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万見
- EMDB-7352: Cryo-EM structure of Orco -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7352
タイトルCryo-EM structure of Orco
マップデータOdorant receptor
試料
  • 複合体: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor
キーワードOlfactory receptor / Ion channel / Insect / Fab / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Olfactory receptor, insect / 7tm Odorant receptor / olfactory receptor activity / odorant binding / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / Odorant receptor
機能・相同性情報
生物種Apocrypta bakeri (昆虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Butterwick JA / Kim KH / Walz T / Ruta V
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI103171 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor Orco.
著者: Joel A Butterwick / Josefina Del Mármol / Kelly H Kim / Martha A Kahlson / Jackson A Rogow / Thomas Walz / Vanessa Ruta /
要旨: The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion ...The olfactory system must recognize and discriminate amongst an enormous variety of chemicals in the environment. To contend with such diversity, insects have evolved a family of odorant-gated ion channels comprised of a highly conserved co-receptor (Orco) and a divergent odorant receptor (OR) that confers chemical specificity. Here, we present the single-particle cryo-electron microscopy structure of an Orco homomer from the parasitic fig wasp Apocrypta bakeri at 3.5 Å resolution, providing structural insight into this receptor family. Orco possesses a novel channel architecture, with four subunits symmetrically arranged around a central pore that diverges into four lateral conduits that open to the cytosol. The Orco tetramer has few inter-subunit interactions within the membrane and is bound together by a small cytoplasmic anchor domain. The minimal sequence conservation among ORs maps largely to the pore and anchor domain, shedding light on how the architecture of this receptor family accommodates its remarkable sequence diversity and facilitates the evolution of odour tuning.
履歴
登録2018年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月21日-
マップ公開2018年8月22日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c70
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7352.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Odorant receptor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å		1 Å/pix.
x 384 pix.
= 384. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-9.285572 - 18.670680000000001
平均 (標準偏差)-0.15935563 (±0.6412915)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z384.000384.000384.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-9.28618.671-0.159

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle

全体名称: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
要素
  • 複合体: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor

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超分子 #1: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle

超分子名称: Orco homotetramer bound to four Fab molecules in a detergent micelle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Apocrypta bakeri (昆虫)

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分子 #1: Odorant receptor

分子名称: Odorant receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Apocrypta bakeri (昆虫)
分子量理論値: 53.513238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPGRAKFKHQ GLVADLLPNI RVMQGVGHFM FNYYSEGKKF PHRIYCIVTL LLLLLQYGMM AVNLMMESDD VDDLTANTIT MLFFLHPIV KMIYFPVRSK IFYKTLAIWN NPNSHPLFAE SNARFHALAI TKMRRLLFCV AGATIFSVIS WTGITFIEDS V KRITDPET ...文字列:
GPGRAKFKHQ GLVADLLPNI RVMQGVGHFM FNYYSEGKKF PHRIYCIVTL LLLLLQYGMM AVNLMMESDD VDDLTANTIT MLFFLHPIV KMIYFPVRSK IFYKTLAIWN NPNSHPLFAE SNARFHALAI TKMRRLLFCV AGATIFSVIS WTGITFIEDS V KRITDPET NETTIIPIPR LMIRTFYPFN AMSGAGHVFA LIYQFYYLVI SMAVSNSLDV LFCSWLLFAC EQLQHLKAIM KP LMELSAT LDTVVPNSGE LFKAGSADHL RESQGVQPSG NGDNVLDVDL RGIYSNRQDF TATFRPTAGT TFNGGVGPNG LTK KQEMLV RSAIKYWVER HKHVVRLVTA VGDAYGVALL LHMLTTTITL TLLAYQATKV NGVNVYAATV IGYLLYTLGQ VFLF CIFGN RLIEESSSVM EAAYSCHWYD GSEEAKTFVQ IVCQQCQKAM SISGAKFFTV SLDLFASVLG AVVTYFMVLV QLK

UniProtKB: Odorant receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1221 / 実像数: 53141 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53141
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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