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万見
- EMDB-72132: Negative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72132
タイトルNegative Stain EM map of KSHV glycoprotein gHgL in complex with MLKH5, MLKH10 and MLKH3 FABs.
マップデータ
試料
  • 複合体: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs
    • タンパク質・ペプチド: Surface Glycoprotein gH
    • タンパク質・ペプチド: Surface Glycoprotein gL
    • タンパク質・ペプチド: MLKH5 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH5 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Light Chain
キーワードViral protein / Complex / Antibody / KSHV / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Envelope glycoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.9 Å
データ登録者Lang K / Aldridge NT / Pancera M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U01CA295050 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Monoclonal neutralizing antibodies elicited by infection with Kaposi sarcoma-associated herpesvirus reveal critical sites of vulnerability on gH/gL.
著者: Yu-Hsin Wan / Sara Pernikoff / Nicholas T Aldridge / Kevin Lang / Holly M Dudley / Samuel C Scharffenberger / Gargi Kher / Warren Phipps / Marie Pancera / Jim Boonyaratanakornkit / Andrew T McGuire /
要旨: Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or ...Kaposi sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is an oncogenic virus that causes Kaposi sarcoma, primary effusion lymphoma and multicentric Castleman disease. A vaccine that prevents KSHV infection or serves in the treatment of KSHV-related diseases represents a critical unmet need, however, the types of immune responses a vaccine should elicit have not been well defined. The gH/gL glycoprotein complex is an important target of KSHV-neutralizing antibodies, but the epitope specificities targeted by these antibodies remain unknown. Here, we isolated 12 gH/gL-specific monoclonal antibodies (mAbs) from KSHV-infected donors and performed structure/function analyses. These mAbs bind recombinant gH/gL with nanomolar affinities and epitope binning analyses revealed that the mAbs bind to 5 epitope clusters on gH/gL. Seven mAbs were able to neutralize KSHV infection of epithelial cell lines. Two potent neutralizing mAbs mapped to the EphA2 binding site as determined by inhibition of the receptor-ligand interaction and negative stain electron microscopy (nsEM) of the mAb/gH/gL complex. The epitopes of other neutralizing mAbs targeting novel sites of vulnerability were determined by a combination of cryogenic electron microscopy and nsEM. Together, these mAbs help to define the relevant epitope targets for KSHV vaccine design, have utility in understanding the role of antibodies in preventing KSHV infection, enable the development of immunotherapy approaches, and provide valuable tools to understand the molecular details of the KSHV entry process.
履歴
登録2025年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72132.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 549.6 Å		4.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 549.6 Å		4.58 Å/pix.
x 120 pix.
= 549.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.58 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.08
最小 - 最大-5.63881 - 18.804169000000002
平均 (標準偏差)0.00112953 (±0.48878983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 549.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_72132_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_72132_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs

全体名称: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs
要素
  • 複合体: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs
    • タンパク質・ペプチド: Surface Glycoprotein gH
    • タンパク質・ペプチド: Surface Glycoprotein gL
    • タンパク質・ペプチド: MLKH5 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH5 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH10 Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: MLKH3 Light Chain

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超分子 #1: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs

超分子名称: KSHV glycoprotein heterodimer gHgL 1:1 MLKH5,MLKH10 and MLKH3 FABs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 242 KDa

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分子 #1: Surface Glycoprotein gH

分子名称: Surface Glycoprotein gH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
株: GK18
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASATGAL PTTATTITRS ATQLINGRTN LSIELEFNGT SFFLNWQNLL NVITEPALTE LWTSAEVAED LRVTLKKRQS LFFPNKTVVI SGDGHRYTCE VPTSSQTYNI TKGFNYSALP GHLGGFGINA RLVLGDIFAS KWSLFARDTP ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASATGAL PTTATTITRS ATQLINGRTN LSIELEFNGT SFFLNWQNLL NVITEPALTE LWTSAEVAED LRVTLKKRQS LFFPNKTVVI SGDGHRYTCE VPTSSQTYNI TKGFNYSALP GHLGGFGINA RLVLGDIFAS KWSLFARDTP EYRVFYPMNV MAVKFSISIG NNESGVALYG VVSEDFVVVT LHNRSKEANE TASHLLFGLP DSLPSLKGHA TYDELTFARN AKYALVAILP KDSYQTLLTE NYTRIFLNMT ESTPLEFTRT IQTRIVSIEA RRACAAQEAA PDIFLVLFQM LVAHFLVARG IAEHRFVEVD CVCRQYAELY FLRRISRLCM PTFTTVGYNH TTLGAVAATQ IARVSATKLA SLPRSSQETV LAMVQLGARD GAVPSSILEG IAMVVEHMYT AYTYVYTLGD TERKLMLDIH TVLTDSCPPK DSGVSEKLLR TYLMFTSMCT NIELGEMIAR FSKPDSLNIY RAFSPCFLGL RYDLHPAKLR AEAPQSSALT RTAVARGTSG FAELLHALHL DSLNLIPAIN CSKITADKII ATVPLPHVTY IISSEALSNA VVYEVSEIFL KSAMFISAIK PDCSGFNFSQ IDRHIPIVYN ISTPRRGCPL CDSVIMSYDE SDGLQSLMYV TNERVQTNLF LDKSPFFDNN NLHIHYLWLR DNGTVVEIRG MYGSGSGHHH HHHGLNDIFE AQKIEWHE

