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- EMDB-70463: Cryo-EM structure of human exportin-1 conjugated with KPT-127 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70463
タイトルCryo-EM structure of human exportin-1 conjugated with KPT-127 and bound to human ASB8-ELOB/C
マップデータFinal EM map
試料
  • 複合体: Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 and bound to ASB8-ELOB/C
    • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat and SOCS box protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
  • リガンド: propan-2-yl 3-[3-(3-chlorophenyl)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]propanoate
キーワードnuclear export / inhibitor / protein degradation / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear export signal receptor activity / regulation of centrosome duplication / regulation of protein export from nucleus / target-directed miRNA degradation / elongin complex ...cellular response to triglyceride / cellular response to salt / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear export signal receptor activity / regulation of centrosome duplication / regulation of protein export from nucleus / target-directed miRNA degradation / elongin complex / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / nucleocytoplasmic transport / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Maturation of hRSV A proteins / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein localization to nucleus / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mRNA export from nucleus / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Cajal body / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / ribosomal subunit export from nucleus / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / ribosomal small subunit export from nucleus / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / NPAS4 regulates expression of target genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Mitotic Prometaphase / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / protein export from nucleus / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Heme signaling / RHO GTPases Activate Formins / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / MAPK6/MAPK4 signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / kinetochore / small GTPase binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosome biogenesis / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear membrane / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ankyrin repeat and SOCS box protein 8, SOCS box domain / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat ...Ankyrin repeat and SOCS box protein 8, SOCS box domain / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ankyrin repeats (many copies) / Elongin-C / Elongin B / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Exportin-1 / Elongin-C / Elongin-B / Ankyrin repeat and SOCS box protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Wing CE / Fung HYJ / Chook YM
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP180410 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)150053 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP170170 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144137 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM131963 米国
Welch FoundationI-1532 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SINE compounds activate exportin-1 degradation via an allosteric mechanism
著者: Wing CE / Fung HYJ / Kwanten B / Cagatay T / Niesman AB / Jacquelyn M / Gharghabi M / Permentier B / Shakya B / Ready JM / Kashyap T / Shacham S / Landesman Y / Lapalombella R / Daelemans D / Chook YM
履歴
登録2025年4月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70463.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70463.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 448.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 490 pix.
= 357.7 Å		0.73 Å/pix.
x 490 pix.
= 357.7 Å		0.73 Å/pix.
x 490 pix.
= 357.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0483
最小 - 最大-0.1314394 - 0.343554
平均 (標準偏差)-0.000085767206 (±0.005439318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ490490490
Spacing490490490
セルA=B=C: 357.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_70463_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_70463_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 a...

全体名称: Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 and bound to ASB8-ELOB/C
要素
  • 複合体: Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 and bound to ASB8-ELOB/C
    • タンパク質・ペプチド: Exportin-1
    • タンパク質・ペプチド: Ankyrin repeat and SOCS box protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
  • リガンド: propan-2-yl 3-[3-(3-chlorophenyl)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]propanoate

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超分子 #1: Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 a...

超分子名称: Ternary complex of full-length human XPO1 conjugated to KPT-127 and bound to ASB8-ELOB/C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 178 KDa

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分子 #1: Exportin-1

分子名称: Exportin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GS remaining after TEV cleavage / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 123.662484 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSMPAIMTML ADHAARQLLD FSQKLDINLL DNVVNCLYHG EGAQQRMAQE VLTHLKEHPD AWTRVDTILE FSQNMNTKYY GLQILENVI KTRWKILPRN QCEGIKKYVV GLIIKTSSDP TCVEKEKVYI GKLNMILVQI LKQEWPKHWP TFISDIVGAS R TSESLCQN ...文字列:
GSMPAIMTML ADHAARQLLD FSQKLDINLL DNVVNCLYHG EGAQQRMAQE VLTHLKEHPD AWTRVDTILE FSQNMNTKYY GLQILENVI KTRWKILPRN QCEGIKKYVV GLIIKTSSDP TCVEKEKVYI GKLNMILVQI LKQEWPKHWP TFISDIVGAS R TSESLCQN NMVILKLLSE EVFDFSSGQI TQVKSKHLKD SMCNEFSQIF QLCQFVMENS QNAPLVHATL ETLLRFLNWI PL GYIFETK LISTLIYKFL NVPMFRNVSL KCLTEIAGVS VSQYEEQFVT LFTLTMMQLK QMLPLNTNIR LAYSNGKDDE QNF IQNLSL FLCTFLKEHD QLIEKRLNLR ETLMEALHYM LLVSEVEETE IFKICLEYWN HLAAELYRES PFSTSASPLL SGSQ HFDVP PRRQLYLPML FKVRLLMVSR MAKPEEVLVV ENDQGEVVRE FMKDTDSINL YKNMRETLVY LTHLDYVDTE RIMTE KLHN QVNGTEWSWK NLNTLCWAIG SISGAMHEED EKRFLVTVIK DLLGLCEQKR GKDNKAIIAS NIMYIVGQYP RFLRAH WKF LKTVVNKLFE FMHETHDGVQ DMACDTFIKI AQKCRRHFVQ VQVGEVMPFI DEILNNINTI ICDLQPQQVH TFYEAVG YM IGAQTDQTVQ EHLIEKYMLL PNQVWDSIIQ QATKNVDILK DPETVKQLGS ILKTNVRACK AVGHPFVIQL GRIYLDML N VYKCLSENIS AAIQANGEMV TKQPLIRSMR TVKRETLKLI SGWVSRSNDP QMVAENFVPP LLDAVLIDYQ RNVPAAREP EVLSTMAIIV NKLGGHITAE IPQIFDAVFE CTLNMINKDF EEYPEHRTNF FLLLQAVNSH CFPAFLAIPP TQFKLVLDSI IWAFKHTMR NVADTGLQIL FTLLQNVAQE EAAAQSFYQT YFCDILQHIF SVVTDTSHTA GLTMHASILA YMFNLVEEGK I STSLNPGN PVNNQIFLQE YVANLLKSAF PHLQDAQVKL FVTGLFSLNQ DIPAFKEHLR DFLVQIKEFA GEDTSDLFLE ER EIALRQA DEEKHKRQMS VPGIFNPHEI PEEMCD

UniProtKB: Exportin-1

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分子 #2: Ankyrin repeat and SOCS box protein 8

分子名称: Ankyrin repeat and SOCS box protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: GS remaining after TEV cleavage / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.869162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSSLSERLIR TIAAIRSFPH DNVEDLIRGG ADVNCTHGTL KPLHCACMVS DADCVELLLE KGAEVNALDG YNRTALHYAA EKDEACVEV LLEYGANPNA LDGNRDTPLH WAAFKNNAEC VRALLESGAS VNALDYNNDT PLSWAAMKGN LESVSILLDY G AEVRVINL ...文字列:
GSSLSERLIR TIAAIRSFPH DNVEDLIRGG ADVNCTHGTL KPLHCACMVS DADCVELLLE KGAEVNALDG YNRTALHYAA EKDEACVEV LLEYGANPNA LDGNRDTPLH WAAFKNNAEC VRALLESGAS VNALDYNNDT PLSWAAMKGN LESVSILLDY G AEVRVINL IGQTPISRLV ALLVRGLGTE KEDSCFELLH RAVGHFELRK NGTMPREVAR DPQLCEKLTV LCSAPGTLKT LA RYAVRRS LGLQYLPDAV KGLPLPASLK EYLLLLE

UniProtKB: Ankyrin repeat and SOCS box protein 8

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分子 #3: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.974616 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MMYVKLISSD GHEFIVKREH ALTSGTIKAM LSGPGQFAEN ETNEVNFREI PSHVLSKVCM YFTYKVRYTN SSTEIPEFPI APEIALELL MAANFLDC

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #4: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: full-length, wildtype / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.147781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQDSG SSANEQAVQ

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #5: propan-2-yl 3-[3-(3-chlorophenyl)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]propanoate

分子名称: propan-2-yl 3-[3-(3-chlorophenyl)-1H-1,2,4-triazol-1-yl]propanoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: A1CBC
分子量理論値: 293.749 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 110 mM KOAc, 2 mM Mg(OAc)2, 2 mM TCEP
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
ソフトウェア名称: SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7946 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1092211 / 詳細: blob picking followed by Topaz picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: selinexor-XPO1-ASB8(R197A)-ELOB/C final map from this study
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 118442
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細
chain_id: A, source_name: Other, initial_model_type: experimental modelstarting model for XPO1 from final model of selinexor-XPO1-ASB8(R197A)-ELOB/C in this study
chain_id: B, source_name: Other, initial_model_type: experimental modelstarting model for ASB8 from final model of selinexor-XPO1-ASB8(R197A)-ELOB/C in this study
chain_id: E, source_name: Other, initial_model_type: experimental modelstarting model for ELOC from final model of selinexor-XPO1-ASB8(R197A)-ELOB/C in this study
chain_id: F, source_name: Other, initial_model_type: experimental modelstarting model for ELOB from final model of selinexor-XPO1-ASB8(R197A)-ELOB/C in this study
ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX
詳細Initial models were docked into maps using UCSF ChimeraX then manually built using Isolde and Coot and refined in PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 102.26
得られたモデル

PDB-9oge:
Cryo-EM structure of human exportin-1 conjugated with KPT-127 and bound to human ASB8-ELOB/C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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