maturation among all CD4bs antibodies. Fortunately, the required CH235-lineage hypermutation appeared substantially guided by the intrinsic mutability of the VH1-46 gene, which closely resembled VH1-2. We integrated our CH235-lineage findings with a second broadly neutralizing lineage and HIV-1 co-evolution to suggest a vaccination strategy for inducing both lineages.
履歴
登録2016年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月23日-
マップ公開2016年3月23日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å		2.05 Å/pix.
x 160 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.015095317 - 0.15566593
平均 (標準偏差)0.0027085745 (±0.016653256)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.052.052.05
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0150.1560.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound ...

全体名称: Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound to a trimer of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
要素
  • 複合体: Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound to a trimer of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
    • 複合体: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
    • 複合体: Anti-HIV CH235.12 wk323 antibody fragment antigen binding

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超分子 #1: Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound ...

超分子名称: Complex containing 3 copies of CH235.12 wk323 anti-HIV Fab bound to a trimer of HIV-1 Env BG505 SOSIP.664
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 420 KDa

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超分子 #2: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664

超分子名称: HIV-1 Env BG505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
詳細: Solubilized and stabilized HIV-1 Env trimer from strain BG505. Engineered disulfide between A501C and T605C. I559P mutation to stabilize in pre-fusion state. Truncation after D664 to increase ...詳細: Solubilized and stabilized HIV-1 Env trimer from strain BG505. Engineered disulfide between A501C and T605C. I559P mutation to stabilize in pre-fusion state. Truncation after D664 to increase solubility. Formed with three gp140 subunits.
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: B41
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4

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超分子 #3: Anti-HIV CH235.12 wk323 antibody fragment antigen binding

超分子名称: Anti-HIV CH235.12 wk323 antibody fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: Expi 293 / 組換プラスミド: pcDNA3.1
分子量理論値: 50 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chlorideNaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate
詳細: Negatively stained EM samples were prepared on carbon-coated Cu400 grids by applying sample for 10 seconds, blotting, applying 2% w/v uranyl formate for 60 seconds, and blotting again.
グリッドモデル: EMS / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細Collected a tilt series of -50, -40, -30, -20, -10, and 0 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFind3
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: Coordinates of ligand-free BG505 SOSIP.664 were converted to an EM volume and low-pass filtered to 60 Angstrom.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 15565
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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