UniProtKB: Envelope glycoprotein H

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分子 #2: Surface Glycoprotein gL

分子名称: Surface Glycoprotein gL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)
株: GK18
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASDGIQY VALPCCAIQA SAASTLPLFF AVHSIHFADP NHCNGVCIAK LRSKTGDITV ETCVNGFNLR SFLVAVVRRL GSWASQENLR LLWYLQRSLT AYTVGFNATT ADSSIHNVNI IIISVGKAMN RTGSVSGSQT RAKSSSRRAH AGQKGK

UniProtKB: Envelope glycoprotein L

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分子 #3: MLKH5 Heavy Chain

分子名称: MLKH5 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVESGGGV VQPGRSLRLS CAASGFIFSS YGMHWVRQAP GKGLEWIAII WYDGSHKYYA DSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAVYYCARDP GYCSRYTCYG GWFDPWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTA ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ VQLVESGGGV VQPGRSLRLS CAASGFIFSS YGMHWVRQAP GKGLEWIAII WYDGSHKYYA DSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAED TAVYYCARDP GYCSRYTCYG GWFDPWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC N VNHKPTHH HHHH

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分子 #4: MLKH5 Light Chain

分子名称: MLKH5 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHDI QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQNINNY LNWYQQKPGK APKVLIYAAS SLQSGVPSRF SGSGSGTD F TLTINSLQPE DFATYYCQRS SNSPYTFGQG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFY PREAKVQWKV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHDI QMTQSPSSLS ASVGDRVTIT CRASQNINNY LNWYQQKPGK APKVLIYAAS SLQSGVPSRF SGSGSGTD F TLTINSLQPE DFATYYCQRS SNSPYTFGQG TKLEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC

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分子 #5: MLKH10 Heavy Chain

分子名称: MLKH10 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLLESGGGV VRPGGSLRLS CAASGFTFDD YGMSWVRQSP GKGLEWVSGI NWNGGSLSYA DSIQGRFTI SRDNAENSLY LQMHSLRAED TALYYCARVQ GSGSYNNFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCL ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLLESGGGV VRPGGSLRLS CAASGFTFDD YGMSWVRQSP GKGLEWVSGI NWNGGSLSYA DSIQGRFTI SRDNAENSLY LQMHSLRAED TALYYCARVQ GSGSYNNFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PTHHHHHH

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分子 #6: MLKH10 Light Chain

分子名称: MLKH10 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHDI VMTQSPDSLS VSLGERATIN CKSSQSVLYS SNNKNYLAWY QQKPGQPPKL LIYWASTRGS GVPDRFSG S GSGTDFTLTI SSLQAEDVAV YYCQQYYNSP RFGGWTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCL LNNFYPREAK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHDI VMTQSPDSLS VSLGERATIN CKSSQSVLYS SNNKNYLAWY QQKPGQPPKL LIYWASTRGS GVPDRFSG S GSGTDFTLTI SSLQAEDVAV YYCQQYYNSP RFGGWTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE HDSKDSTYSL SSTLTLTKAD YEKHKVYACE VTHRATARPS QRASTRESV

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分子 #7: MLKH3 Heavy Chain

分子名称: MLKH3 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVQSGPEV KKPGSSVKVS CKASGDSFSS NTISWVRQAP GQGLEWMGRL ITILGTANYA QKFQGRVTI TADETATTAY MELSSLRSED TAIYYCAISE GGYTYDSGSY IWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLATLLQEH LWGHSGGTA ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVQSGPEV KKPGSSVKVS CKASGDSFSS NTISWVRQAP GQGLEWMGRL ITILGTANYA QKFQGRVTI TADETATTAY MELSSLRSED TAIYYCAISE GGYTYDSGSY IWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLATLLQEH LWGHSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC N VNHKPTHH HHHH

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分子 #8: MLKH3 Light Chain

分子名称: MLKH3 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSD IQLTQSPSSV SASVGDRVTI SCRASQGISS WLVWYQQKPG KAPKPLIYAA SSLQNGVPAR FSGSGSGTD FTLTINSLQP EDFATYYCQQ ANSFPYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSD IQLTQSPSSV SASVGDRVTI SCRASQGISS WLVWYQQKPG KAPKPLIYAA SSLQNGVPAR FSGSGSGTD FTLTINSLQP EDFATYYCQQ ANSFPYTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEHDSK DSTYSLSSTL TLTKADYEKH KVYACEVTHR ATARPSQRAS T RESV

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 1x TBS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: 2% Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS L120C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos L120C / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 2656
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る