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- EMDB-73789: Cryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73789
タイトルCryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3 and MLKH10 FABs
マップデータ
試料
  • 複合体: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Light chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Heavy chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Light chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Heavy chain FV
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
キーワードKSHV / glycoprotein / Antibody / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Lang K / Aldridge N / Pancera M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U01CA295050 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Monoclonal neutralizing antibodies elicited by infection with Kaposi sarcoma-associated herpesvirus reveal critical sites of vulnerability on gH/gL.
著者: Yu-Hsin Wan / Sara Pernikoff / Nicholas T Aldridge / Kevin Lang / Holly M Dudley / Samuel C Scharffenberger / Gargi Kher / Warren Phipps / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit / Andrew T McGuire /
要旨: Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or ...Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or serves in the treatment of KSHV-related diseases represents a critical unmet need, however, the types of immune responses a vaccine should elicit have not been well defined. The gH/gL glycoprotein complex is an important target of KSHV-neutralizing antibodies, but the epitope specificities targeted by these antibodies remain unknown. Here, we isolated 12 gH/gL-specific monoclonal antibodies (mAbs) from KSHV-infected donors and performed structure/function analyses. These mAbs bind recombinant gH/gL with nanomolar affinities and epitope binning analyses revealed that the mAbs bind to 5 epitope clusters on gH/gL. Seven mAbs were able to neutralize KSHV infection of epithelial cell lines. Two potent neutralizing mAbs mapped to the EphA2 binding site as determined by inhibition of the receptor-ligand interaction and negative stain electron microscopy (nsEM) of the mAb/gH/gL complex. The epitopes of other neutralizing mAbs targeting novel sites of vulnerability were determined by a combination of cryogenic electron microscopy and nsEM. Together, these mAbs help to define the relevant epitope targets for KSHV vaccine design, have utility in understanding the role of antibodies in preventing KSHV infection, enable the development of immunotherapy approaches, and provide valuable tools to understand the molecular details of the KSHV entry process.
履歴
登録2025年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 213 pix.
= 238.986 Å		1.12 Å/pix.
x 214 pix.
= 240.108 Å		1.12 Å/pix.
x 214 pix.
= 240.108 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.658
最小 - 最大-3.3517277 - 5.91778
平均 (標準偏差)-0.00092018285 (±0.1808824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ214214213
Spacing214214213
セルA: 240.108 Å / B: 240.108 Å / C: 238.986 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_73789_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_73789_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs

全体名称: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs
要素
  • 複合体: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Light chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Heavy chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Light chain FV
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Heavy chain FV
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L

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超分子 #1: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs

超分子名称: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH3 and MLKH10 FABs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 184 KDa

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分子 #1: MLKH10 Light chain FV

分子名称: MLKH10 Light chain FV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 12.427777 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPDS LSVSLGERAT INCKSSQSVL YSSNNKNYLA WYQQKPGQPP KLLIYWASTR GSGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDV AVYYCQQYYN SPRFGGWTKV EIK

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分子 #2: MLKH10 Heavy chain FV

分子名称: MLKH10 Heavy chain FV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.144362 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGGG VVRPGGSLRL SCAASGFTFD DYGMSWVRQS PGKGLEWVSG INWNGGSLSY ADSIQGRFTI SRDNAENSLY LQMHSLRAE DTALYYCARV QGSGSYNNFD YWGQGTLVTV SS

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分子 #3: MLKH3 Light chain FV

分子名称: MLKH3 Light chain FV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.538785 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIQLTQSPSS VSASVGDRVT ISCRASQGIS SWLVWYQQKP GKAPKPLIYA ASSLQNGVPA RFSGSGSGTD FTLTINSLQP EDFATYYCQ QANSFPYTFG QGTKLEIK

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分子 #4: MLKH3 Heavy chain FV

分子名称: MLKH3 Heavy chain FV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.088487 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVQSGPE VKKPGSSVKV SCKASGDSFS SNTISWVRQA PGQGLEWMGR LITILGTANY AQKFQGRVTI TADETATTAY MELSSLRSE DTAIYYCAIS EGGYTYDSGS YIWGQGTLVT VSS

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分子 #5: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
株: gk18
分子量理論値: 80.917531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASATGAL PTTATTITRS ATQLINGRTN LSIELEFNGT SFFLNWQNLL NVITEPALTE LWTSAEVAE DLRVTLKKRQ SLFFPNKTVV ISGDGHRYTC EVPTSSQTYN ITKGFNYSAL PGHLGGFGIN ARLVLGDIFA S KWSLFARD ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASATGAL PTTATTITRS ATQLINGRTN LSIELEFNGT SFFLNWQNLL NVITEPALTE LWTSAEVAE DLRVTLKKRQ SLFFPNKTVV ISGDGHRYTC EVPTSSQTYN ITKGFNYSAL PGHLGGFGIN ARLVLGDIFA S KWSLFARD TPEYRVFYPM NVMAVKFSIS IGNNESGVAL YGVVSEDFVV VTLHNRSKEA NETASHLLFG LPDSLPSLKG HA TYDELTF ARNAKYALVA ILPKDSYQTL LTENYTRIFL NMTESTPLEF TRTIQTRIVS IEARRACAAQ EAAPDIFLVL FQM LVAHFL VARGIAEHRF VEVDCVCRQY AELYFLRRIS RLCMPTFTTV GYNHTTLGAV AATQIARVSA TKLASLPRSS QETV LAMVQ LGARDGAVPS SILEGIAMVV EHMYTAYTYV YTLGDTERKL MLDIHTVLTD SCPPKDSGVS EKLLRTYLMF TSMCT NIEL GEMIARFSKP DSLNIYRAFS PCFLGLRYDL HPAKLRAEAP QSSALTRTAV ARGTSGFAEL LHALHLDSLN LIPAIN CSK ITADKIIATV PLPHVTYIIS SEALSNAVVY EVSEIFLKSA MFISAIKPDC SGFNFSQIDR HIPIVYNIST PRRGCPL CD SVIMSYDESD GLQSLMYVTN ERVQTNLFLD KSPFFDNNNL HIHYLWLRDN GTVVEIRGMY GSGSGHHHHH HGLNDIFE A QKIEWHE

UniProtKB: Envelope glycoprotein H

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分子 #6: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
株: gk18
分子量理論値: 18.815754 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASDGIQY VALPCCAIQA SAASTLPLFF AVHSIHFADP NHCNGVCIAK LRSKTGDITV ETCVNGFNL RSFLVAVVRR LGSWASQENL RLLWYLQRSL TAYTVGFNAT TADSSIHNVN IIIISVGKAM NRTGSVSGSQ T RAKSSSRR AHAGQKGK

UniProtKB: Envelope glycoprotein L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1x TBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9372 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19982448
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Combinaison of PDB entry for gH and gL (pdbID:7CZF) and Alphafold3 prediction for MLKH3 and MLKH10 FABs
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.1) / 使用した粒子像数: 75257
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
ChainPDB ID
chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: B, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: C, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: D, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7czf

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7czf

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.9)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9z3q:
Cryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3 and MLKH10 FABs

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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