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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7055 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome | ||||||||||||
マップデータ | Postprocessed (sharpened, filtered) final map of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Innate immunity / molecular complex / IMMUNE SYSTEM | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / perikaryon ...bacterial-type flagellum filament / IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / perikaryon / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / symbiont entry into host cell / innate immune response / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Legionella pneumophila (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tenthorey JL / Haloupek N | ||||||||||||
資金援助 | スペイン, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: The structural basis of flagellin detection by NAIP5: A strategy to limit pathogen immune evasion. 著者: Jeannette L Tenthorey / Nicole Haloupek / José Ramón López-Blanco / Patricia Grob / Elise Adamson / Ella Hartenian / Nicholas A Lind / Natasha M Bourgeois / Pablo Chacón / Eva Nogales / Russell E Vance / 要旨: Robust innate immune detection of rapidly evolving pathogens is critical for host defense. Nucleotide-binding domain leucine-rich repeat (NLR) proteins function as cytosolic innate immune sensors in ...Robust innate immune detection of rapidly evolving pathogens is critical for host defense. Nucleotide-binding domain leucine-rich repeat (NLR) proteins function as cytosolic innate immune sensors in plants and animals. However, the structural basis for ligand-induced NLR activation has so far remained unknown. NAIP5 (NLR family, apoptosis inhibitory protein 5) binds the bacterial protein flagellin and assembles with NLRC4 to form a multiprotein complex called an inflammasome. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the assembled ~1.4-megadalton flagellin-NAIP5-NLRC4 inflammasome, revealing how a ligand activates an NLR. Six distinct NAIP5 domains contact multiple conserved regions of flagellin, prying NAIP5 into an open and active conformation. We show that innate immune recognition of multiple ligand surfaces is a generalizable strategy that limits pathogen evolution and immune escape. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7055.map.gz | 321 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7055-v30.xml emd-7055.xml | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7055.png | 50.8 KB | ||
マスクデータ | emd_7055_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-7055.cif.gz | 8.4 KB | ||
その他 | emd_7055_half_map_1.map.gz emd_7055_half_map_2.map.gz | 273.6 MB 273.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7055 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7055 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7055.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocessed (sharpened, filtered) final map of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7055_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered, unsharpened half map #1 of the NAIP5-NLRC4-flagellin...
