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タイトルMonoclonal neutralizing antibodies elicited by infection with Kaposi sarcoma-associated herpesvirus reveal critical sites of vulnerability on gH/gL.
ジャーナル・号・ページPLoS Pathog, Vol. 22, Issue 1, Page e1013772, Year 2026
掲載日2026年1月7日
著者Yu-Hsin Wan / Sara Pernikoff / Nicholas T Aldridge / Kevin Lang / Holly M Dudley / Samuel C Scharffenberger / Gargi Kher / Warren Phipps / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit / Andrew T McGuire /
PubMed 要旨Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or ...Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or serves in the treatment of KSHV-related diseases represents a critical unmet need, however, the types of immune responses a vaccine should elicit have not been well defined. The gH/gL glycoprotein complex is an important target of KSHV-neutralizing antibodies, but the epitope specificities targeted by these antibodies remain unknown. Here, we isolated 12 gH/gL-specific monoclonal antibodies (mAbs) from KSHV-infected donors and performed structure/function analyses. These mAbs bind recombinant gH/gL with nanomolar affinities and epitope binning analyses revealed that the mAbs bind to 5 epitope clusters on gH/gL. Seven mAbs were able to neutralize KSHV infection of epithelial cell lines. Two potent neutralizing mAbs mapped to the EphA2 binding site as determined by inhibition of the receptor-ligand interaction and negative stain electron microscopy (nsEM) of the mAb/gH/gL complex. The epitopes of other neutralizing mAbs targeting novel sites of vulnerability were determined by a combination of cryogenic electron microscopy and nsEM. Together, these mAbs help to define the relevant epitope targets for KSHV vaccine design, have utility in understanding the role of antibodies in preventing KSHV infection, enable the development of immunotherapy approaches, and provide valuable tools to understand the molecular details of the KSHV entry process.
リンクPLoS Pathog / PubMed:41499715 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.51 - 24.15 Å
構造データ

EMDB-72129: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gH and gL
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.23 Å

EMDB-72130: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH1 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-72131: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH5 FAB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.6 Å

EMDB-72132: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH5, MLKH10 and MLKH3 FABs.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.9 Å

EMDB-72133: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH5, MLKH10 and MLKH6 FABs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 24.15 Å

EMDB-72525: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH5 , MLKH10 and MLKH12 FABs.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.07 Å

73789

9z3q

EMDB-73789, PDB-9z3q:
Cryo-EM structure of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH3 and MLKH10 FABs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.51 Å

由来
  • human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • Homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / KSHV / glycoprotein / Antibody

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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