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万見
- EMDB-7827: AprA Methyltransferase 1 - GNAT - Methyltransferase 2 tridomain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7827
タイトルAprA Methyltransferase 1 - GNAT - Methyltransferase 2 tridomain
マップデータAprA Methyltransferase 1 - GNAT - Methyltransferase 2 tridomain
試料
  • 複合体: AprA Polyketide Synthase
    • タンパク質・ペプチド: AprA
生物種Moorea bouillonii PNG5-198 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Su M / Skiba MA / Smith JL
引用ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Biosynthesis of t-Butyl in Apratoxin A: Functional Analysis and Architecture of a PKS Loading Module.
著者: Meredith A Skiba / Andrew P Sikkema / Nathan A Moss / Andrew N Lowell / Min Su / Rebecca M Sturgis / Lena Gerwick / William H Gerwick / David H Sherman / Janet L Smith /
要旨: The unusual feature of a t-butyl group is found in several marine-derived natural products including apratoxin A, a Sec61 inhibitor produced by the cyanobacterium Moorea bouillonii PNG 5-198. Here, ...The unusual feature of a t-butyl group is found in several marine-derived natural products including apratoxin A, a Sec61 inhibitor produced by the cyanobacterium Moorea bouillonii PNG 5-198. Here, we determine that the apratoxin A t-butyl group is formed as a pivaloyl acyl carrier protein (ACP) by AprA, the polyketide synthase (PKS) loading module of the apratoxin A biosynthetic pathway. AprA contains an inactive "pseudo" GCN5-related N-acetyltransferase domain (ΨGNAT) flanked by two methyltransferase domains (MT1 and MT2) that differ distinctly in sequence. Structural, biochemical, and precursor incorporation studies reveal that MT2 catalyzes unusually coupled decarboxylation and methylation reactions to transform dimethylmalonyl-ACP, the product of MT1, to pivaloyl-ACP. Further, pivaloyl-ACP synthesis is primed by the fatty acid synthase malonyl acyltransferase (FabD), which compensates for the ΨGNAT and provides the initial acyl-transfer step to form AprA malonyl-ACP. Additionally, images of AprA from negative stain electron microscopy reveal multiple conformations that may facilitate the individual catalytic steps of the multienzyme module.
履歴
登録2018年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2018年6月27日-
現状2018年6月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7827.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AprA Methyltransferase 1 - GNAT - Methyltransferase 2 tridomain
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.32 Å/pix.
x 88 pix.
= 380.16 Å		4.32 Å/pix.
x 88 pix.
= 380.16 Å		4.32 Å/pix.
x 88 pix.
= 380.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.07703043 - 0.36455867
平均 (標準偏差)0.0005850663 (±0.013672505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ888888
Spacing888888
セルA=B=C: 380.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z888888
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z380.160380.160380.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS888888
D min/max/mean-0.0770.3650.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AprA Polyketide Synthase

全体名称: AprA Polyketide Synthase
要素
  • 複合体: AprA Polyketide Synthase
    • タンパク質・ペプチド: AprA

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超分子 #1: AprA Polyketide Synthase

超分子名称: AprA Polyketide Synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Moorea bouillonii PNG5-198 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: AprA

分子名称: AprA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Moorea bouillonii PNG5-198 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNALDKIN RYAHGFVAVP VICACSEAGV FELLSQKKSL KLEEIVEHLA ANSG HLMVA MRLLESLSFL YRSQAEEYIL TEQSQQHQII PKALMSLYKY PFELY LKGE VETGISNWIN CSSRRWDTEN SLLSDLLDGV LLIPLLLELK ...文字列:
MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSNALDKIN RYAHGFVAVP VICACSEAGV FELLSQKKSL KLEEIVEHLA ANSG HLMVA MRLLESLSFL YRSQAEEYIL TEQSQQHQII PKALMSLYKY PFELY LKGE VETGISNWIN CSSRRWDTEN SLLSDLLDGV LLIPLLLELK KQNLLD ESK KIFNTLTNSL KQELSTLFIN LGWAEEKTEG LYLTDIGRFM RDRSLNL GT TASYAPMLLQ MKELLFGNPQ RVFQRNKTEK ERHVNRTLNV VASGFQHE K FFADTDKIII SIFNQQPIEE QPSYIVDMGC GDGTLLKRIY KIIKQFSAR GKVLTEYPII MVGVDYNQEA LDVTDKNLVD IPHLVIPGDI GAPEKLLEQL KAQGIEPEK VLHIRSFLDH DRPFIAPKNT EIAQARSQLD YQVVDVDREG K LIPPHIAV QSLVEHLERW SSIITRHGLL LLEVHSLTPA VVKKYIDESE SL HFDAYHA FSMQHLVEAD VFLMAAAEVG LFSRKEAFRK YPKTLPLTRI TVN HFEKRK YQIRYATVND IPNLLKCATF NQPVNEPFFQ VLLKQTPTAH LLLE YQGEL VAAIFTETKN SNEVLGIREF LVRTSVENWQ VLAKDLLEFV EQWGV VKPG IKEIEGLLKY HEAISNFQKS KWYQSSVLNK KLIEKITLHE LATLEL CNL MAPEYELEAF AARWLLRVFQ DMGVFLREGE SYQESELVSQ LNISPRY QR LLGALLQILH KRGILKIEKD RVFTLARCKT FALENISSEV SAFYDYFS E KYPAHLSWLT VVKRCLEKYP LILRGEVDVN EVVFTDGDME LFAGLFLGH RVADYFNELL ADGVCWEVEQ RLLEEKRAQP IRILEIGAGT GGVTGILLEK LASHAEQIE FWFTDISSVF TRYGESKFKQ FPWVKYQTFD IEKSLDAQGI K SESFDVVI ANNVLHNTKL IHQTLNNSNS LLNTGGLLAL LEFTQPIDIL LY FGGLLQG FWLFEDPEYR LEVGCLLSIP LWQKVLSDCG FDEIIPLGLP CEM HALSKA RESVIFARKH QVQEKTFSEK IKQNLTEN

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 4000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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