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万見
- EMDB-8064: In vitro assembled star-shaped hubless T4 baseplate -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8064
タイトルIn vitro assembled star-shaped hubless T4 baseplate
マップデータNone
試料
  • 複合体: In vitro assembled hubless T4 baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp7
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp8
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp6
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp53
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp10
キーワードT4 / baseplate / complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly / viral release from host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Baseplate wedge protein gp10 ...Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp53 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yap ML / Klose T
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI081726 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Role of bacteriophage T4 baseplate in regulating assembly and infection.
著者: Moh Lan Yap / Thomas Klose / Fumio Arisaka / Jeffrey A Speir / David Veesler / Andrei Fokine / Michael G Rossmann /
要旨: Bacteriophage T4 consists of a head for protecting its genome and a sheathed tail for inserting its genome into a host. The tail terminates with a multiprotein baseplate that changes its conformation ...Bacteriophage T4 consists of a head for protecting its genome and a sheathed tail for inserting its genome into a host. The tail terminates with a multiprotein baseplate that changes its conformation from a "high-energy" dome-shaped to a "low-energy" star-shaped structure during infection. Although these two structures represent different minima in the total energy landscape of the baseplate assembly, as the dome-shaped structure readily changes to the star-shaped structure when the virus infects a host bacterium, the dome-shaped structure must have more energy than the star-shaped structure. Here we describe the electron microscopy structure of a 3.3-MDa in vitro-assembled star-shaped baseplate with a resolution of 3.8 Å. This structure, together with other genetic and structural data, shows why the high-energy baseplate is formed in the presence of the central hub and how the baseplate changes to the low-energy structure, via two steps during infection. Thus, the presence of the central hub is required to initiate the assembly of metastable, high-energy structures. If the high-energy structure is formed and stabilized faster than the low-energy structure, there will be insufficient components to assemble the low-energy structure.
履歴
登録2016年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月2日-
マップ公開2016年3月2日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5hx2
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5hx2
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8064.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8064.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 640 pix.
= 832. Å		1.3 Å/pix.
x 640 pix.
= 832. Å		1.3 Å/pix.
x 640 pix.
= 832. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.38871998 - 0.60327184
平均 (標準偏差)0.00004162967 (±0.0113522485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 832.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z640640640
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z832.000832.000832.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS640640640
D min/max/mean-0.3890.6030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In vitro assembled hubless T4 baseplate

全体名称: In vitro assembled hubless T4 baseplate
要素
  • 複合体: In vitro assembled hubless T4 baseplate
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp7
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp8
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp6
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp53
    • タンパク質・ペプチド: Baseplate wedge protein gp10

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超分子 #1: In vitro assembled hubless T4 baseplate

超分子名称: In vitro assembled hubless T4 baseplate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 3.3 MDa

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分子 #1: Baseplate wedge protein gp7

分子名称: Baseplate wedge protein gp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 119.336516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTVKAPSVTS LRISKLSANQ VQVRWDDVGA NFYYFVEIAE TKTNSGENLP SNQYRWINLG YTANNSFFFD DADPLTTYII RVATAAQDF EQSDWIYTEE FETFATNAYT FQNMIEMQLA NKFIQEKFTL NNSDYVNFNN DTIMAALMNE SFQFSPSYVD V SSISNFII ...文字列:
MTVKAPSVTS LRISKLSANQ VQVRWDDVGA NFYYFVEIAE TKTNSGENLP SNQYRWINLG YTANNSFFFD DADPLTTYII RVATAAQDF EQSDWIYTEE FETFATNAYT FQNMIEMQLA NKFIQEKFTL NNSDYVNFNN DTIMAALMNE SFQFSPSYVD V SSISNFII GENEYHEIQG SIQQVCKDIN RVYLMESEGI LYLFERYQPV VKVSNDKGQT WKAVKLFNDR VGYPLSKTVY YQ SANTTYV LGYDKIFYGR KSTDVRWSAD DVRFSSQDIT FAKLGDQLHL GFDVEIFATY ATLPANVYRI AEAITCTDDY IYV VARDKV RYIKTSNALI DFDPLSPTYS ERLFEPDTMT ITGNPKAVCY KMDSICDKVF ALIIGEVETL NANPRTSKII DSAD KGIYV LNHDEKTWKR VFGNTEEERR RIQPGYANMS TDGKLVSLSS SNFKFLSDNV VNDPETAAKY QLIGAVKYEF PREWL ADKH YHMMAFIADE TSDWETFTPQ PMKYYAEPFF NWSKKSNTRC WINNSDRAVV VYADLKYTKV IENIPETSPD RLVHEY WDD GDCTIVMPNV KFTGFKKYAS GMLFYKASGE IISYYDFNYR VRDTVEIIWK PTEVFLKAFL QNQEHETPWS PEEERGL AD PDLRPLIGTM MPDSYLLQDS NFEAFCEAYI QYLSDGYGTQ YNNLRNLIRN QYPREEHAWE YLWSEIYKRN IYLNADKR D AVARFFESRS YDFYSTKGIE ASYKFLFKVL YNEEVEIEIE SGAGTEYDII VQSDSLTEDL VGQTIYTATG RCNVTYIER SYSNGKLQWT VTIHNLLGRL IAGQEVKAER LPSFEGEIIR GVKGKDLLQN NIDYINRSRS YYVMKIKSNL PSSRWKSDVI RFVHPVGFG FIAITLLTMF INVGLTLKHT ETIINKYKNY KWDSGLPTEY ADRIAKLTPT GEIEHDSVTG EAIYEPGPMA G VKYPLPDD YNAENNNSIF QGQLPSERRK LMSPLFDASG TTFAQFRDLV NKRLKDNIGN PRDPENPTQV KIDE

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp7

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分子 #2: Baseplate wedge protein gp8

分子名称: Baseplate wedge protein gp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 38.041668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNDSSVIYRA IVTSKFRTEK MLNFYNSIGS GPDKNTIFIT FGRSEPWSSN ENEVGFAPPY PTDSVLGVTD MWTHMMGTVK VLPSMLDAV IPRRDWGDTR YPDPYTFRIN DIVVCNSAPY NATESGAGWL VYRCLDVPDT GMCSIASLTD KDECLKLGGK W TPSARSMT ...文字列:
MNDSSVIYRA IVTSKFRTEK MLNFYNSIGS GPDKNTIFIT FGRSEPWSSN ENEVGFAPPY PTDSVLGVTD MWTHMMGTVK VLPSMLDAV IPRRDWGDTR YPDPYTFRIN DIVVCNSAPY NATESGAGWL VYRCLDVPDT GMCSIASLTD KDECLKLGGK W TPSARSMT PPEGRGDAEG TIEPGDGYVW EYLFEIPPDV SINRCTNEYI VVPWPEELKE DPTRWGYEDN LTWQQDDFGL IY RVKANTI RFKAYLDSVY FPEAALPGNK GFRQISIITN PLEAKAHPND PNVKAEKDYY DPEDLMRHSG EMIYMENRPP IIM AMDQTE EINILFTF

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp8

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分子 #3: Baseplate wedge protein gp6

分子名称: Baseplate wedge protein gp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 74.492641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MANTPVNYQL TRTANAIPEI FVGGTFAEIK QNLIEWLNGQ NEFLDYDFEG SRLNVLCDLL AYNTLYIQQF GNAAVYESFM RTANLRSSV VQAAQDNGYL PTSKSAAQTE IMLTCTDALN RNYITIPRGT RFLAYAKDTS VNPYNFVSRE DVIAIRDKNN Q YFPRLKLA ...文字列:
MANTPVNYQL TRTANAIPEI FVGGTFAEIK QNLIEWLNGQ NEFLDYDFEG SRLNVLCDLL AYNTLYIQQF GNAAVYESFM RTANLRSSV VQAAQDNGYL PTSKSAAQTE IMLTCTDALN RNYITIPRGT RFLAYAKDTS VNPYNFVSRE DVIAIRDKNN Q YFPRLKLA QGRIVRTEII YDKLTPIIIY DKNIDRNQVK LYVDGAEWIN WTRKSMVHAG STSTIYYMRE TIDGNTEFYF GE GEISVNA SEGALTANYI GGLKPTQNST IVIEYISTNG ADANGAVGFS YADTLTNITV ININENPNDD PDFVGADGGG DPE DIERIR ELGTIKRETQ QRCVTATDYD TFVSERFGSI IQAVQTFTDS TKPGYAFIAA KPKSGLYLTT VQREDIKNYL KDYN LAPIT PSIISPNYLF IKTNLKVTYA LNKLQESEQW LEGQIIDKID RYYTEDVEIF NSSFAKSKML TYVDDADHSV IGSSA TIQM VREVQNFYKT PEAGIKYNNQ IKDRSMESNT FSFNSGRKVV NPDTGLEEDV LYDVRIVSTD RDSKGIGKVI IGPFAS GDV TENENIQPYT GNDFNKLANS DGRDKYYVIG EINYPADVIY WNIAKINLTS EKFEVQTIEL YSDPTDDVIF TRDGSLI VF ENDLRPQYLT IDLEPISQ

