[日本語] English
万見
- EMDB-76994: HAdV-C6 Hexon trimer -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-76994
タイトルHAdV-C6 Hexon trimer
マップデータmap of the HAdV-C6 hexon trimer
試料
  • 複合体: Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
キーワードadenovirus / hexon / coagulation factor II / virus-host interaction / cryo-EM / virus capsid / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / host cell / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Group II dsDNA virus coat/capsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human adenovirus 6 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Ma OX / Reddy VS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI161367 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural requirements of blood factors binding to soluble hexon trimers with implications for adenovirus cell targeting and immune evasion
著者: Ma OX / Reddy VS
履歴
登録2026年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年7月8日-
マップ公開2026年7月8日-
更新2026年7月8日-
現状2026年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_76994.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイル公開
注釈map of the HAdV-C6 hexon trimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.020024406 - 1.9942156
平均 (標準偏差)0.005036354 (±0.05222451)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: half map of the HAdV-C6 hexon trimer

ファイルemd_76994_half_map_1.map
注釈half map of the HAdV-C6 hexon trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map of the HAdV-C6 hexon trimer

ファイルemd_76994_half_map_2.map
注釈half map of the HAdV-C6 hexon trimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer

全体名称: Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer
要素
  • 複合体: Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein

-
超分子 #1: Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer

超分子名称: Purified Human adenovirus type 6 hexon trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human adenovirus 6 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 330 KDa

-
分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus 6 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 108.635133 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNSCEWEQNE TAQVDAQELD EEENEANEAQ A REQEQAKK ...文字列:
MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNSCEWEQNE TAQVDAQELD EEENEANEAQ A REQEQAKK THVYAQAPLS GIKITKEGLQ IGTADATVAG AGKEIFADKT FQPEPQVGES QWNEADATAA GGRVLKKTTP MK PCYGSYA RPTNSNGGQG VMVEQNGKLE SQVEMQFFST STNATNEVNN IQPTVVLYSE DVNMETPDTH LSYKPKMGDK NAK VMLGQQ AMPNRPNYIA FRDNFIGLMY YNSTGNMGVL AGQASQLNAV VDLQDRNTEL SYQLLLDSIG DRTRYFSMWN QAVD SYDPD VRIIENHGTE DELPNYCFPL GGIGITDTFQ AVKTTAANGD QGNTTWQKDS TFAERNEIGV GNNFAMEINL NANLW RNFL YSNIALYLPD KLKYNPTNVE ISDNPNTYDY MNKRVVAPGL VDCYINLGAR WSLEYMDNVN PFNHHRNAGL RYRSML LGN GRYVPFHIQV PQKFFAIKNL LLLPGSYTYE WNFRKDVNMV LQSSLGNDLR VDGASIKFDS ICLYATFFPM AHNTAST LE AMLRNDTNDQ SFNDYLSAAN MLYPIPANAT NVPISIPSRN WAAFRGWAFT RLKTKETPSL GSGYDPYYTY SGSIPYLD G TFYLNHTFKK VAITFDSSVS WPGNDRLLTP NEFEIKRSVD GEGYNVAQCN MTKDWFLVQM LANYNIGYQG FYIPESYKD RMYSFFRNFQ PMSRQVVDDT KYKDYQQVGI IHQHNNSGFV GYLAPTMREG QAYPANVPYP LIGKTAVDSI TQKKFLCDRT LWRIPFSSN FMSMGALTDL GQNLLYANSA HALDMTFEVD PMDEPTLLYV LFEVFDVVRV HQPHRGVIET VYLRTPFSAG N ATT

UniProtKB: Hexon protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 気圧: 38.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
実像数: 3510 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 280503
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: hexon trimer density map from previous study
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 48088
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る