+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n80 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Bacteriophage T4 baseplate structural protein gp8 | ||||||
![]() | baseplate structural protein gp8 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / bacteriophage T4 / baseplate / dimer / beta sandwich / halide binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Chipman, P.R. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and location of gene product 8 in the bacteriophage T4 baseplate 著者: Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Chipman, P.R. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 225.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 463.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 516.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | the asymmetric unit contains two biologically active identical dimers |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38041.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: gene 8 / プラスミド: pET-22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: HEPES, PEG 6000, LiCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月28日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 51148 / Num. obs: 49960 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 2133 / % possible all: 82.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.4 % / 冗長度: 2.9 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1N7Z 解像度: 2.45→39.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1056545.54 / Data cutoff high rms absF: 1056545.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.1366 Å2 / ksol: 0.342653 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.11 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|