[日本語] English
万見
- EMDB-7810: Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - focused reconstruction o... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7810
タイトルHuman nuclear exosome-MTR4 RNA complex - focused reconstruction on the nine-subunit core, MPP6, and EXOSC10
マップデータFocused reconstruction of the human exosome core, Mpp6, and Rrp6
試料
  • 複合体: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Weick E-M / Lima CD
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Helicase-Dependent RNA Decay Illuminated by a Cryo-EM Structure of a Human Nuclear RNA Exosome-MTR4 Complex.
著者: Eva-Maria Weick / M Rhyan Puno / Kurt Januszyk / John C Zinder / Michael A DiMattia / Christopher D Lima /
要旨: The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4- ...The ribonucleolytic RNA exosome interacts with RNA helicases to degrade RNA. To understand how the 3' to 5' Mtr4 helicase engages RNA and the nuclear exosome, we reconstituted 14-subunit Mtr4-containing RNA exosomes from Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, and human and show that they unwind structured substrates to promote degradation. We loaded a human exosome with an optimized DNA-RNA chimera that stalls MTR4 during unwinding and determined its structure to an overall resolution of 3.45 Å by cryoelectron microscopy (cryo-EM). The structure reveals an RNA-engaged helicase atop the non-catalytic core, with RNA captured within the central channel and DIS3 exoribonuclease active site. MPP6 tethers MTR4 to the exosome through contacts to the RecA domains of MTR4. EXOSC10 remains bound to the core, but its catalytic module and cofactor C1D are displaced by RNA-engaged MTR4. Competition for the exosome core may ensure that RNA is committed to degradation by DIS3 when engaged by MTR4.
履歴
登録2018年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2018年6月27日-
現状2018年6月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7810.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused reconstruction of the human exosome core, Mpp6, and Rrp6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 410.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.07908774 - 0.164057
平均 (標準偏差)0.0000870274 (±0.0023996758)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z410.880410.880410.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0790.1640.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DN...

全体名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
要素
  • 複合体: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate

-
超分子 #1: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DN...

超分子名称: Human nuclear exosome-MTR4 helicase captured after unwinding a DNA/RNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
詳細: Human C1D/Rrp47 also in the sample, but was not observed in density
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 690 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
100.0 mMsodium chlorideNaCl
0.5 mMmagnesium chlorideMgCl2
2.0 mMAMPPNP
1.0 mMBME
0.05 %CHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 30 sec wait time, 2.5 sec blot time.
詳細Sample was monodisperse upon elution from gel filtration prior to vitrification.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 1439 / 平均電子線量: 85.23 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 278185
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctf (ver. 1.06)determine
RELION (ver. 2.1.b1)apply
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio model determination
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1) / 詳細: Focused refinement on core / 使用した粒子像数: 122284
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.1) / ソフトウェア - 詳細: from 0.6.1 to 0.6.5
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 271036 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Models were rebuilt manually using Coot, with real space refinement with local scaling followed by Phenix real space refinement with suboptimal global scaling.
精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE / 温度因子: 47.4 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る