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- EMDB-7874: Helical assembly of the fungal dynamin-related Vps1 in the presen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7874
タイトルHelical assembly of the fungal dynamin-related Vps1 in the presence of GMPPCP
マップデータCryoEM map of helical Vps1 in the presence of GMPPCP
試料
  • 細胞器官・細胞要素: helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP
    • タンパク質・ペプチド: Vps1
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Alvarez FJD / Varlakhanova NV / Zhang P / Ford MGJ
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Structures of the fungal dynamin-related protein Vps1 reveal a unique, open helical architecture.
著者: Natalia V Varlakhanova / Frances J D Alvarez / Tyler M Brady / Bryan A Tornabene / Christopher J Hosford / Joshua S Chappie / Peijun Zhang / Marijn G J Ford /
要旨: Dynamin-related proteins (DRPs) are large multidomain GTPases required for diverse membrane-remodeling events. DRPs self-assemble into helical structures, but how these structures are tailored to ...Dynamin-related proteins (DRPs) are large multidomain GTPases required for diverse membrane-remodeling events. DRPs self-assemble into helical structures, but how these structures are tailored to their cellular targets remains unclear. We demonstrate that the fungal DRP Vps1 primarily localizes to and functions at the endosomal compartment. We present crystal structures of a Vps1 GTPase-bundle signaling element (BSE) fusion in different nucleotide states to capture GTP hydrolysis intermediates and concomitant conformational changes. Using cryoEM, we determined the structure of full-length GMPPCP-bound Vps1. The Vps1 helix is more open and flexible than that of dynamin. This is due to further opening of the BSEs away from the GTPase domains. A novel interface between adjacent GTPase domains forms in Vps1 instead of the contacts between the BSE and adjacent stalks and GTPase domains as seen in dynamin. Disruption of this interface abolishes Vps1 function in vivo. Hence, Vps1 exhibits a unique helical architecture, highlighting structural flexibilities of DRP self-assembly.
履歴
登録2018年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2018年10月17日-
現状2018年10月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0182
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0182
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7874.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7874.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of helical Vps1 in the presence of GMPPCP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.59 Å/pix.
x 400 pix.
= 636. Å		1.59 Å/pix.
x 400 pix.
= 636. Å		1.59 Å/pix.
x 400 pix.
= 636. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.59 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0182 / ムービー #1: 0.0182
最小 - 最大-0.01888274 - 0.053536385
平均 (標準偏差)0.00027647777 (±0.005965922)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 636.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.591.591.59
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z636.000636.000636.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0190.0540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP

全体名称: helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP
要素
  • 細胞器官・細胞要素: helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP
    • タンパク質・ペプチド: Vps1

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超分子 #1: helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP

超分子名称: helical assembly of Vps1 in the presence of GMPPCP / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: Thermophilum DSM 1495
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pCDNA3.1(+)

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分子 #1: Vps1

分子名称: Vps1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTADAPAGTL AQPGGISDPN LIKLVNKLQD VFTTVGVNNP IDLPQIVVVG SQSSGKSSVL ENIVGRDFLP RGQGIVTRRP LVLQLINRQS SGNANGFDER LADSTDKAAN LDEWGEFLHL PGQKFYDFNK IRDEINRETE AKVGRNAGIS PAPINLRIYS PHVLNLTLVD ...文字列:
MTADAPAGTL AQPGGISDPN LIKLVNKLQD VFTTVGVNNP IDLPQIVVVG SQSSGKSSVL ENIVGRDFLP RGQGIVTRRP LVLQLINRQS SGNANGFDER LADSTDKAAN LDEWGEFLHL PGQKFYDFNK IRDEINRETE AKVGRNAGIS PAPINLRIYS PHVLNLTLVD LPGLTRVPVG DQPRDIERQI RDMILKYIQK PNAIILAVTA ANVDLANSDG LKLAREVDPE GQRTIGVLTK VDLMDEGTDV VDILAGRIIP LRLGYVPVVN RGQRDIDNKK PITAALEAEK AFFENHKAYR NKSAYCGTPY LARKLNLILM MHIKQTLPDI KQRISSSLQK YQQELEALGP SLLGNSANIV LNIITEFTNE WRTVLDGNNT ELSSTELSGG ARISFVFHEL YANGIKAVDP FDYVKDVDIR TIMYNSSGSS PALFVGTTAF ELIVKQQIKR LEEPSLKCAS LVYDELVRIL TQLLSKQQFR RYPALKEKIH QVVISFFKKA MEPTNKLVRD LVAMEACYIN TAHPDFLNGH RAMAIVNERH QASKPVQVDP KTGKPLNQQR AASPTPEESS NTGFFGSFFA AKNKKKAAAM EPPPPTLKAT GTLSEREGIE VEVIKLLISS YFNIVKRTMI DMVPKAIMLN LVQFTKEEMQ KELLENLYRQ SELDDLLKES DYTVRRRKEC QQMVESLQRA AEIVSQVQNS SSNNNNNNNN NNLGIEGLEV LFQGPGMKIE EGKLVIWING DKGYNGLAEV GKKFEKDTGI KVTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL SLIYNKDLLP NPPKTWEEIP ALDKELKAKG KSALMFNLQE PYFTWPLIAA DGGYAFKYEN GKYDIKDVGV DNAGAKAGLT FLVDLIKNKH MNADTDYSIA EAAFNKGETA MTINGPWAWS NIDTSKVNYG VTVLPTFKGQ PSKPFVGVLS AGINAASPNK ELAKEFLENY LLTDEGLEAV NKDKPLGAVA LKSYEEELAK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTNAAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 5.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC6H13NO4SMES
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
2.0 mMEGTAEGTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 6426 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 98000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 10.48 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 24.07 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 26485
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
Segment selection選択した数: 29692
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6def

residue_range: 9-351

6def

residue_range: 668-697

3zvr

residue_range: 323-496

3zvr

residue_range: 653-709
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: 0.9359

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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