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp6

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分子 #4: Baseplate wedge protein gp53

分子名称: Baseplate wedge protein gp53 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 22.990885 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLFTFFDPIE YAAKTVNKNA PTIPMTDIFR NYKDYFKRAL AGYRLRTYYI KGSPRPEELA NAIYGNPQLY WVLLMCNDNY DPYYGWITS QEAAYQASIQ KYKNVGGDQI VYHVNENGEK FYNLISYDDN PYVWYDKGDK ARKYPQYEGA LAAVDTYEAA V LENEKLRQ ...文字列:
MLFTFFDPIE YAAKTVNKNA PTIPMTDIFR NYKDYFKRAL AGYRLRTYYI KGSPRPEELA NAIYGNPQLY WVLLMCNDNY DPYYGWITS QEAAYQASIQ KYKNVGGDQI VYHVNENGEK FYNLISYDDN PYVWYDKGDK ARKYPQYEGA LAAVDTYEAA V LENEKLRQ IKIIAKSDIN SFMNDLIRIM EKSYGNDK

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp53

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分子 #5: Baseplate wedge protein gp10

分子名称: Baseplate wedge protein gp10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 66.28168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKQNINIGNV VDDGTGDYLR KGGIKINENF DELYYELGDG DVPYSAGAWK TYNASSGQTL TAEWGKSYAI NTSSGRVTIN LPKGTVNDY NKVIRARDVF ATWNVNPVTL VAASGDTIKG SAVPVEINVR FSDLELVYCA PGRWEYVKNK QIDKITSSDI S NVARKEFL ...文字列:
MKQNINIGNV VDDGTGDYLR KGGIKINENF DELYYELGDG DVPYSAGAWK TYNASSGQTL TAEWGKSYAI NTSSGRVTIN LPKGTVNDY NKVIRARDVF ATWNVNPVTL VAASGDTIKG SAVPVEINVR FSDLELVYCA PGRWEYVKNK QIDKITSSDI S NVARKEFL VEVQGQTDFL DVFRGTSYNV NNIRVKHRGN ELYYGDVFSE NSDFGSPGEN EGELVPLDGF NIRLRQPCNI GD TVQIETF MDGVSQWRSS YTRRQIRLLD SKLTSKTSLE GSIYVTDLST MKSIPFSAFG LIPGEPINPN SLEVRFNGIL QEL AGTVGM PLFHCVGADS DDEVECSVLG GTWEQSHTDY SVETDENGIP EILHFDSVFE HGDIINITWF NNDLGTLLTK DEII DETDN LYVSQGPGVD ISGDVNLTDF DKIGWPNVEA VQSYQRAFNA VSNIFDTIYP IGTIYENAVN PNNPVTYMGF GSWKL FGQG KVLVGWNEDI SDPNFALNNN DLDSGGNPSH TAGGTGGSTS VTLENANLPA TETDEEVLIV DENGSVIVGG CQYDPD ESG PIYTKYREAK ASTNSTHTPP TSITNIQPYI TVYRWIRIA

UniProtKB: Baseplate wedge protein gp10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: CF-1.2/1.3-4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: 400-mesh copper CF-1.2/1.3-4C
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Plunged into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3)..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-38 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1725 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.74 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.4 µm / 倍率（補正後）: 38168 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 69920
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 45607
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3h2t

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1n80

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2fkk

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5hx2:
In vitro assembled star-shaped hubless T4 baseplate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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