[日本語] English
万見
- PDB-3wa1: Crystal structure of BinB: A receptor binding component of the bi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wa1
タイトルCrystal structure of BinB: A receptor binding component of the binary toxin from Lysinibacillus sphaericus
要素BinB protein
キーワードTOXIN / A-B TOXIN / BINARY TOXIN
機能・相同性Insecticidal Crystal Toxin, P42 / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / toxin activity / Mainly Beta / Binary larvicide subunit BinB / Binary larvicide subunit BinB
機能・相同性情報
生物種Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Srisucharitpanit, K. / Yao, M. / Chimnaronk, S. / Promdonkoy, B. / Boonserm, P. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of BinB: A receptor binding component of the binary toxin from Lysinibacillus sphaericus
著者: Srisucharitpanit, K. / Yao, M. / Promdonkoy, B. / Chimnaronk, S. / Tanaka, I. / Boonserm, P.
履歴
登録2013年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BinB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8001
ポリマ－44,8001
非ポリマー00
水7,927440
1
A: BinB protein

A: BinB protein

A: BinB protein

A: BinB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,2014
ポリマ－179,2014
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area67660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.210, 95.210, 154.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-612-

HOH

21A-764-

HOH

31A-932-

HOH

41A-936-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 BinB protein


分子量: 44800.152 Da / 分子数: 1 / 断片: ACTIVATE DOMAIN, UNP RESIDUES 19-407 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysinibacillus sphaericus (バクテリア)
株: 2297 / 遺伝子: binB / プラスミド: pET-28b(+)-BinB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7B2I6, UniProt: P18568*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH8.0, 0.2M LITHIUM SULFATE, 12% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→28.99 Å / Num. all: 42536 / Num. obs: 42536 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 10.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6069 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SHELXC/D/Eモデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXC/D/E位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→24.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2985 7 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.174 42392 --
obs0.177 42392 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 0 440 3599
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.023237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1971.9614401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9055388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.49824.424165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93615543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0221520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1880.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212511
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 178 -
Rwork0.197 2591 -
obs--99.78 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る