ファイル | emd_7055_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered, unsharpened half map #1 of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered, unsharpened half map #2 of the NAIP5-NLRC4-flagellin...
ファイル | emd_7055_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered, unsharpened half map #2 of the NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
全体 | 名称: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome |
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要素 |
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-超分子 #1: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome
超分子 | 名称: NAIP5-NLRC4-flagellin inflammasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: NAIP5
超分子 | 名称: NAIP5 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #3: NLRC4
超分子 | 名称: NLRC4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #4: flagellin
超分子 | 名称: flagellin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
-分子 #1: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e
分子 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 159.874828 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAEHGESSED RISEIDYEFL PELSALLGVD AFQVAKSQEE EEHKERMKMK KGFNSQMRSE AKRLKTFETY DTFRSWTPQE MAAAGFYHT GVKLGVQCFC CSLILFGNSL RKLPIERHKK LRPECEFLQG KDVGNIGKYD IRVKSPEKML RGGKARYHEE E ARLESFED ...文字列: MAEHGESSED RISEIDYEFL PELSALLGVD AFQVAKSQEE EEHKERMKMK KGFNSQMRSE AKRLKTFETY DTFRSWTPQE MAAAGFYHT GVKLGVQCFC CSLILFGNSL RKLPIERHKK LRPECEFLQG KDVGNIGKYD IRVKSPEKML RGGKARYHEE E ARLESFED WPFYAHGTSP RVLSAAGFVF TGKRDTVQCF SCGGSLGNWE EGDDPWKEHA KWFPKCEFLQ SKKSSEEIAQ YI QSYEGFV HVTGEHFVKS WVRRELPMVS AYCNDSVFAN EELRMDMFKD WPQESPVGVE ALVRAGFFYT GKKDIVRCFS CGG CLEKWA EGDDPMEDHI KFFPECVFLQ TLKSSAEVIP TLQSQYALPE ATETTRESNH GDAAAVHSTV VDLGRSEAQW FQEA RSLSE QLRDNYTKAT FRHMNLPEVC SSLGTDHLLS CDVSIISKHI SQPVQEALTI PEVFSNLNSV MCVEGETGSG KTTFL KRIA FLWASGCCPL LYRFQLVFYL SLSSITPDQG LANIICAQLL GAGGCISEVC LSSSIQQLQH QVLFLLDDYS GLASLP QAL HTLITKNYLS RTCLLIAVHT NRVRDIRLYL GTSLEIQEFP FYNTVSVLRK FFSHDIICVE KLIIYFIDNK DLQGVYK TP LFVAAVCTDW IQNASAQDKF QDVTLFQSYM QYLSLKYKAT AEPLQATVSS CGQLALTGLF SSCFEFNSDD LAEAGVDE D EKLTTLLMSK FTAQRLRPVY RFLGPLFQEF LAAVRLTELL SSDRQEDQDL GLYYLRQIDS PLKAINSFNI FLYYVSSHS SSKAAPTVVS HLLQLVDEKE SLENMSENED YMKLHPQTFL WFQFVRGLWL VSPESSSSFV SEHLLRLALI FAYESNTVAE CSPFILQFL RGKTLALRVL NLQYFRDHPE SLLLLRSLKV SINGNKMSSY VDYSFKTYFE NLQPPAIDEE YTSAFEHISE W RRNFAQDE EIIKNYENIR PRALPDISEG YWKLSPKPCK IPKLEVQVNN TDAADQALLQ VLMEVFSASQ SIEFRLFNSS GF LESICPA LELSKASVTK CSMSRLELSR AEQELLLTLP ALQSLEVSET NQLPEQLFHN LHKFLGLKEL CVRLDGKPDV LSV LPGEFP NLHHMEKLSI RTSTESDLSK LVKFIQNFPN LHVFHLKCDF LSNCESLMAV LASCKKLREI EFSGRCFEAM TFVN ILPNF VSLKILNLKD QQFPDKETSE KFAQALGSLR NLEELLVPTG DGIHQVAKLI VRQCLQLPCL RVLTFHDILD DDSVI EIAR AATSGGFQKL ENLDISMNHK ITEEGYRNFF QALDNLPNLQ ELNICRNIPG RIQVQATTVK ALGQCVSRLP SLIRLH MLS WLLDEEDMKV INDVKERHPQ SKRLIIFWKL IVPFSPVILE UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e |
-分子 #2: NLR family CARD domain-containing protein 4
