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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7845 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs | |||||||||
マップデータ | RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs, sharpened map with B factor -160 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / immunoglobulin V(D)J recombination / lymphocyte differentiation / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding ...somatic diversification of immune receptors via germline recombination within a single locus / hematopoietic or lymphoid organ development / protein-DNA complex assembly / DNA recombinase complex / endodeoxyribonuclease complex / immunoglobulin V(D)J recombination / lymphocyte differentiation / V(D)J recombination / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / T cell differentiation / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / methylated histone binding / B cell differentiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / phosphatidylinositol binding / cell chemotaxis / thymus development / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / outer membrane-bounded periplasmic space / histone binding / T cell differentiation in thymus / endonuclease activity / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / adaptive immune response / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / periplasmic space / DNA damage response / chromatin binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu H / Liao M / Ru H / Mi W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: DNA melting initiates the RAG catalytic pathway. 著者: Heng Ru / Wei Mi / Pengfei Zhang / Frederick W Alt / David G Schatz / Maofu Liao / Hao Wu / 要旨: The mechanism for initiating DNA cleavage by DDE-family enzymes, including the RAG endonuclease, which initiates V(D)J recombination, is not well understood. Here we report six cryo-EM structures of ...The mechanism for initiating DNA cleavage by DDE-family enzymes, including the RAG endonuclease, which initiates V(D)J recombination, is not well understood. Here we report six cryo-EM structures of zebrafish RAG in complex with one or two intact recombination signal sequences (RSSs), at up to 3.9-Å resolution. Unexpectedly, these structures reveal DNA melting at the heptamer of the RSSs, thus resulting in a corkscrew-like rotation of coding-flank DNA and the positioning of the scissile phosphate in the active site. Substrate binding is associated with dimer opening and a piston-like movement in RAG1, first outward to accommodate unmelted DNA and then inward to wedge melted DNA. These precleavage complexes show limited base-specific contacts of RAG at the conserved terminal CAC/GTG sequence of the heptamer, thus suggesting conservation based on a propensity to unwind. CA and TG overwhelmingly dominate terminal sequences in transposons and retrotransposons, thereby implicating a universal mechanism for DNA melting during the initiation of retroviral integration and DNA transposition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7845.map.gz | 21.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7845-v30.xml emd-7845.xml | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7845.png | 52.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7845 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7845_validation.pdf.gz | 446.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7845_full_validation.pdf.gz | 446.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7845_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7845_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7845 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7845 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6dblMC 7843C 7844C 7846C 7847C 7848C 7849C 7850C 7851C 7852C 7853C 6dbiC 6dbjC 6dboC 6dbqC 6dbrC 6dbtC 6dbuC 6dbvC 6dbwC 6dbxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs, sharpened map with B factor -160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.238 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs
全体 | 名称: RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs |
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要素 |
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-超分子 #1: RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs
超分子 | 名称: RAG in complex with 12-RSS and 23-RSS substrate DNAs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Recombination activating gene 1 - MBP chimera
分子 | 名称: Recombination activating gene 1 - MBP chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 131.160047 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH GTKTEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL M FNLQEPYF ...文字列: MGSSHHHHHH GTKTEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLA EITPDKAFQD KLYPFTWDAV RYNGKLIAYP IAVEALSLIY NKDLLPNPPK TWEEIPALDK ELKAKGKSAL M FNLQEPYF TWPLIAADGG YAFKYENGKY DIKDVGVDNA GAKAGLTFLV DLIKNKHMNA DTDYSIAEAA FNKGETAMTI NG PWAWSNI DTSKVNYGVT VLPTFKGQPS KPFVGVLSAG INAASPNKEL AKEFLENYLL TDEGLEAVNK DKPLGAVALK SYE EELAKD PRIAATMENA QKGEIMPNIP QMSAFWYAVR TAVINAASGR QTVDEALKDA QTGTDYDIPT TLEVLFQGPL GSRC QRDHL STKLIPTEVP ADLIRAVTCQ VCDHLLSDPV QSPCRHLFCR LCIIRYTHAL GPNCPTCNQH LNPSHLIKPA KFFLA TLSS LPLLCPSEEC SDWVRLDSFR EHCLNHYREK ESQEEQTPSE QNLDGYLPVN KGGRPRQHLL SLTRRAQKHR LRDLKN QVK TFAEKEEGGD VKSVCLTLFL LALRAGNEHK QADELEAMMQ GRGFGLHPAV CLAIRVNTFL SCSQYHKMYR TVKATSG RQ IFQPLHTLRN AEKELLPGFH QFEWQPALKN VSTSWDVGII DGLSGWTVSV DDVPADTISR RFRYDVALVS ALKDLEED I MEGLRERALD DSMCTSGFTV VVKESCDGMG DVSEKHGSGP AVPEKAVRFS FTIMSISIRL EGEDDGITIF QEQKPNSEL SCRPLCLMFV DESDHETLTA ILGPVVAERK AMMESRLIIS VGGLLRSFRF FFRGTGYDEK MVREMEGLEA SGSTYICTLC DSTRAEASQ NMVLHSITRS HDENLERYEI WRKNPFSESA DELRDRVKGV SAKPFMETQP TLDALHCDIG NATEFYKIFQ D EIGEVYQK PNPSREERRR WRSTLDKQLR KKMKLKPVMR MNGNYARRLM TREAVEAVCE LVPSEERREA LLKLMDLYLQ MK PVWRSTC PSRDCPDQLC QYSYNSQQFA DLLSSMFKYR YDGKITNYLH KTLAHVPEIV ERDGSIGAWA SEGNESGNKL FRR FRKMNA RQSKTFELED ILKHHWLYTS KYLQKFMEAH KNS |
-分子 #2: Recombination activating gene 2
分子 | 名称: Recombination activating gene 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 59.43593 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GGSMSLQPLT AVNCGSLVQP GFSLLDLEGD VYLFGQKGWP KRSCPTGIFG VRIKKGELKL RAISFSNNSS YLPPLRCPAI AHFEAQDGK PECYLIHGGR TPNNELSSSL YMLSVDSRGC NRKVTLRCEE KELVGDVPSA RYGHTLSVIN SRGKTACVLF G GRSYMPPT ...文字列: GGSMSLQPLT AVNCGSLVQP GFSLLDLEGD VYLFGQKGWP KRSCPTGIFG VRIKKGELKL RAISFSNNSS YLPPLRCPAI AHFEAQDGK PECYLIHGGR TPNNELSSSL YMLSVDSRGC NRKVTLRCEE KELVGDVPSA RYGHTLSVIN SRGKTACVLF G GRSYMPPT ERTTQNWNSV VDCPPQVYLI DLEFGCCTAH TLPELTDGQS FHVALARQDC VYFLGGHILS SDCRPSRLIR LH VELLLGS PVLTCTILHE GLTITSAIAS PIGYHEYIIF GGYQSETQKR MECTYVGLDD VGVHMESREP PQWTSEISHS RTW FGGSLG KGTALVAIPS EGNPTPPEAY HFYQVSFQKE QDGEATAQGG SQESTDFEDS APLEDSEELY FGREPHELEY SSDV EGDTY NEEDEEDESQ TGYWIKCCLS CQVDPNIWEP YYSTELTRPA MIFCSRGEGG HWVHAQCMEL PESLLLQLSQ DNSKY FCLD HGGLPKQEMT PPKQMLPVKR VPMKMTHRKA PVSLKMTPAK KTFLRRLFD |
-分子 #3: Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA
分子 | 名称: Molecule name: Forward strand of 12-RSS substrate DNA タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 15.364879 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DA)(DG) |
-分子 #4: Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA
分子 | 名称: Molecule name: Reverse strand of 12-RSS substrate DNA タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 15.43988 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA) (DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DC) |
-分子 #5: Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA
分子 | 名称: Molecule name: Forward strand of 23-RSS substrate DNA タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 18.731996 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG) ...文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA) (DG) |
-分子 #6: Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA
分子 | 名称: Molecule name: Reverse strand of 23-RSS substrate DNA タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 18.870094 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG) ...文字列: (DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT) (DC) |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #8: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.38 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh from concentrated to avoid microbial contamination. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE | |||||||||||||||
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23176 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |