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万見
- EMDB-71130: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71130
タイトルA2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2
マップデータ
試料
  • 複合体: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2
    • タンパク質・ペプチド: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism ...regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / positive regulation of urine volume / sensory perception / response to caffeine / blood circulation / positive regulation of glutamate secretion / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / regulation of calcium ion transport / alpha-actinin binding / asymmetric synapse / axolemma / membrane depolarization / prepulse inhibition / cellular defense response / phagocytosis / neuron projection morphogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / astrocyte activation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / central nervous system development / positive regulation of protein secretion / response to amphetamine / regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / electron transport chain / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / calmodulin binding / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic membrane / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / dendrite / lipid binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Rao P / Rathinaswamy M / Chan M / Paredes AG / Patel C / Wranik BJ / Powell J / Eaton D / Hicks KJ / Mafi A / Hao Q
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 米国
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2025
タイトル: Systematic metabolite screening identifies functional regulators of the adenosine A2A receptor.
著者: Prashant Rao / Manoj Rathinaswamy / Michelle Chan / Andrea Guzmán Paredes / Chirag Patel / Bernd J Wranik / Jonathan Powell / Dan Eaton / Jared Rutter / Kevin G Hicks / Amirhossein Mafi / Qi Hao /
要旨: The adenosine A2A receptor (A2AR) is a Class A G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates inflammation, glucose metabolism, and energy homeostasis in metabolically active tissues. While the ...The adenosine A2A receptor (A2AR) is a Class A G protein-coupled receptor (GPCR) that regulates inflammation, glucose metabolism, and energy homeostasis in metabolically active tissues. While the effects of small-molecule ligands and protein interactions with A2AR have been extensively studied, the regulatory influence of endogenous metabolites remains unexplored. To address this gap, we employed the Mass spectrometry Integrated with equilibrium Dialysis for the discovery of Allostery Systematically (MIDAS) platform to screen a library of human metabolites for interactions with A2AR. This approach identified 180 metabolites that interact with A2AR, including allosteric and orthosteric modulators. We characterized the mechanisms of three metabolites previously unreported to interact with A2AR: prostaglandin D2, an allosteric antagonist that fully inhibits receptor signaling, and two orthosteric agonists, S-adenosyl-L-homocysteine and 2'-deoxyadenosine, that fully activate A2AR. Overall, these findings highlight the potential of the MIDAS platform to uncover previously unrecognized metabolite-GPCR interactions for research and therapeutic applications.
履歴
登録2025年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月28日-
現状2026年1月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71130.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 206.848 Å		0.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 206.848 Å		0.81 Å/pix.
x 256 pix.
= 206.848 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0068
最小 - 最大-0.15898992 - 0.24603462
平均 (標準偏差)0.0001779974 (±0.003491011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 206.848 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71130_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71130_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2

全体名称: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2
要素
  • 複合体: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2
    • タンパク質・ペプチド: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
  • リガンド: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol

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超分子 #1: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2

超分子名称: A2AR-BRIL + ZM241385 + PGD2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562

分子名称: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.803668 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKMP IMGSSVYITV ELAIAVLAIL GNVLVCWAVW LNSNLQNVTN YFVVSLAAAD ILVGVLAIPF AITISTGFCA ACHGCLFIA CFVLVLAQSS IFSLLAIAID RYIAIAIPLR YNGLVTGTRA AGIIAICWVL SFAIGLTPML GWNNCGQPKE G KAHSQGCG ...文字列:
DYKDDDDKMP IMGSSVYITV ELAIAVLAIL GNVLVCWAVW LNSNLQNVTN YFVVSLAAAD ILVGVLAIPF AITISTGFCA ACHGCLFIA CFVLVLAQSS IFSLLAIAID RYIAIAIPLR YNGLVTGTRA AGIIAICWVL SFAIGLTPML GWNNCGQPKE G KAHSQGCG EGQVACLFED VVPMNYMVYF NFFACVLVPL LLMLGVYLRI FAAARRQLKA DLEDNWETLN DNLKVIEKAD NA AQVKDAL TKMRAAALDA QKATPPKLED KSPDSPEMKD FRHGFDILVG QIDDALKLAN EGKVKEAQAA AEQLKTTRNA YIQ KYLARS TLQKEVHAAK SAAIIAGLFA LCWLPLHIIN CFTFFCPDCS HAPLWLMYLA IVLAHTNSVV NPFIYAYRIR EFRQ TFRKI IRSHVLRQQE PFKAAHHHHH HHHHH

UniProtKB: Adenosine receptor A2a, Soluble cytochrome b562, Adenosine receptor A2a

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分子 #2: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

分子名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: LMN
分子量理論値: 1.005188 KDa
Chemical component information

ChemComp-AV0:
Lauryl Maltose Neopentyl Glycol

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分子 #3: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5...

分子名称: 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZMA
分子量理論値: 337.336 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMA:
4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / アンタゴニスト*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6gdg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 315882
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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