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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7316 | |||||||||
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タイトル | P22 gp26 minus asymmetric reconstruction 6-fold symmetry along Z-axis | |||||||||
マップデータ | 6-fold symmetry along Z-axis | |||||||||
試料 |
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生物種 | Enterobacteria phage P22 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å | |||||||||
データ登録者 | McNulty R / Johnson JE | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biophys J / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM Elucidation of the Structure of Bacteriophage P22 Virions after Genome Release. 著者: Reginald McNulty / Giovanni Cardone / Eddie B Gilcrease / Timothy S Baker / Sherwood R Casjens / John E Johnson / 要旨: Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the ...Genome ejection proteins are required to facilitate transport of bacteriophage P22 double-stranded DNA safely through membranes of Salmonella. The structures and locations of all proteins in the context of the mature virion are known, with the exception of three ejection proteins. Furthermore, the changes that occur to the proteins residing in the mature virion upon DNA release are not fully understood. We used cryogenic electron microscopy to obtain what is, to our knowledge, the first asymmetric reconstruction of mature bacteriophage P22 after double-stranded DNA has been extruded from the capsid-a state representative of one step during viral infection. Results of icosahedral and asymmetric reconstructions at estimated resolutions of 7.8 and 12.5 Å resolutions, respectively, are presented. The reconstruction shows tube-like protein density extending from the center of the tail assembly. The portal protein does not revert to the more contracted, procapsid state, but instead maintains an extended and splayed barrel structure. These structural details contribute to our understanding of the molecular mechanism of P22 phage infection and also set the foundation for future exploitation serving engineering purposes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7316.map.gz | 1.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7316-v30.xml emd-7316.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7316.png | 75.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7316 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7316_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7316_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7316_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7316 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7316 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 6-fold symmetry along Z-axis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.58 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Enterobacteria phage P22
全体 | 名称: Enterobacteria phage P22 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Enterobacteria phage P22
超分子 | 名称: Enterobacteria phage P22 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10754 / 生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
Host system | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Low pass-filtered to 50 angstroms | ||||||
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF ソフトウェア:
使用した粒子像数: 1935 | ||||||
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |