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万見
- EMDB-71497: Antibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71497
タイトルAntibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase
マップデータAntibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase
試料
  • 複合体: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crosslinked polyketide synthase module 1 of the rifamycin synthetase fused with a C-terminal type II thioesterase
    • タンパク質・ペプチド: 6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2 Light Chain
キーワードPolyketide Synthase Module / Antibody (Fab) / Transferase-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


6-deoxyerythronolide-B synthase / fatty acid synthase activity / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : ...Thioesterase type II, NRPS/PKS/S-FAS / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase dimerisation element domain / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / ANL, N-terminal domain / : / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
6-deoxyerythronolide-B synthase / RifR
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å
データ登録者Cogan DP / Liu C / West RC / Chen M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis for Asynchronous Chain Elongation During Rifamycin Antibiotic Biosynthesis.
著者: Chengli Liu / Ryan C West / Muyuan Chen / Whitaker Cohn / George Wang / Aryan M Mandot / Selena Kim / Dillon P Cogan /
要旨: The rifamycin synthetase (RIFS) from the bacterium is a large (3.5 MDa) multienzyme system that catalyzes over 40 chemical reactions to generate a complex precursor to the antibiotic rifamycin B. It ...The rifamycin synthetase (RIFS) from the bacterium is a large (3.5 MDa) multienzyme system that catalyzes over 40 chemical reactions to generate a complex precursor to the antibiotic rifamycin B. It is considered a hybrid enzymatic assembly line and consists of an N-terminal nonribosomal peptide synthetase loading module followed by a decamodular polyketide synthase (PKS). While the biosynthetic functions are known for each enzymatic domain of RIFS, structural and biochemical analyses of this system from purified components are relatively scarce. Here, we examine the biosynthetic mechanism of RIFS through complementary crosslinking, kinetic, and structural analyses of its first PKS module (M1). Thiol-selective crosslinking of M1 provided a plausible molecular basis for previously observed conformational asymmetry with respect to ketosynthase (KS)-substrate carrier protein (CP) interactions during polyketide chain elongation. Our data suggest that C-terminal dimeric interfaces-which are ubiquitous in bacterial PKSs-force their adjacent CP domains to co-migrate between two equivalent KS active site chambers. Cryogenic electron microscopy analysis of M1 further supported this observation while uncovering its unique architecture. Single-turnover kinetic analysis of M1 indicated that although removal of C-terminal dimeric interfaces supported 2-fold greater KS-CP interactions, it did not increase the partial product occupancy of the homodimeric protein. Our findings cast light on molecular details of natural antibiotic biosynthesis that will aid in the design of artificial megasynth(et)ases with untold product structures and bioactivities.
履歴
登録2025年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71497.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Antibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438. Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438. Å		0.73 Å/pix.
x 600 pix.
= 438. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0502
最小 - 最大-0.05061764 - 0.14521205
平均 (標準偏差)0.000020064628 (±0.0047266833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 438.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map

ファイルemd_71497_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_71497_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_71497_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crossl...

全体名称: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crosslinked polyketide synthase module 1 of the rifamycin synthetase fused with a C-terminal type II thioesterase
要素
  • 複合体: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crosslinked polyketide synthase module 1 of the rifamycin synthetase fused with a C-terminal type II thioesterase
    • タンパク質・ペプチド: 6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Antibody Fragment 1B2 Light Chain

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超分子 #1: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crossl...

超分子名称: Two antibody fragments (Fabs) in complex with homodimeric, crosslinked polyketide synthase module 1 of the rifamycin synthetase fused with a C-terminal type II thioesterase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Amycolatopsis mediterranei (バクテリア) / 株: NRRL B-3240
分子量理論値: 495.04131 KDa

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分子 #1: 6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR

分子名称: 6-deoxyerythronolide-B synthase,RifR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase
由来(天然)生物種: Amycolatopsis mediterranei (バクテリア)
分子量理論値: 196.008141 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL EGEPIAIVGM ACRLPGGVAS PEDLWRLVAE RVDAVSEFPG DRGWDLDSLI DPDRERAGT SYVGQGGFLH DAGEFDAGFF GISPREAVAM DPQQRLLLET SWEALENAGV DPIALKGTDT GVFSGLMGQG Y GSGAVAPE ...文字列:
MASTDSEKVA EYLRRATLDL RAARQRIREL EGEPIAIVGM ACRLPGGVAS PEDLWRLVAE RVDAVSEFPG DRGWDLDSLI DPDRERAGT SYVGQGGFLH DAGEFDAGFF GISPREAVAM DPQQRLLLET SWEALENAGV DPIALKGTDT GVFSGLMGQG Y GSGAVAPE LEGFVTTGVA SSVASGRVSY VLGLEGPAVT VDTACSSSLV AMHLAAQALR QGECSMALAG GVTVMATPGS FV EFSRQRA LAPDGRCKAF AAAADGTGWS EGVGVVVLER LSVARERGHR ILAVLRGSAV NQDGASNGLT APNGLSQQRV IRR ALAAAG LAPSDVDVVE AHGTGTTLGD PIEAQALLAT YGQERKQPLW LGSLKSNIGH AQAAAGVAGV IKMVQALRHE TLPP TLHVD KPTLEVDWSA GAIELLTEAR AWPRNGRPRR AGVSSFGVSG TNAHLILEEA PAEEPVAAPE LPVVPLVVSA RSTES LSGQ AERLASLLEG DVSLTEVAGA LVSRRAVLDE RAVVVAGSRE EAVTGLRALN TAGSGTPGKV VWVFPGQGTQ WAGMGR ELL AESPVFAERI AECAAALAPW IDWSLVDVLR GEGDLGRVDV LQPACFAVMV GLAAVWESVG VRPDAVVGHS QGEIAAA CV SGALSLEDAA KVVALRSQAI AAELSGRGGM ASVALGEDDV VSRLVDGVEV AAVNGPSSVV IAGDAHALDA TLEILSGE G IRVRRVAVDY ASHTRHVEDI RDTLAETLAG ISAQAPAVPF YSTVTSEWVR DAGVLDGGYW YRNLRNQVRF GAAATALLE QGHTVFVEVS AHPVTVQPLS ELTGDAIGTL RREDGGLRRL LASMGELFVR GIDVDWTAMV PAAGWVDLPT YAFEHRHYWL EPAEPASAG DPLLGTVVST PGSDRLTAVA QWSRRAQPWA VDGLVPNAAL VEAAIRLGDL AGTPVVGELV VDAPVVLPRR G SREVQLIV GEPGEQRRRP IEVFSREADE PWTRHAHGTL APAAAAVPEP AAAGDATDVT VAGLRDADRY GIHPALLDAA VR TVVGDDL LPSVWTGVSL LASGATAVTV TPTATGLRLT DPAGQPVLTV ESVRGTPFVA EQGTTDALFR VDWPEIPLPT AET ADFLPY EATSAEATLS ALQAWLADPA ETRLAVVTGD CTEPGAAAIW GLVRSAQSEH PGRIVLADLD DPAVLPAVVA SGEP QVRVR NGVASVPRLT RVTPRQDARP LDPEGTVLIT GGTGTLGALT ARHLVTAHGV RHLVLVSRRG EAPELQEELT ALGAS VAIA ACDVADRAQL EAVLRAIPAE HPLTAVIHTA GVLDDGVVTE LTPDRLATVR RPKVDAARLL DELTREADLA AFVLFS SAA GVLGNPGQAG YAAANAELDA LARQRNSLDL PAVSIAWGYW ATVSGMTEHL GDADLRRNQR IGMSGLPADE GMALLDA AI ATGGTLVAAK FDVAALRATA KAGGPVPPLL RGLAPLPRRA AAKTASLTER LAGLAETEQA AALLDLVRRH AAEVLGHS G AESVHSGRTF KDAGFD(4HH)LTA VELRNRLAAA TGLTLSPAMI FDYPKPPALA DHLRAKLFGS GGGGSGGGGS HRPEA EKWL RRFERAPDAR ARLVCLPHAG GSASFFFPLA KALAPAVEVL AVQYPGRQDR RHEPPVDSIG GLTNRLLEVL RPFGDR PLA LFGHSMGAII GYELALRMPE AGLPAPVHLF ASGRRAPSRY RDDDVRGASD ERLVAELRKL GGSDAAMLAD PELLAMV LP AIRSDYRAVE TYRHEPGRRV DCPVTVFTGD HDPRVSVGEA RAWEEHTTGP ADLRVLPGGH FFLVDQAAPM IATMTEKL A GPALTGSTGG NSGNSSSVDK LAAALEHHHH HH

UniProtKB: 6-deoxyerythronolide-B synthase, RifR

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分子 #2: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain

分子名称: Antibody Fragment 1B2 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.447611 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
MAEVQLVQSG GGLVQPGRSL RLSCTASGFT FGDYAMSWVR QAPGKGLEWV GFIRSKAYGG TTEYAASVKG RFTISRDDSK SIAYLQMNS LKTEDTAVYY CTRGGTLFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCAALVP RGSAHHHHHH AA DYKDDDD KA

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分子 #3: Antibody Fragment 1B2 Light Chain

分子名称: Antibody Fragment 1B2 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.715832 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV ...文字列:
LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQSLLHSNG YNYLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRASGVP DRFSGSGSG TDFTLKISRV EAEDVGVYYC MQSLQTPRLT FGPGTKVDIK RTVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN N FYPRGAKV QWKVDNALQS GNSQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMC6H8O7citric acid
10.0 mMC8H18N2O4Shepes

詳細: 100 mM citric acid, 10 mM HEPES, pH 7.2 (NaOH)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.036000000000000004 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7631 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.677 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1229709
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 91575
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9pc6:
Antibody (1B2) Bound Crosslinked Rifamycin Synthetase Module 1 with a C-terminal Type II Thioesterase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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