分子 | 名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 116.886 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNFIRNNRRA LIQRMGLTVT KQICDDLFAL NVLNNQEANV IYCEPLEQEA ARKIIHMTMQ KGSAACNLFL KSLENWDYFV YQDLTGQNL SYQVTEEDLN VLAQNLKDLY NSPAFLNFYP LGEDIDIIFN LEKTFTEPIM WKKDHRHHRV EQLTLGSLLE A LKSPCLIE ...文字列: MNFIRNNRRA LIQRMGLTVT KQICDDLFAL NVLNNQEANV IYCEPLEQEA ARKIIHMTMQ KGSAACNLFL KSLENWDYFV YQDLTGQNL SYQVTEEDLN VLAQNLKDLY NSPAFLNFYP LGEDIDIIFN LEKTFTEPIM WKKDHRHHRV EQLTLGSLLE A LKSPCLIE GESGKGKSTL LQRIAMLWAS GGCRALKGFR LVFFIHLRSA RGGLFETLYD QLLNIPDFIS KPTFKALLLK LH KEVLFLL DGYNEFHPQN CPEIEALIKE NHRFKNMVIV TTTTECLRHI RHVGALTAEV GDMTEDSAKD LIEAVLVPDQ VER LWAQIQ ESRCLRNLMK TPLFVVITCA IQMGRQEFQA HTQTMLFQTF YDLLIQKNSH RYRGGASGDF ARSLDYCGDL ALEG VFAHK FDFEPEHGSS MNEDVLVTIG LLCKYTAQRL KPTYKFFHKS FQEYTAGRRL SSLLTSKEPE EVSKGNSYLN KMVSI SDIT SLYGNLLLYT CGSSTEATRA VMRHLAMVYQ HGSLQGLSVT KRPLWRQESI QSLRNTTEQD VLKAINVNSF VECGIN LFS ESMSKSDLSQ EFEAFFQGKS LYINSENIPD YLFDFFEYLP NCASALDFVK LDFYERATES QDKAEENVPG VHTEGPS ET YIPPRAVSLF FNWKQEFKTL EVTLRDINKL NKQDIKYLGK IFSSATNLRL HIKRCAAMAG RLSSVLRTCK NMHTLMVE A SPLTTDDEQY ITSVTGLQNL SIHRLHTQQL PGGLIDSLGN LKNLERLILD DIRMNEEDAK NLAEGLRSLK KMRLLHLTH LSDIGEGMDY IVKSLSEESC DLQEMKLVAC CLTANSVKVL AQNLHNLIKL SILDISENYL EKDGNEALQE LIGRLGVLGE LTTLMLPWC WDVHTSLPKL LKQLEGTPGL AKLGLKNWRL RDEEIKSLGE FLEMNPLRDL QQLDLAGHCV SSDGWLYFMN V FENLKQLV FFDFSTEEFL PDAALVRKLS QVLSKLTLLQ EVKLTGWEFD DYDISAIKGT FKLVTA UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4 |
-分子 #3: Flagellin
分子 | 名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 58.49407 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEQKLISEED LNEMEQKLIS EEDLNEMEQK LISEEDLNEM EQKLISEEDL NEMEQKLISE EDLNEMESLG DLTMEQKLIS EEDLNSGRP AAMAQVINTN VASLTAQRNL GVSGNMMQTS IQRLSSGLRI NSAKDDAAGL AISQRMTAQI RGMNQAVRNA N DGISLAQV ...文字列: MEQKLISEED LNEMEQKLIS EEDLNEMEQK LISEEDLNEM EQKLISEEDL NEMEQKLISE EDLNEMESLG DLTMEQKLIS EEDLNSGRP AAMAQVINTN VASLTAQRNL GVSGNMMQTS IQRLSSGLRI NSAKDDAAGL AISQRMTAQI RGMNQAVRNA N DGISLAQV AEGAMQETTN ILQRMRELSV QAANSTNNSS DRSSIQSEIS QLKSELERIA QNTEFNGQRI LDGSFSGASF QV GANSNQT INFSIGSTKA SSLGGIATAT GTEVAGAAAA DITIAIGGGA ATSINSSANF TGALNGQDAT SAYAKAAAIN DAG IGGLSV TASTSGTQAV GAIGGTAGDT YNLTINGVAI YTNLNVATAL TNSDLRDAIN GVSNQTGVVA SLNGGNMTLT AADG RNITV TESGTGFTAG TDGLTVTGGA FDGALRGTLS ISAVDTIAIG GTVANIGLSA NISKDTVGID SLDVSTASGA QTAIK RIDA ALNSVNSNRA NMGALQNRFE STIANLQNVS DNLSAARSRI QDADYAAEMA SLTKNQILQQ AGTAMLAQAN SLPQSV LSL LGR UniProtKB: UNIPROTKB: G8UUW9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 詳細: Carbon-coated | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 3 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 45.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 22500 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Homology models predicted by I-TASSER server were used as initial model sources. The main structural template identified by I-TASSER for NAIP5 was the crystal structure of NLRC4 in the inactive conformation (PDB ID: 4KXF) that covered all the domains except the N-terminal BIR region, where homology models from several BIR domains were recognized (PDB IDs: 1SE0, 2VM5, and 1OXQ for BIR1, BIR2, and BIR3, respectively). Predictions were first rigid body docked into the density map using Chimera and/or ADP_EM. Then, the docked models were flexibly fitted with iMODFIT, if necessary. Finally, all models were refined in Phenix. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 167 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-6b5b: |