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万見
- EMDB-71719: Structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71719
タイトルStructure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)
マップデータStructure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound 4905 in complex with Go heterotrimer and scFv16
試料
  • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
    • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor with compound 4905
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
    • 複合体: Signaling complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine
キーワードReceptor / Drug / Complex / GPCR / G-protein / scFv16 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of uterine smooth muscle contraction / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding ...negative regulation of uterine smooth muscle contraction / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / alpha-1B adrenergic receptor binding / negative regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of epinephrine secretion / heterotrimeric G-protein binding / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / dopaminergic synapse / mu-type opioid receptor binding / thermoception / fear response / vesicle docking involved in exocytosis / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / norepinephrine binding / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Adrenoceptors / intestinal absorption / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / response to alcohol / adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of wound healing / response to morphine / regulation of heart contraction / parallel fiber to Purkinje cell synapse / negative regulation of calcium ion transport / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Rho protein signal transduction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / presynaptic active zone membrane / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / axon terminus / muscle contraction / positive regulation of cytokine production / locomotory behavior / female pregnancy / platelet activation / negative regulation of insulin secretion / postsynaptic density membrane / vasodilation / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / glucose homeostasis / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye
類似検索 - 分子機能
Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit ...Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2A adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Srinivasan K / Xu X / Mailhot O / Manglik A / Shoichet B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Toward a Random Background for Ligand Optimization
著者: Xu X / Mailhot O / Correy G / Huang XP / Braz J / Shi D / Srinivasan K / Holota Y / Kuziv Y / Tsoutsouvas C / Levinzon N / Doruk YU / Rachman M / Diolaiti M / Stevens M / Liu F / Hubner H / ...著者: Xu X / Mailhot O / Correy G / Huang XP / Braz J / Shi D / Srinivasan K / Holota Y / Kuziv Y / Tsoutsouvas C / Levinzon N / Doruk YU / Rachman M / Diolaiti M / Stevens M / Liu F / Hubner H / Wang J / Wu Y / Ashworth A / Makriyannis A / Zhang Y / Moroz Y / Gmeiner P / Abel R / Manglik A / Basbaum A / Roth B / Fraser J / Shoichet B
履歴
登録2025年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound 4905 in complex with Go heterotrimer and scFv16
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 294.804 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8189 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.511
最小 - 最大-3.6394484 - 5.734724
平均 (標準偏差)0.00019759436 (±0.08306644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 294.804 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71719_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound...

ファイルemd_71719_additional_1.map
注釈Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound 4905 in complex with Go heterotrimer and scFv16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound...

ファイルemd_71719_half_map_1.map
注釈Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound 4905 in complex with Go heterotrimer and scFv16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound...

ファイルemd_71719_half_map_2.map
注釈Structure of Alpha2a Adrenergic receptor bound to compound 4905 in complex with Go heterotrimer and scFv16
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv...

全体名称: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
要素
  • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
    • 複合体: Alpha2a adrenergic receptor with compound 4905
      • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor
    • 複合体: Signaling complex
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

+
超分子 #1: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv...

超分子名称: Alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound 4905.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: Alpha2a adrenergic receptor with compound 4905

超分子名称: Alpha2a adrenergic receptor with compound 4905 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Signaling complex

超分子名称: Signaling complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Heterotrimer complex of G alpha subunit o, G beta, and G gamma
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.1005 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEER AALERSKAIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEDG FSGEDVKQYK PVVYSNTIQS LAAIVRAMD TLGIEYGDKE RKADAKMVCD VVSRMEDTEP FSAELLSAMM RLWGDSGIQE CFNRSREYQL NDSAKYYLDS L DRIGAADY ...文字列:
MGCTLSAEER AALERSKAIE KNLKEDGISA AKDVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEDG FSGEDVKQYK PVVYSNTIQS LAAIVRAMD TLGIEYGDKE RKADAKMVCD VVSRMEDTEP FSAELLSAMM RLWGDSGIQE CFNRSREYQL NDSAKYYLDS L DRIGAADY QPTEQDILRT RVKTTGIVET HFTFKNLHFR LFDVGGQRSE RKKWIHCFED VTAIIFCVAL SGYDQVLHED ET TNRMHES LMLFDSICNN KFFIDTSIIL FLNKKDLFGE KIKKSPLTIC FPEYTGPNTY EDAAAYIQAQ FESKNRSPNK EIY CHMTCA TDTNNIQVVF DAVTDIIIAN NLRGCGLY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.418086 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Alpha-2A adrenergic receptor

分子名称: Alpha-2A adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.643855 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDASIDFRQ EQPLAEGSFA PMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPYS LQVTLTLVCL AGLLMLLTV FGNVLVIIAV FTSRALKAPQ NLFLVSLASA DILVATLVIP FSLANEVMGY WYFGKAWCEI YLALDVLFCT S SIVHLCAI ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDASIDFRQ EQPLAEGSFA PMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPYS LQVTLTLVCL AGLLMLLTV FGNVLVIIAV FTSRALKAPQ NLFLVSLASA DILVATLVIP FSLANEVMGY WYFGKAWCEI YLALDVLFCT S SIVHLCAI SLDRYWSITQ AIEYNLKRTP RRIKAIIITV WVISAVISFP PLISIEKKGG GGGPQPAEPR CEINDQKWYV IS SCIGSFF APCLIMILVY VRIYQIAKRR TRVPPSRRGP DAVAAPPGGT ERRPNGLGPE RSAGPGGAEA EPLPTQLNGA PGE PAPAGP RDTDALDLEE SSSSDHAERP PGPRRPERGP RGKGKARASQ VKPGDSLPRR GPGATGIGTP AAGPGEERVG AAKA SRWRG RQNREKRFTF VLAVVIGVFV VCWFPFFFTY TLTAVGCSVP RTLFKFFFWF GYCNSSLNPV IYTIFNHDFR RAFKK ILCR GDRKRIV

UniProtKB: Alpha-2A adrenergic receptor

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.784896 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAHHHHHH HH

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分子 #6: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

分子名称: N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1CIU
分子量理論値: 234.296 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaClSodium chloride
0.0075 % w/vC47H88O22Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
0.0025 % w/vC56H92O25Glyco-diosgenin
0.001 % w/vC31H50O4Cholesteryl hemisuccinate
0.01 mMC16H14N2N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine

詳細: CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10305 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 0.596 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 6609807
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: De-novo map generation
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 323827
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7ej8


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 110.6
得られたモデル

PDB-9plo:
Structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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