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万見
- EMDB-7105: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7105
タイトルHIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein PC64M7c022 SOSIP.664
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.0 Å
データ登録者Berndsen ZT / Rantalainen K / Ward AB
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage.
著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de ...著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de Val / Mengyu Wu / Audrey Cappelletti / Jeffrey Umotoy / Yolanda Lie / Terri Wrin / Paul Algate / Po-Ying Chan-Hui / Etienne Karita / / / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Davey Smith / Sergei L Kosakovsky Pond / Pascal Poignard /
要旨: Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb ...Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb lineage targeting the Env V2 apex and the Ab-Env co-evolution that led to development of neutralization breadth. The lineage Abs bore an anionic heavy chain complementarity-determining region 3 (CDRH3) of 25 amino acids, among the shortest known for this class of Abs, and achieved breadth with only 10% nucleotide somatic hypermutation and no insertions or deletions. The data suggested a role for Env glycoform heterogeneity in the activation of the lineage germline B cell. Finally, we showed that localized diversity at key V2 epitope residues drove bnAb maturation toward breadth, mirroring the Env evolution pattern described for another donor who developed V2-apex targeting bnAbs. Overall, these findings suggest potential strategies for vaccine approaches based on germline-targeting and serial immunogen design.
履歴
登録2017年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月6日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7105.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7105.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å		4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å		4.1 Å/pix.
x 64 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.06573843 - 0.15346988
平均 (標準偏差)0.000418896 (±0.01336728)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.400262.400262.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0660.1530.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7105_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_7105_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_7105_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664

全体名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664
要素
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein PC64M7c022 SOSIP.664

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超分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664

超分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M7c022 SOSIP.664
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225 KDa

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分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein PC64M7c022 SOSIP.664

分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein PC64M7c022 SOSIP.664 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGAR ANNL WVTVYYGVPV WRDAETTLFC ASDAKAYDTE VHNVWATHAC VPTDPSPQEI HLANVTEKFD MWKNSMVEQM HTDIISLWDE SLKPCVKLTP LCITLNCTNI TKKNVTGGNL TEDGKEELKN CSFNATTELS ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGAR ANNL WVTVYYGVPV WRDAETTLFC ASDAKAYDTE VHNVWATHAC VPTDPSPQEI HLANVTEKFD MWKNSMVEQM HTDIISLWDE SLKPCVKLTP LCITLNCTNI TKKNVTGGNL TEDGKEELKN CSFNATTELS NKRQKVHSLF YRLDLVELNE GNSSNSNTSM YRLINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCRE KEFNGTGPCK NVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEGTV KIRCENISNN AKTILVQLTT PVRINCTRPN NNTRTSIRIG PGQSFYATGD IIGDIRKAYC NVSGSEWKEA LGKVVVQLRN HFNKTITFAS SSGGDLEITT HSFNCGGEFF YCNTSSLFNS TWDRNSTTNS TQEPNGTITL PCRIKQIINM WQRTGQAMYA PPIPGKIRCD SNITGLILTR DGENNNTESE TFRPEGGDMR NNWRSELYKY KVVKIDPLGV APTGCKRRVV ERRRRRRAVG IGAVLFGFLG AAGSTMGAAS LTLTVQARQL LSGIVQQQSN LLRAPEAQQH LLRLTVWGIK QLQARVLAVE RYLSDQQLLG IWGCSGKLIC CTTVPWNSSW SNKSQDEIWN NMTWLQWDKE ISNYTDTIYY LIEKSQNQQE VNEKDLLALD KWTNLWNWFD ISKWLWYIKI FIMIVGGLIG LRIIFAVLSV INRVRQGYSP VSFQTLTPNP RELDRPGGIE EGDGELGKTR SIRLVGGFLA LFWDDLRSLC LFSYHRLRDF ILIAARILEL LGHNSLKGLR LGWEGLKYLG NLLLYWGREL KNSAVNLVDT IAIVVAGWTD RVIEVLQGIG RAFLHVPRRI RQGLERALL

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: NanoW
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 1749
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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