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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7563 | |||||||||
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タイトル | Structure of the HIV-Nef tetherin cargo bound AP-1:Arf1 stable closed trimer | |||||||||
![]() | HIV-Nef tetherin cargo bound AP-1:Arf1 stable closed trimer | |||||||||
![]() |
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![]() | AP / HIV / Nef / trafficking / VIRAL PROTEIN / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein trimerization ...negative regulation of plasmacytoid dendritic cell cytokine production / negative regulation of intracellular transport of viral material / response to interferon-beta / basolateral protein secretion / endosome to melanosome transport / AP-1 adaptor complex / Lysosome Vesicle Biogenesis / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / protein trimerization / response to interferon-alpha / platelet dense granule organization / Glycosphingolipid transport / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / metalloendopeptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / regulation of receptor internalization / melanosome assembly / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host autophagy / clathrin adaptor activity / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / positive regulation of leukocyte proliferation / MHC class II antigen presentation / thioesterase binding / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / CD4 receptor binding / determination of left/right symmetry / long-term synaptic depression / clathrin-coated vesicle / azurophil granule membrane / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / clathrin binding / negative regulation of viral genome replication / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / MHC class I protein binding / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / B cell activation / host cell Golgi membrane / intracellular copper ion homeostasis / response to type II interferon / protein targeting / side of membrane / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / clathrin-coated pit / viral life cycle / regulation of calcium-mediated signaling / multivesicular body / Neutrophil degranulation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / MHC class II antigen presentation / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of cell migration / sarcomere / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / trans-Golgi network membrane / small monomeric GTPase / regulation of actin cytoskeleton organization / intracellular protein transport / kidney development / trans-Golgi network / negative regulation of cell growth / cellular response to virus / SH3 domain binding / response to virus / virion component / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / synaptic vesicle / presynapse / heart development / ATPase binding / defense response to virus / early endosome / neuron projection / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / postsynaptic density / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / apical plasma membrane / membrane raft / Golgi membrane / protein domain specific binding / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / synapse / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / GTP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
![]() | Morris KL / Buffalo CZ / Hurley JH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: HIV-1 Nefs Are Cargo-Sensitive AP-1 Trimerization Switches in Tetherin Downregulation. 著者: Kyle L Morris / Cosmo Z Buffalo / Christina M Stürzel / Elena Heusinger / Frank Kirchhoff / Xuefeng Ren / James H Hurley / ![]() ![]() 要旨: The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, ...The HIV accessory protein Nef counteracts immune defenses by subverting coated vesicle pathways. The 3.7 Å cryo-EM structure of a closed trimer of the clathrin adaptor AP-1, the small GTPase Arf1, HIV-1 Nef, and the cytosolic tail of the restriction factor tetherin suggested a mechanism for inactivating tetherin by Golgi retention. The 4.3 Å structure of a mutant Nef-induced dimer of AP-1 showed how the closed trimer is regulated by the dileucine loop of Nef. HDX-MS and mutational analysis were used to show how cargo dynamics leads to alternative Arf1 trimerization, directing Nef targets to be either retained at the trans-Golgi or sorted to lysosomes. Phosphorylation of the NL4-3 M-Nef was shown to regulate AP-1 trimerization, explaining how O-Nefs lacking this phosphosite counteract tetherin but most M-Nefs do not. These observations show how the higher-order organization of a vesicular coat can be allosterically modulated to direct cargoes to distinct fates. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 201.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 194.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 391.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6criMC ![]() 7453C ![]() 7454C ![]() 7455C ![]() 7456C ![]() 7457C ![]() 7458C ![]() 6cm9C ![]() 6d83C ![]() 6d84C ![]() 6dffC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HIV-Nef tetherin cargo bound AP-1:Arf1 stable closed trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed...
全体 | 名称: Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed...
超分子 | 名称: Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef stable closed trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-分子 #1: Bone marrow stromal antigen 2, Protein Nef chimera
分子 | 名称: Bone marrow stromal antigen 2, Protein Nef chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.964326 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSAS TSYDYCRVPM EDGDKRCKGS DEASEGSGMG GKWSKSSVIG WPAVRERMRR AEPAADGVG AVSRDLEKHG AITSSNTAAN NAACAWLEAQ EEEEVGFPVT PQVPLRPMTY KAAVDLSHFL KEKGGLEGLI H SQRRQDIL ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSAS TSYDYCRVPM EDGDKRCKGS DEASEGSGMG GKWSKSSVIG WPAVRERMRR AEPAADGVG AVSRDLEKHG AITSSNTAAN NAACAWLEAQ EEEEVGFPVT PQVPLRPMTY KAAVDLSHFL KEKGGLEGLI H SQRRQDIL DLWIYHTQGY FPDWQNYTPG PGVRYPLTFG WCYKLVPVEP DKVEEANKGE NTSLLHPVSL HGMDDPEREV LE WRFDSRL AFHHVARELH PEYFKNC UniProtKB: Bone marrow stromal antigen 2, Protein Nef |
-分子 #2: AP-1 complex subunit beta-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 64.458656 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EIFELKAELN SDKKEKKKEA VKKVIASMTV GKDVSALFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPDM AIMAVNTFVK DCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN AQLVEDQGFL DTLKDLISDS N PMVVANAV ...文字列: EIFELKAELN SDKKEKKKEA VKKVIASMTV GKDVSALFPD VVNCMQTDNL ELKKLVYLYL MNYAKSQPDM AIMAVNTFVK DCEDPNPLI RALAVRTMGC IRVDKITEYL CEPLRKCLKD EDPYVRKTAA VCVAKLHDIN AQLVEDQGFL DTLKDLISDS N PMVVANAV AALSEIAESH PSSNLLDLNP QSINKLLTAL NECTEWGQIF ILDCLANYMP KDDREAQSIC ERVTPRLSHA NS AVVLSAV KVLMKFMEML SKDLDYYGTL LKKLAPPLVT LLSAEPELQY VALRNINLIV QKRPEILKHE MKVFFVKYND PIY VKLEKL DIMIRLASQA NIAQVLAELR EYATEVDVDF VRKAVRAIGR CAIKVEQSAE RCVSTLLDLI QTKVNYVVQE AIVV IKDIF RKYPNKYESV IATLCENLDS LDEPEARAAM IWIVGEYAER IDNADELLES FLEGFHDKST QVQLQLLTAI VKLFL KKPT ETQELVQQVL SLATQDSDNP DLRDRGYIYW RLLSTDPVAA KEVVLAEKPL ISEETDLIEP TLLDELICYI GTLASV YHK PPSAFVE UniProtKB: AP-1 complex subunit beta-1 |
-分子 #3: ADP-ribosylation factor 1
分子 | 名称: ADP-ribosylation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.9366 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EMRILMVGLD AAGKTTILYK LKLGEIVTTI PTIGFNVETV EYKNISFTVW DVGGLDKIRP LWRHYFQNTQ GLIFVVDSND RERVNEARE ELMRMLAEDE LRDAVLLVFA NKQDLPNAMN AAEITDKLGL HSLRHRNWYI QATCATSGDG LYEGLDWLSN Q LRNQK UniProtKB: ADP-ribosylation factor 1 |
-分子 #4: AP-1 complex subunit gamma-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit gamma-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 66.401055 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PIRLRELIRT IRTARTQAEE REMIQKECAA IRSSFREEDN TYRCRNVAKL LYMHMLGYPA HFGQLECLKL IASQKFTDKR IGYLGAMLL LDERQDVHLL MTNCIKNDLN HSTQFVQGLA LCTLGCMGSS EMCRDLAGEV EKLLKTSNSY LRKKAALCAV H VIRKVPEL ...文字列: PIRLRELIRT IRTARTQAEE REMIQKECAA IRSSFREEDN TYRCRNVAKL LYMHMLGYPA HFGQLECLKL IASQKFTDKR IGYLGAMLL LDERQDVHLL MTNCIKNDLN HSTQFVQGLA LCTLGCMGSS EMCRDLAGEV EKLLKTSNSY LRKKAALCAV H VIRKVPEL MEMFLPATKN LLNEKNHGVL HTSVVLLTEM CERSPDMLAH FRKLVPQLVR ILKNLIMSGY SPEHDVSGIS DP FLQVRIL RLLRILGRND DDSSEAMNDI LAQVATNTET SKNVGNAILY ETVLTIMDIK SESGLRVLAI NILGRFLLNN DKN IRYVAL TSLLKTVQTD HNAVQRHRST IVDCLKDLDV SIKRRAMELS FALVNGNNIR GMMKELLYFL DSCEPEFKAD CASG IFLAA EKYAPSKRWH IDTIMRVLTT AGSYVRDDAV PNLIQLITNS VEMHAYTVQR LYKAILGDYS QQPLVQVAAW CIGEY GDLL VSGQCEEEEP IQVTEDEVLD ILESVLISNM STSVTRGYAL TAIMKLSTRF TCTVNRIKKV VSIYGSSIDV ELQQRA VEY NALFKKYDHM RSALLERMPV ME UniProtKB: AP-1 complex subunit gamma-1 |
-分子 #5: AP-1 complex subunit mu-1
分子 | 名称: AP-1 complex subunit mu-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 48.475535 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SASAVYVLDL KGKVLICRNY RGDVDMSEVE HFMPILMEKE EEGMLSPILA HGGVRFMWIK HNNLYLVATS KKNACVSLVF SFLYKVVQV FSEYFKELEE ESIRDNFVII YELLDELMDF GYPQTTDSKI LQEYITQEGH KLETGAPRPP ATVTNAVSWR S EGIKYRKN ...文字列: SASAVYVLDL KGKVLICRNY RGDVDMSEVE HFMPILMEKE EEGMLSPILA HGGVRFMWIK HNNLYLVATS KKNACVSLVF SFLYKVVQV FSEYFKELEE ESIRDNFVII YELLDELMDF GYPQTTDSKI LQEYITQEGH KLETGAPRPP ATVTNAVSWR S EGIKYRKN EVFLDVIEAV NLLVSANGNV LRSEIVGSIK MRVFLSGMPE LRLGLNDKVL FDNTGRGKSK SVELEDVKFH QC VRLSRFE NDRTISFIPP DGEFELMSYR LNTHVKPLIW IESVIEKHSH SRIEYMVKAK SQFKRRSTAN NVEIHIPVPN DAD SPKFKT TVGSVKWVPE NSEIVWSVKS FPGGKEYLMR AHFGLPSVEA EDKEGKPPIS VKFEIPYFTT SGIQVRYLKI IEKS GYQAL PWVRYITQNG DYQLRTQ UniProtKB: AP-1 complex subunit mu-1 |
-分子 #6: AP-1 complex subunit sigma-3
分子 | 名称: AP-1 complex subunit sigma-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 16.99885 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIHFILLFSR QGKLRLQKWY ITLPDKERKK ITREIVQIIL SRGHRTSSFV DWKELKLVYK RYASLYFCCA IENQDNELLT LEIVHRYVE LLDKYFGNVC ELDIIFNFEK AYFILDEFII GGEIQETSKK IAVKAIEDSD MLQ UniProtKB: AP-1 complex subunit sigma-3 |
-分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GTP: |
-分子 #8: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.07 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris at pH 8.0, 200 mM NaCl, 5 mM MgCl2, and 0.5 mM TCEP |
グリッド | 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 62.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 425 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-6cri: |